PDB-7obe: X-ray structure of the phosphatase PAPP5 from Arabidopsis thaliana

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7obe

タイトル

X-ray structure of the phosphatase PAPP5 from Arabidopsis thaliana

要素

Isoform 2 of Serine/threonine-protein phosphatase 5

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PHOSPHATASE / PP5 / ARABIDOPSIS THALIANA / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of chlorophyll biosynthetic process / red or far-red light signaling pathway / chloroplast-nucleus signaling pathway / tetrapyrrole binding / plasmodesma / nucleocytoplasmic transport / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphoprotein phosphatase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

von Horsten, S. / Essen, L.-O.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2021
タイトル: Conformational Change of Tetratricopeptide Repeats Region Triggers Activation of Phytochrome-Associated Protein Phosphatase 5.
著者: von Horsten, S. / Essen, L.O.

履歴

登録	2021年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2021年6月9日	ID: 5OBL
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7obe.cif.gz	458.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7obe.ent.gz	313.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7obe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7obe_validation.pdf.gz	759.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7obe_full_validation.pdf.gz	764.2 KB	表示
XML形式データ	7obe_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	7obe_validation.cif.gz	44.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1waoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3km0-d 3fu3-d 3q5i-d 3u9w-d 5ma9-3 3rjl-5 3fu6-d 4l2l-d 3alw-d 7av1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Isoform 2 of Serine/threonine-protein phosphatase 5

B: Isoform 2 of Serine/threonine-protein phosphatase 5

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isoform 2 of Serine/threonine-protein phosphatase 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
57.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Isoform 2 of Serine/threonine-protein phosphatase 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.580, 103.010, 95.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.564, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 9 through 112 or (resid 113...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 9 through 143 or resid 145 through 483))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ASP	GLU	A	5 - 139
d_1	2	ens_1	ARG	PHE	A	141 - 479
d_2	1	ens_1	ASP	GLU	B	1 - 135
d_2	2	ens_1	ARG	PHE	B	139 - 477

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.999951213004, 0.0096974183215, -0.00187927929471), (0.00965156524224, -0.999687961653, -0.023039674776), (-0.0021021182518, 0.0230204127527, -0.999732785146) ...

#1: タンパク質	Isoform 2 of Serine/threonine-protein phosphatase 5 分子量: 57019.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PAPP5, PP5, At2g42810, F7D19.19 / プラスミド: pCDF Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) 参照: UniProt: Q84XU2, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES, PH 7.0, 50 % PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月14日
放射	モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→34.84 Å / Num. obs: 19742 / % possible obs: 99.06 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 31.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 3→3.1 Å / R_merge(I) obs: 0.24 / Num. unique obs: 1982 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3861	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WAO

1wao

解像度: 3→34.84 Å / SU ML: 0.3614 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.3245
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2426	900	4.56 %
R_work	0.21	18838	-
obs	0.2115	19738	99.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→34.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7597	0	6	21	7624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7782
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5824	10502
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0422	1118
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1379
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5806	1041

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.454248588219 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.19	0.3547	135	0.2913	3159	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.19-3.43	0.2868	180	0.2533	3120	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.43-3.78	0.2315	135	0.2177	3136	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.78-4.32	0.2237	135	0.1912	3169	X-RAY DIFFRACTION	99.07
4.32-5.45	0.2276	180	0.1821	3073	X-RAY DIFFRACTION	98.58
5.45-34.84	0.1915	135	0.1757	3181	X-RAY DIFFRACTION	98.28

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.94395176398	-0.131579284661	0.346573134966	0.966863491977	0.234223740274	3.54572250655	0.162814148694	0.451455139244	0.242382822436	-0.479492513563	0.00829481897983	-0.0856619792265	0.141555653649	0.0332636313412	-0.173366684018	0.233358914166	0.0313526003362	-0.0163332585848	0.24271252505	0.0492282466449	0.179956144928	7.17641487251	38.798225111	-62.8695230503
2	2.2056194803	0.497575037896	0.290651514407	2.08491182443	-0.572991591742	5.09162525999	-0.0509792617986	0.147351253338	-0.516272419034	-0.179159927011	-0.140412059281	-0.376434997134	0.373666328308	1.11864663734	0.103194787481	0.377361681839	0.0979625033187	-0.0679307853331	0.435020234988	-0.0101288082071	0.290047629644	17.8478724625	27.5515663578	-49.1482211427
3	2.36771217224	-0.0315369007885	0.11682683057	2.46422933608	-0.217589225483	1.96259628431	0.238200142167	-0.547636364424	0.23004637433	0.89069120751	-0.208804351326	-0.340630447137	-0.43255328788	0.394167677398	-0.0878504037109	0.461535618256	-0.078733944536	0.0139555822971	0.407162954309	-0.0817425282145	0.310609258849	9.36581824553	53.7522467122	-19.2174394923
4	0.637844880973	-0.837507035203	-0.593999844855	4.11723878347	0.111227900286	0.693705959041	0.12366704487	0.288277581311	0.0733408829632	-0.903084379979	-0.1913611125	-0.563635745027	0.129027612228	0.0221614492246	-0.0228204924813	0.340372060992	-0.0384694891953	0.046589490759	0.321907706854	-0.0218948361058	0.212127236893	-16.2133529291	12.6651874414	-31.1562721505
5	2.07646161072	1.10676412605	-0.0240702634295	2.1445783535	-0.12694765394	2.8096013673	0.115149138096	0.267187395258	0.122089706496	0.00410236287342	0.0873799960114	0.066408689573	-0.0926176137351	-0.0936314402554	-0.0883093764725	0.186880961482	0.0253357529367	0.0302437626636	0.202887033437	0.0165225124501	0.156376935403	-2.4556208961	48.8057817177	-38.9339957685
6	1.8086859304	-0.248762289731	1.06533871473	1.27914482339	1.13317415103	2.30103322789	0.367257316095	-0.567625981071	-0.512090129604	1.08272162607	-0.140428067711	0.29337001078	0.977059995235	-0.247774799584	-0.117819284841	0.528770975704	-0.122125288421	-0.031655947108	0.380530575706	0.0444014835203	0.251403746909	-18.620154201	28.9651693978	11.7190565368
7	1.12518547422	-0.138326064806	-0.00865278686284	1.32875357717	0.119654586605	4.34029854155	0.0487323323856	0.0412398583275	0.116940274113	0.0760306929183	-0.0230926304159	-0.317318974123	0.206749713409	0.621984454245	0.0192181119371	0.302757758246	-0.0348276626768	0.0442640552462	0.332604217491	-0.031251359204	0.2034050971	-7.98995904072	39.1919399873	-2.01025459251
8	2.16901921706	-0.648098442206	-0.222472696227	1.98027766259	0.347490615542	1.66092041272	-0.0373244104347	-0.221524847192	0.0553640364513	0.0372287866013	0.0702045761562	-0.0849715448784	-0.0576979893807	-0.0431468861252	-0.0154341727731	0.144925288986	-0.00448088316026	-0.0265317115628	0.191143480383	-0.0166225275158	0.102260550887	-28.07388585	17.5156949194	-11.6258362984

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 19 through 74 )	A	A	19 - 74	15 - 70
2	2	chain 'A' and (resid 75 through 139 )	A	A	75 - 139	71 - 135
3	3	chain 'A' and (resid 140 through 205 )	A	A	140 - 205	136 - 201
4	4	chain 'B' and (resid 140 through 205 )	B	B	140 - 205	132 - 199
5	5	chain 'A' and (resid 206 through 484 )	A	A	206 - 484	202 - 480
6	6	chain 'B' and (resid 23 through 74 )	B	B	23 - 74	15 - 66
7	7	chain 'B' and (resid 75 through 139)	B	B	75 - 139	67 - 131
8	8	chain 'B' and (resid 206 through 483 )	B	B	206 - 483	200 - 477

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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