PDB-7ob7: CPR-C4 - novel protease from the Candidate Phyla Radiation (CPR)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ob7

タイトル

CPR-C4 - novel protease from the Candidate Phyla Radiation (CPR)

要素

CPR-C4

キーワード

HYDROLASE / cysteine protease / peptidase

生物種

candidate division CPR1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.682 Å

データ登録者

Cornish, K.A.S. / Pohl, E.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: CPR-C4 is a highly conserved novel protease from the Candidate Phyla Radiation with remote structural homology to human vasohibins.
著者: Cornish, K.A.S. / Lange, J. / Aevarsson, A. / Pohl, E.

履歴

登録	2021年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ob7.cif.gz	58.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ob7.ent.gz	38.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ob7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ob7_validation.pdf.gz	426.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ob7_full_validation.pdf.gz	426.7 KB	表示
XML形式データ	7ob7_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	7ob7_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7ob7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7ob7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ob6SC 7pjoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CPR-C4

27.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CPR-C4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.307, 79.731, 126.196
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	CPR-C4 分子量: 27174.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) candidate division CPR1 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium malonate dibasic monohydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 1.2819 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.2819 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.581→67.405 Å / Num. obs: 9190 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.7 % / CC_1/2: 0.968 / R_merge(I) obs: 0.505 / R_pim(I) all: 0.243 / R_rim(I) all: 0.562 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.93-67.4	8.4	0.133	260	0.986	0.068	0.15
2.581-2.69	8.2	7.895	1015	0.181	3.982	8.889

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
DIALS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OB6

7ob6

解像度: 2.682→67.405 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 17.409 / SU ML: 0.324 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.789 / ESU R Free: 0.318 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2506	398	4.858 %
R_work	0.2348	7795	-
all	0.236	-	-
obs	-	8193	98.747 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.032 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.94 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.682→67.405 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1653	0	0	18	1671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.223	0.1	27272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.406	1.632	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.331	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.876	22	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.335	15	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.829	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	663
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.304	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.833	4.894	842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.989	7.33	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.74	5.308	858
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.816	7.776	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.438	188.929	27361

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.682-2.751	0.408	33	0.39	515	0.391	621	0.253	0.33	88.2448	0.353
2.751-2.827	0.375	24	0.369	534	0.369	560	0.454	0.477	99.6429	0.318
2.827-2.908	0.346	29	0.325	534	0.326	563	0.548	0.588	100	0.291
2.908-2.998	0.331	26	0.319	532	0.319	558	0.682	0.711	100	0.295
2.998-3.096	0.337	27	0.28	505	0.283	533	0.815	0.812	99.8124	0.246
3.096-3.204	0.328	29	0.254	492	0.258	522	0.835	0.848	99.8084	0.222
3.204-3.325	0.239	37	0.228	487	0.229	524	0.877	0.895	100	0.2
3.325-3.46	0.297	20	0.217	466	0.22	488	0.886	0.902	99.5902	0.183
3.46-3.614	0.173	19	0.2	431	0.199	451	0.952	0.93	99.7783	0.177
3.614-3.79	0.211	17	0.175	431	0.177	448	0.938	0.952	100	0.152
3.79-3.994	0.195	22	0.171	406	0.173	432	0.952	0.954	99.0741	0.16
3.994-4.235	0.18	24	0.169	369	0.17	399	0.955	0.953	98.4962	0.154
4.235-4.527	0.204	19	0.179	356	0.18	375	0.96	0.948	100	0.165
4.527-4.887	0.212	22	0.196	338	0.197	366	0.931	0.947	98.3607	0.184
4.887-5.351	0.301	8	0.208	325	0.21	336	0.914	0.938	99.1071	0.198
5.351-5.978	0.204	10	0.243	286	0.241	298	0.931	0.941	99.3289	0.234
5.978-6.894	0.21	8	0.268	263	0.266	271	0.947	0.926	100	0.259
6.894-8.421	0.216	11	0.195	226	0.196	237	0.96	0.958	100	0.2
8.421-11.817	0.276	6	0.204	184	0.206	191	0.966	0.975	99.4764	0.229
11.817-67.405	0.339	6	0.403	115	0.4	123	0.92	0.863	98.374	0.422

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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