PDB-7oc4: Alpha-humulene synthase AsR6 from Sarocladium schorii in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oc4

タイトル

Alpha-humulene synthase AsR6 from Sarocladium schorii in complex with thiolodiphosphate and a cyclized reaction product.

要素

Alpha-humulene synthase AsR6

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / cyclase / terpene cyclase / 2E-humulene / alpha-humulene / humulene / xenovulene / tropolone sesquiterpenoid

機能・相同性

alpha-humulene synthase / alpha-humulene synthase activity / terpenoid biosynthetic process / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / Chem-V8Z / Alpha-humulene synthase asR6

機能・相同性情報

生物種

Sarocladium schorii (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Schotte, C. / Lukat, P. / Deuschmann, A. / Blankenfeldt, W. / Cox, R.J.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Understanding and Engineering the Stereoselectivity of Humulene Synthase.
著者: Schotte, C. / Lukat, P. / Deuschmann, A. / Blankenfeldt, W. / Cox, R.J.

履歴

登録	2021年4月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oc4.cif.gz	458.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oc4.ent.gz	380.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7oc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/7oc4	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	7oc5-d 7oc6-1 4zga-d 5clw-1 4nre-d 3vf1-1 4uw2-2 3fg3-4 6xvw-d 3vf1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-humulene synthase AsR6

B: Alpha-humulene synthase AsR6

ヘテロ分子

98.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.911, 64.256, 86.508
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.230, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Alpha-humulene synthase AsR6 / Xenovulene A biosynthesis cluster protein R6 分子量: 48572.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sarocladium schorii (菌類) / 遺伝子: asR6 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U8U2L5, alpha-humulene synthase

-
非ポリマー , 7種, 428分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PIS / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / THIOPYROPHOSPHATE 分子量: 193.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃O₆P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#5: 化合物	ChemComp-V8Z / (1E,4E,8E)-2,6,6,9-Tetramethyl-1,4-8-cycloundecatriene / (1E,8E)-2,6,6,9-tetramethylcycloundeca-1,4,8-triene / 134687947 / alpha-Caryophyllene / 3,7,10-Humulatriene 分子量: 204.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄
#6: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 15.25 % (v/v) ethanol, 88 mM Mg acetate, 23 % (w/v) PEG 2000 MME, 4 % PEG 200, 100 mM MES pH 6.4, 3 mM farnesyl thiopyrophosphate, Cryo: 10 % (v/v) (R,R)-2,3-butanediol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, DESY

/ ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.03→72.5 Å / Num. obs: 51626 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.94 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.131 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 344665

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.03-2.14	6.8	0.761	50959	7454	0.861	0.312	0.823	2.5	99.4
6.41-72.5	6.1	0.046	10440	1707	0.998	0.02	0.05	26.8	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SAD-phased structure from deposition D_1292115439

解像度: 2.03→51.23 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1875	1251	2.42 %
R_work	0.1557	50343	-
obs	0.1565	51594	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.68 Å² / B_iso mean: 38.6334 Å² / B_iso min: 16.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.03→51.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6142	0	140	414	6696
B_iso mean	-	-	45.33	37.52	-
残基数	-	-	-	-	775

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.03-2.11	0.2904	138	0.2293	5548	5686	99
2.11-2.2	0.2334	136	0.1919	5509	5645	99
2.21-2.32	0.2054	140	0.1716	5575	5715	99
2.32-2.47	0.2226	138	0.1649	5572	5710	100
2.47-2.66	0.1849	138	0.1614	5540	5678	100
2.66-2.92	0.2099	139	0.1547	5614	5753	100
2.92-3.35	0.1999	139	0.1508	5622	5761	100
3.35-4.22	0.1497	140	0.1283	5619	5759	100
4.22-51.23	0.1622	143	0.152	5744	5887	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1588	0.1473	-0.1345	0.1495	-0.0745	0.2501	0.0189	-0.4557	0.0146	0.4638	0.0116	-0.0321	-0.0692	-0.0844	0	0.3922	0.0216	0.0123	0.3276	0.0006	0.2283	-24.65	19.889	-15.819
2	0.2222	-0.0152	-0.1005	0.0858	-0.0636	0.0864	0.011	0.1252	0.1424	-0.0383	0.0742	0.0776	-0.0313	-0.1252	-0	0.2888	-0.0087	0.0043	0.2934	0.0098	0.3495	-24.402	22.531	-50.893
3	0.7891	0.2729	-0.1764	0.7861	0.1651	0.8524	-0.0346	-0.1591	-0.0637	0.0442	0.0679	0.2275	0.0245	-0.1101	0	0.3004	0.0134	0.0167	0.2722	0.037	0.3305	-28.634	6.411	-26.773
4	0.7899	-0.3923	0.3111	0.8001	0.3998	0.9004	0.0059	-0.1539	-0.035	0.1599	-0.0394	-0.0387	-0.0421	0.0615	-0	0.218	0.0044	-0.0002	0.1936	0.0019	0.2246	-8.392	12.661	-27.624
5	0.7471	-0.0471	-0.3255	0.6568	-0.1538	1.1939	0.0313	0.0137	0.0538	0.0623	0.0506	-0.0089	-0.0572	-0.0292	-0	0.1852	0.0203	0.013	0.1929	0.0001	0.2358	-19.882	18.198	-35.569
6	0.4621	-0.1284	0.0611	0.712	0.2901	0.7468	-0.0147	-0.0277	-0.0255	0.0433	0.0629	0.0942	0.019	-0.0943	-0	0.2084	-0.0193	0.0058	0.1981	0.0113	0.2356	-20.816	15.31	-48.296
7	0.7101	-0.0467	-0.1424	0.682	-0.1053	0.6031	-0.0735	-0.1191	-0.0455	0.0998	0.0076	-0.1062	0.114	0.2847	-0	0.2524	0.0522	-0.0093	0.2683	0.0222	0.2942	-1.975	1.416	-31.677
8	0.0292	0.0526	-0.0021	0.1611	0.1338	0.2652	0.2081	0.2606	-0.0646	-0.2268	-0.1809	-0.0353	0.1667	0.9547	-0	0.4587	0.0234	-0.0244	0.6199	0.0127	0.3217	7.986	17.251	-89.225
9	0.4721	-0.2186	0.3225	0.3337	-0.333	0.3687	-0.0729	0.2633	0.0546	-0.157	0.0643	-0.1207	0.075	0.2892	0	0.3097	-0.0109	-0.0093	0.3818	-0.0082	0.3948	8.622	16.599	-53.549
10	1.5799	0.4136	-0.148	0.878	0.0616	2.7173	0.0195	0.27	-0.2155	-0.1682	0.0198	-0.0965	0.2236	0.2132	0.0004	0.3186	0.0126	-0.0246	0.2925	-0.0212	0.283	-3.223	11.29	-77.835
11	1.549	0.7912	0.048	0.4246	0.0946	2.08	0.3362	0.2532	-0.074	-0.1687	-0.1567	-0.533	0.2579	0.3235	-0	0.3448	0.0098	-0.0504	0.3382	-0.005	0.379	3.932	14.962	-68.704
12	0.8764	-0.3532	0.2324	0.7001	0.6129	1.0346	-0.2334	0.3972	-0.2368	-0.3362	0.235	-0.2636	0.2095	-0.1038	0.0001	0.3057	-0.0161	-0.0007	0.3011	-0.0026	0.3236	1.133	12.977	-60.237
13	0.8653	-0.285	-0.1331	0.1881	0.0137	0.8962	-0.0885	-0.1173	-0.2472	-0.0582	0.1228	0.1755	0.1908	0.1055	0	0.2472	0.0044	0.0102	0.2643	0.0165	0.3075	7.199	8.184	-52.711
14	0.5572	-0.4899	0.0859	0.6929	0.0526	1.3772	0.0244	0.1973	-0.0793	-0.1363	-0.0103	0.169	0.2415	-0.2196	-0	0.2792	-0.0422	-0.0104	0.3105	-0.0071	0.2656	-15.152	10.074	-68.766

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:25 )	A	5 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 26:86 )	A	26 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 87:123 )	A	87 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 124:198 )	A	124 - 198
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 199:292 )	A	199 - 292
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 293:347 )	A	293 - 347
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 348:393 )	A	348 - 393
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 4:25 )	B	4 - 25
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 26:86 )	B	26 - 86
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 87:221 )	B	87 - 221
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 222:266 )	B	222 - 266
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 267:296 )	B	267 - 296
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 297:327 )	B	297 - 327
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 328:392 )	B	328 - 392

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)