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- PDB-7ocb: Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor XY49-92B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ocb
タイトルCrystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor XY49-92B
要素Spindlin-1
キーワードCELL CYCLE / chromatin / epigenetics / methyl reader / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription ...gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / PHOSPHATE ION / Chem-V88 / Spindlin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Johansson, C. / Krojer, T. / Park, K. / Xiong, Y. / Jin, J. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor XY49-92B
著者: Johansson, C. / Krojer, T. / Park, K. / Xiong, Y. / Jin, J. / Oppermann, U.
履歴
登録2021年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Spindlin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5499
ポリマ－25,5001
非ポリマー1,0508
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area10760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.477, 115.477, 43.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein / Spindlin1


分子量: 25499.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y657

-
非ポリマー , 7種, 181分子

#2: 化合物 ChemComp-V88 / 7-[3-(1,3-dihydroisoindol-2-yl)propoxy]-2N-[2-(dimethylamino)ethyl]-6-methoxy-4N-(1-propan-2-ylpiperidin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine


分子量: 561.761 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H47N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.96 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 55-60 % MPD and 0.1 M SPG buffer pH 5.5-6.0 / PH範囲: 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→81.67 Å / Num. obs: 56337 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 14.87 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 603240 / Scaling rejects: 388
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
1.42-1.466.81.27240930.6730.5221.377
81.66-81.6610.80.0637460.9250.0210.066

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.45 Å81.65 Å
Translation5.45 Å81.65 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I8L

6i8l


解像度: 1.42→81.655 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2059 2806 4.99 %
Rwork0.1801 53437 -
obs0.1814 56243 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.86 Å2 / Biso mean: 22.1735 Å2 / Biso min: 7.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.42→81.655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1559 0 145 173 1877
Biso mean--26.58 31.16 -
残基数----196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1972317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.917637
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.42-1.44410.2991320.299261299
1.4441-1.47040.33271490.28392609100
1.4704-1.49870.32581480.26242625100
1.4987-1.52930.23821380.23822613100
1.5293-1.56250.21761440.21222659100
1.5625-1.59890.22171360.20032613100
1.5989-1.63890.25271470.19642629100
1.6389-1.68320.18291370.18292673100
1.6832-1.73270.1991310.18052635100
1.7327-1.78870.20571170.17412667100
1.7887-1.85260.20041440.16862641100
1.8526-1.92680.15931380.15932673100
1.9268-2.01450.19561410.15612656100
2.0145-2.12070.16341420.15512664100
2.1207-2.25360.16161350.15492692100
2.2536-2.42760.17561390.16552700100
2.4276-2.67190.20011340.16942691100
2.6719-3.05850.20371580.17142707100
3.0585-3.85340.22471410.17092774100
3.8534-81.6550.21411550.19072904100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.057 Å / Origin y: -33.889 Å / Origin z: 6.443 Å
111213212223313233
T0.0722 Å20.0185 Å2-0.005 Å2-0.087 Å2-0.0066 Å2--0.0984 Å2
L0.6292 °2-0.3869 °2-0.0583 °2-1.2765 °2-0.1239 °2--1.3106 °2
S0.0289 Å °0.0397 Å °0.0458 Å °-0.0498 Å °-0.0317 Å °-0.0442 Å °-0.116 Å °-0.0664 Å °0.0045 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 301:301 OR RESID 303:304 OR RESID 52:269 OR RESID 302:302 OR RESID 306:306 OR RESID 305:305 OR RESID 307:308 OR RESID 401:573 ) )B301
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 301:301 OR RESID 303:304 OR RESID 52:269 OR RESID 302:302 OR RESID 306:306 OR RESID 305:305 OR RESID 307:308 OR RESID 401:573 ) )B303 - 304
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 301:301 OR RESID 303:304 OR RESID 52:269 OR RESID 302:302 OR RESID 306:306 OR RESID 305:305 OR RESID 307:308 OR RESID 401:573 ) )B52 - 269
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 301:301 OR RESID 303:304 OR RESID 52:269 OR RESID 302:302 OR RESID 306:306 OR RESID 305:305 OR RESID 307:308 OR RESID 401:573 ) )B302
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 301:301 OR RESID 303:304 OR RESID 52:269 OR RESID 302:302 OR RESID 306:306 OR RESID 305:305 OR RESID 307:308 OR RESID 401:573 ) )B306
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 301:301 OR RESID 303:304 OR RESID 52:269 OR RESID 302:302 OR RESID 306:306 OR RESID 305:305 OR RESID 307:308 OR RESID 401:573 ) )B305
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 301:301 OR RESID 303:304 OR RESID 52:269 OR RESID 302:302 OR RESID 306:306 OR RESID 305:305 OR RESID 307:308 OR RESID 401:573 ) )B307 - 308
8X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 301:301 OR RESID 303:304 OR RESID 52:269 OR RESID 302:302 OR RESID 306:306 OR RESID 305:305 OR RESID 307:308 OR RESID 401:573 ) )B401 - 573

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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