[日本語] English
万見
- PDB-7ocu: Mannitol-1-phosphate bound to the phosphatase domain of the bifun... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ocu
タイトルMannitol-1-phosphate bound to the phosphatase domain of the bifunctional mannitol-1-phosphate dehydrogenase/phosphatase MtlD-N374A from Acinetobacter baumannii
要素Mannitol-1-phosphate dehydrogenase/phosphatase MtlD
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mannitol / Dehydrogenase / Phosphatase / NADPH / Fructose-6-phosphate / HAD hydrolase family IA variant 3
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mannitol dehydrogenase, C-terminal / Mannitol dehydrogenase C-terminal domain / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...Mannitol dehydrogenase, C-terminal / Mannitol dehydrogenase C-terminal domain / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
D-Mannitol-1-phosphate / BETA-MERCAPTOETHANOL / HAD hydrolase, family IA, variant 3
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tam, H.K. / Mueller, V. / Pos, K.M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FOR2251 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Unidirectional mannitol synthesis of Acinetobacter baumannii MtlD is facilitated by the helix-loop-helix-mediated dimer formation.
著者: Tam, H.K. / Konig, P. / Himpich, S. / Ngu, N.D. / Abele, R. / Muller, V. / Pos, K.M.
履歴
登録2021年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mannitol-1-phosphate dehydrogenase/phosphatase MtlD
B: Mannitol-1-phosphate dehydrogenase/phosphatase MtlD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,98612
ポリマ－167,0102
非ポリマー97510
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, Experiments were performed with the engineered disulfide-bonded crosslinked MtlD and supported by native gel electrophoresis and size exclusion chromatography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10310 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area56220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.439, 157.433, 219.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mannitol-1-phosphate dehydrogenase/phosphatase MtlD / HAD hydrolase / family IA / variant 3


分子量: 83505.234 Da / 分子数: 2 / 変異: N374A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81
遺伝子: HMPREF0010_00722 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0C7J2

-
非ポリマー , 7種, 85分子

#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-44H / D-Mannitol-1-phosphate / 1-O-phosphono-D-mannitol / D-マンニト-ル1-りん酸


分子量: 262.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O9P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BIS-Tris propane pH6.5, 0.25M Na2SO4, 18% PEG3350, 0.02M MgCl2, 0.1M potassium acetate with microseeding

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→48.49 Å / Num. obs: 47757 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 664860 / Scaling rejects: 238
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.7914.31.9146645946470.8310.521.9842.2100
10.46-48.4912.40.039112309060.9990.0110.0450.599.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC5.8.0258位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OCN

7ocn


解像度: 2.7→48.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 38.37 / SU ML: 0.351 / SU R Cruickshank DPI: 2.4761 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.476 / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2643 2380 5 %RANDOM
Rwork0.2268 ---
obs0.2287 45334 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 202.99 Å2 / Biso mean: 88.16 Å2 / Biso min: 45.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.57 Å2-0 Å20 Å2
2---4.34 Å2-0 Å2
3---6.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→48.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11018 0 54 75 11147
Biso mean--98.69 62.64 -
残基数----1366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0010.01311281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1361.63915227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0191.57524390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.69751362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.39523.28628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.664152076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6581564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0290.21454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0212482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022274
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 188 -
Rwork0.351 3326 -
all-3514 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99520.39160.57631.6699-0.03011.24720.0077-0.4372-0.1950.7171-0.18490.01580.1374-0.00240.17730.4433-0.03280.07840.12360.04670.110145.5388.71179.346
21.1059-0.19120.50071.5747-0.62162.2209-0.0933-0.33870.29530.7164-0.03850.167-0.3548-0.15570.13190.47110.00820.05780.1654-0.22610.386934.50242.54979.967
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 692
2X-RAY DIFFRACTION1A801
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 694
4X-RAY DIFFRACTION2B801 - 802

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る