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万見
- PDB-7oa7: PilC minor pilin of Streptococcus sanguinis 2908 type IV pili -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oa7
タイトルPilC minor pilin of Streptococcus sanguinis 2908 type IV pili
要素PilC minor pilin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / pilin
機能・相同性establishment of competence for transformation / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / cell surface / membrane / Type II secretion system protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus sanguinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Sheppard, D. / Pelicic, V.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P022197/1 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Characterization of a glycan-binding complex of minor pilins completes the analysis of Streptococcus sanguinis type 4 pili subunits.
著者: Shahin, M. / Sheppard, D. / Raynaud, C. / Berry, J.L. / Gurung, I. / Silva, L.M. / Feizi, T. / Liu, Y. / Pelicic, V.
履歴
登録2021年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PilC minor pilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0355
ポリマ－41,9261
非ポリマー1094
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area480 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area16570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.481, 96.481, 85.078
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-875-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PilC minor pilin / Type IV pilus protein


分子量: 41925.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sanguinis (バクテリア)
遺伝子: pilC, FKX92_10835, SSV_2237 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B7GRV8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulphate; 0.01 M cadmium chloride hemi (pentahydrate); 0.1 M Pipes (pH 7.0); 15 % v/v PEG smear broad; 10 % v/v ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→85.08 Å / Num. obs: 81269 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.97 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / Num. unique obs: 4043 / CC1/2: 0.541

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→83.56 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 --
Rwork0.183 --
obs-5273 99.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 28.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→83.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2761 0 4 404 3169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00672812
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99973809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0921429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.70041018

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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