PDB-7odm: AmGSTF1 Y118S variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7odm

タイトル

AmGSTF1 Y118S variant

要素

Glutathione transferase

キーワード

TRANSFERASE / Glutathione / glutathione-S-transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Alopecurus myosuroides (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Pohl, E. / Eno, R.F.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Flavonoid-based inhibitors of the Phi-class glutathione transferase from black-grass to combat multiple herbicide resistance.
著者: Schwarz, M. / Eno, R.F.M. / Freitag-Pohl, S. / Coxon, C.R. / Straker, H.E. / Wortley, D.J. / Hughes, D.J. / Mitchell, G. / Moore, J. / Cummins, I. / Onkokesung, N. / Brazier-Hicks, M. / ...

履歴

登録	2021年4月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7odm.cif.gz	171.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7odm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7odm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7odm_validation.pdf.gz	655.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7odm_full_validation.pdf.gz	656.4 KB	表示
XML形式データ	7odm_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	7odm_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7odm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6to3C 7oboC 6tk8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

AAA: Glutathione transferase

ヘテロ分子

25.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Glutathione transferase

ヘテロ分子

AAA: Glutathione transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.611, 112.611, 103.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Glutathione transferase 分子量: 24885.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alopecurus myosuroides (植物) / 遺伝子: GST2c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZS17, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-VDW / [(2~{S})-5-[[(2~{R})-1-(2-hydroxy-2-oxoethylamino)-1-oxidanylidene-3-sulfanyl-propan-2-yl]amino]-1-oxidanyl-1,5-bis(oxidanylidene)pentan-2-yl]azanium 分子量: 308.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₈N₃O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Morpheus screen

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→45.34 Å / Num. obs: 10574 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.1 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 22.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / R_merge(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 1275

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TK8

6tk8

解像度: 2.6→45.338 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 25.83 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.284 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	549	5.196 %
R_work	0.1878	10016	-
all	0.191	-	-
obs	-	10565	99.962 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.103 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.43 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.861 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.338 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1697	0	20	26	1743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.066	1.64	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.393	1.575	3759
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.949	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.811	22.386	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.602	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.82	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	394
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	822
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.134	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.127	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.308	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.37	3.403	859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.369	3.4	858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.71	5.099	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.708	5.102	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.723	3.576	904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.677	3.572	903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.146	5.285	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.145	5.288	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.647	63.281	7309
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.636	63.226	7302

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.667	0.397	37	0.277	725	X-RAY DIFFRACTION	99.8689
2.667-2.74	0.378	31	0.287	718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.82	0.377	34	0.287	685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.906	0.255	41	0.258	667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.906-3.002	0.313	36	0.283	648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.002-3.107	0.395	31	0.249	633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.107-3.224	0.371	35	0.244	603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.224-3.355	0.295	31	0.233	591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.355-3.504	0.287	34	0.236	559	X-RAY DIFFRACTION	100
3.504-3.675	0.351	36	0.211	536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.675-3.873	0.227	31	0.2	522	X-RAY DIFFRACTION	100
3.873-4.107	0.299	14	0.169	490	X-RAY DIFFRACTION	100
4.107-4.39	0.185	32	0.154	459	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-4.741	0.164	30	0.129	432	X-RAY DIFFRACTION	100
4.741-5.191	0.235	29	0.133	391	X-RAY DIFFRACTION	100
5.191-5.801	0.321	11	0.15	376	X-RAY DIFFRACTION	100
5.801-6.693	0.149	26	0.143	321	X-RAY DIFFRACTION	100
6.693-8.182	0.14	14	0.155	283	X-RAY DIFFRACTION	100
8.182-11.511	0.181	2	0.138	238	X-RAY DIFFRACTION	100
11.511-45.338	0.389	14	0.239	139	X-RAY DIFFRACTION	98.7097

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.1517 Å / Origin y: 1.6452 Å / Origin z: -22.6193 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4532 Å²	0.0272 Å²	0.219 Å²	-	0.3787 Å²	-0.3035 Å²	-	-	0.4538 Å²
L	4.7439 °²	0.8305 °²	-2.0561 °²	-	0.4419 °²	-0.3676 °²	-	-	4.2606 °²
S	-0.4298 Å °	0.2882 Å °	-0.0609 Å °	-0.2127 Å °	-0.2514 Å °	0.1403 Å °	0.1411 Å °	-0.487 Å °	0.6812 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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