PDB-7o9o: Crystal structure of the Awp3b (adhesin-like wall protein 3b) A-d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o9o

タイトル

Crystal structure of the Awp3b (adhesin-like wall protein 3b) A-domain from Candida glabrata

要素

AWP3b

キーワード

CELL ADHESION / Candida glabrata / putative adhesin / adhesin-like wall protein / Awp / adhesion / beta-helix / haze-protective factor / cell wall protein

機能・相同性

AWP3b

機能・相同性情報

生物種

Candida glabrata (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Reithofer, V. / de Groot, P. / Essen, L.-O.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2021
タイトル: A novel class of Candida glabrata cell wall proteins with beta-helix fold mediates adhesion in clinical isolates.
著者: Reithofer, V. / Fernandez-Pereira, J. / Alvarado, M. / de Groot, P. / Essen, L.O.

履歴

登録	2021年4月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o9o.cif.gz	247.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o9o.ent.gz	164.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o9o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o9o_validation.pdf.gz	419.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o9o_full_validation.pdf.gz	419.8 KB	表示
XML形式データ	7o9o_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	7o9o_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o9o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o9o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o9pC 7o9qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c1t-1 6dwu-8 3n3w-d 6wgh-d 7jr2-2 6pyf-1 7jr1-3 6dwu-30 7jow-d 2nzj-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AWP3b

ヘテロ分子

38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.970, 147.970, 117.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-998- HOH

#1: タンパク質	AWP3b 分子量: 38713.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 遺伝子: AWP3b, GWK60_J11715 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G7JIM8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.62 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium phosphate, 0.1 M potassium phosphate, 0.1 M MES pH6.5, 2.0 M sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→56.28 Å / Num. obs: 69278 / % possible obs: 96.96 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.75 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.68
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / Num. unique obs: 6889 / CC_1/2: 0.431 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Awp3bA-Gd

解像度: 1.55→56.28 Å / SU ML: 0.1933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.88 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1882	6595	5 %
R_work	0.1593	125200	-
obs	0.1608	69278	94.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→56.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2488	0	2	571	3061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	2601
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9919	3547
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0683	393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	479
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1809	1534

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.3246	230	0.3246	4158	X-RAY DIFFRACTION	93.94
1.57-1.59	0.3443	219	0.3204	4128	X-RAY DIFFRACTION	94.42
1.59-1.61	0.3155	227	0.3141	4174	X-RAY DIFFRACTION	94.24
1.61-1.63	0.3136	242	0.2971	4185	X-RAY DIFFRACTION	94.55
1.63-1.65	0.3061	223	0.299	3970	X-RAY DIFFRACTION	90.15
1.65-1.67	0.2861	222	0.2861	3791	X-RAY DIFFRACTION	86.75
1.67-1.69	0.2865	222	0.2706	4081	X-RAY DIFFRACTION	93.62
1.69-1.72	0.2894	204	0.2653	4274	X-RAY DIFFRACTION	94.63
1.72-1.75	0.2597	207	0.2472	4179	X-RAY DIFFRACTION	94.83
1.75-1.77	0.2034	189	0.2334	4266	X-RAY DIFFRACTION	95.21
1.77-1.8	0.2516	246	0.2277	4149	X-RAY DIFFRACTION	94.68
1.8-1.84	0.274	219	0.2151	4183	X-RAY DIFFRACTION	94.95
1.84-1.87	0.2074	205	0.1966	4264	X-RAY DIFFRACTION	95.02
1.87-1.91	0.2312	236	0.1865	4168	X-RAY DIFFRACTION	95.12
1.91-1.95	0.1971	193	0.1682	4158	X-RAY DIFFRACTION	93.85
1.95-2	0.2018	193	0.1616	3853	X-RAY DIFFRACTION	86.45
2-2.05	0.1856	214	0.1571	4252	X-RAY DIFFRACTION	96.5
2.05-2.1	0.1774	221	0.1539	4243	X-RAY DIFFRACTION	96.02
2.1-2.17	0.2119	191	0.1443	4240	X-RAY DIFFRACTION	95.74
2.17-2.24	0.1594	225	0.1347	4314	X-RAY DIFFRACTION	96.35
2.24-2.32	0.1562	240	0.1304	4228	X-RAY DIFFRACTION	97.02
2.32-2.41	0.1899	213	0.1271	4337	X-RAY DIFFRACTION	97.47
2.41-2.52	0.1615	226	0.138	4023	X-RAY DIFFRACTION	91.16
2.52-2.65	0.196	223	0.1548	4079	X-RAY DIFFRACTION	92.72
2.65-2.82	0.1794	200	0.1524	4364	X-RAY DIFFRACTION	97.79
2.82-3.03	0.2004	237	0.1506	4318	X-RAY DIFFRACTION	97.89
3.03-3.34	0.1705	257	0.1341	4303	X-RAY DIFFRACTION	98.45
3.34-3.82	0.1369	226	0.1114	3980	X-RAY DIFFRACTION	89.99
3.82-4.82	0.1156	242	0.1026	4320	X-RAY DIFFRACTION	98.38
4.82-56.28	0.2192	203	0.1709	4218	X-RAY DIFFRACTION	94.47

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.176184621513	-0.158516136803	0.18338581988	0.363047644075	-0.120921170063	0.776831429176	-0.00970649414274	0.0783376671127	-0.00397880766184	-0.197214742006	-0.0333186922577	0.0456127208019	-0.0437657288212	0.0597814633797	-2.79035300441E-5	0.236200662804	-0.0162076830764	-0.00906764783329	0.146426025477	0.0324618172084	0.159952160753	105.870537206	157.440451662	-15.8352601107
2	0.147088808242	0.0580321929154	0.10993107868	0.935372302377	-0.0779124092354	0.744729358198	0.00210084238758	0.0330627783951	0.0186630992975	-0.0874788688977	-0.0163082734324	0.13769216149	0.0597235197393	0.0428567497122	0.000762193328451	0.144787745747	0.00191072225442	-0.00363106899152	0.118117465402	0.0137640130725	0.15232820779	103.348893611	146.144362467	2.15704837345
3	0.421944104493	0.146011902294	0.357872964164	0.353776140046	0.0790459768748	0.310098109371	0.0114061007951	-0.119040278447	-0.0259361266631	0.0978167238843	-0.043158544763	0.147878250261	0.198676058584	-0.0716164857125	-3.52264811543E-5	0.223483249857	-0.0158989001767	0.0524559878905	0.152398384295	0.00676858865964	0.191553642429	96.6497131026	136.678157002	20.1650300823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 93 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 94 through 281 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 282 through 344)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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