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- PDB-7ocp: NADPH bound to the dehydrogenase domain of the bifunctional manni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ocp
タイトルNADPH bound to the dehydrogenase domain of the bifunctional mannitol-1-phosphate dehydrogenase/phosphatase MtlD from Acinetobacter baumannii
要素HAD hydrolase, family IA, variant 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mannitol / Dehydrogenase / Phosphatase / NADPH / Fructose-6-phosphate / HAD hydrolase family IA variant 3
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mannitol dehydrogenase, C-terminal / Mannitol dehydrogenase C-terminal domain / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...Mannitol dehydrogenase, C-terminal / Mannitol dehydrogenase C-terminal domain / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / HAD hydrolase, family IA, variant 3
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Tam, H.K. / Mueller, V. / Pos, K.M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)FOR2251 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Unidirectional mannitol synthesis of Acinetobacter baumannii MtlD is facilitated by the helix-loop-helix-mediated dimer formation.
著者: Tam, H.K. / Konig, P. / Himpich, S. / Ngu, N.D. / Abele, R. / Muller, V. / Pos, K.M.
履歴
登録2021年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HAD hydrolase, family IA, variant 3
B: HAD hydrolase, family IA, variant 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,29513
ポリマ－167,0972
非ポリマー2,19911
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, Experiments were performed with the engineered disulfide-bonded crosslinked MtlD and supported by native gel electrophoresis and size exclusion chromatography.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12870 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area55940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.661, 157.692, 219.289
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HAD hydrolase, family IA, variant 3


分子量: 83548.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア)
株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81
遺伝子: HMPREF0010_00722 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0C7J2

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非ポリマー , 7種, 47分子

#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BIS-Tris propane pH6.5, 0.2M Na2SO4, 14% PEG3350, 0.02M MgCl2, 0.1M Potassium acetate with microseeding

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→48.59 Å / Num. obs: 45271 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 550329 / Scaling rejects: 85
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.75-2.85121.9265262043990.6560.5692.011.7100
10.65-48.5910.90.0494488690.9990.0120.04140.899.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC5.8.0258位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7OCN

7ocn


解像度: 2.75→48.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 43.456 / SU ML: 0.372 / SU R Cruickshank DPI: 0.3353 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2545 2262 5 %RANDOM
Rwork0.2198 ---
obs0.2216 42971 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 213.65 Å2 / Biso mean: 90.895 Å2 / Biso min: 39.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.52 Å2-0 Å20 Å2
2---3.58 Å2-0 Å2
3---6.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→48.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11046 0 134 36 11216
Biso mean--95.79 60.77 -
残基数----1368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01311394
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1451.64515394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0211.57824505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.00251362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.93123.36634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.073152084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.4031564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0310.21467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0212542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022280
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 155 -
Rwork0.36 3152 -
all-3307 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8990.27480.66121.5062-0.07271.6904-0.0794-0.3766-0.11240.6406-0.068-0.0379-0.0097-0.01020.14740.35450.01940.01230.09290.01380.102345.79029.4243-30.2174
21.2214-0.25780.62741.5207-0.77841.8685-0.2315-0.30730.36190.66710.11380.1416-0.5292-0.21690.11770.59050.148-0.00490.1507-0.21950.444134.827642.9771-29.5267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 692
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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