PDB-7o99: diMn-sulerythrin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o99

タイトル

diMn-sulerythrin

要素

Sulerythrin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / sulerythrin / Hydrogen peroxide / molecular oxygen / bi-metallic binding site

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurisphaera tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Jeoung, J.-H. / Dobbek, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Bimetallic Mn, Fe, Co, and Ni Sites in a Four-Helix Bundle Protein: Metal Binding, Structure, and Peroxide Activation.
著者: Jeoung, J.H. / Runger, S. / Haumann, M. / Neumann, B. / Klemke, F. / Davis, V. / Fischer, A. / Dau, H. / Wollenberger, U. / Dobbek, H.

履歴

登録	2021年4月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o99.cif.gz	144.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o99.ent.gz	113.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o99.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o99_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o99_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7o99_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	7o99_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o89C 7o8aC 7o8dC 7o90C 7o91C 7o93C 7o9cC 7o9dC 7o9eC 1j30S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o9d-d 7o9e-d 7o90-d 7o8d-d 7o93-d 7o9c-d 3q34-1 7o89-1 7o91-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sulerythrin

B: Sulerythrin

ヘテロ分子

32.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.756, 72.756, 98.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-420- HOH
2	1	B-505- HOH

#1: タンパク質	Sulerythrin 分子量: 16293.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (古細菌) 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: ST2370, STK_23700 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: F9VPE5
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 20-25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→38.78 Å / Num. obs: 83859 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 9.92 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.24→1.28 Å / Num. unique obs: 8233 / CC_1/2: 0.536

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1J30

1j30

解像度: 1.24→38.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 1.475 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15563	2100	2.5 %	RANDOM
R_work	0.1224	-	-	-
obs	0.12324	81758	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.623 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.49 Å²	-0.24 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.49 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.24→38.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2245	0	6	385	2636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2345
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.848	1.653	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.712	1.584	5051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.414	5	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.107	22.463	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.022	15	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.073	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.164	1.65	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.104	1.636	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.559	2.474	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.551	2.473	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.482	1.999	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.481	2.005	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.071	2.858	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.887	22.695	3051
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.715	20.89	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.375	3	4530
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.24→1.269 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	151	-
R_work	0.25	5900	-
obs	-	-	98.21 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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