PDB-7o90: Mono-Fe-sulerythrin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o90

タイトル

Mono-Fe-sulerythrin

要素

Sulerythrin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / sulerythrin / Hydrogen peroxide / molecular oxygen / bi-metallic binding site

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfurisphaera tokodaii str. 7 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Jeoung, J.-H. / Dobbek, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Bimetallic Mn, Fe, Co, and Ni Sites in a Four-Helix Bundle Protein: Metal Binding, Structure, and Peroxide Activation.
著者: Jeoung, J.H. / Runger, S. / Haumann, M. / Neumann, B. / Klemke, F. / Davis, V. / Fischer, A. / Dau, H. / Wollenberger, U. / Dobbek, H.

履歴

登録	2021年4月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o90.cif.gz	178.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o90.ent.gz	144.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o90_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o90_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7o90_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	7o90_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/7o90	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o89C 7o8aC 7o8dC 7o91C 7o93C 7o99C 7o9cC 7o9dC 7o9eC 1j30S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o9e-d 7o89-1 7o9d-d 7o99-d 1j30-d 7o9c-d 7o91-2 7o8d-d 7o93-d 4di0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sulerythrin

B: Sulerythrin

ヘテロ分子

32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.877, 72.877, 98.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-330- HOH
2	1	A-446- HOH
3	1	A-456- HOH
4	1	B-429- HOH

#1: タンパク質	Sulerythrin 分子量: 16098.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfurisphaera tokodaii str. 7 (古細菌) 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: F9VPE5
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 20-25% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→49.16 Å / Num. obs: 48401 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 10.29 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.49→1.54 Å / Num. unique obs: 4793 / CC_1/2: 0.661

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.1_4122: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1J30

1j30

解像度: 1.49→49.16 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1778	2101	4.34 %
R_work	0.1496	-	-
obs	0.1509	48393	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→49.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2223	0	4	292	2519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.907	3144
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.814	878
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	320
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	420

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.49-1.52	0.2729	139	0.2619	3055	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.56	0.2803	139	0.241	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.6	0.2319	140	0.2106	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.65	0.2178	141	0.1958	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.7	0.2111	139	0.1824	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.76	0.2217	138	0.1795	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.84	0.1889	141	0.1782	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.92	0.1796	140	0.1611	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-2.02	0.1528	139	0.1445	3074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.15	0.1808	141	0.1344	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.31	0.1442	139	0.1304	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.55	0.1521	141	0.1333	3105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.91	0.1635	141	0.1409	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.67	0.177	140	0.1478	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-49.16	0.1752	143	0.1342	3138	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.3458	-0.1088	-0.7409	1.5646	-0.1263	1.5002	-0.0339	0.1451	-0.219	0.1791	-0.0056	-0.3045	0.1196	0.1143	0.0278	0.2054	0.0215	-0.0637	0.1655	0.0347	0.1882	13.6985	27.9256	30.1511
2	5.4622	0.3202	-1.8657	1.7133	-0.1446	1.7223	0.0639	-0.3096	0.067	0.256	-0.0012	-0.1775	-0.099	0.0419	-0.0783	0.2013	-0.0073	-0.0556	0.1965	0.0213	0.1378	10.5217	35.9361	32.4436
3	1.4667	1.1319	-0.1085	2.5615	-0.0209	0.6731	-0.0453	0.0786	-0.2915	-0.1932	0.0426	-0.4035	0.0394	0.0716	0.0051	0.1833	0.0181	0.0378	0.1892	-0.0181	0.2817	14.3713	22.7349	13.3529
4	3.1993	2.9438	-1.5947	7.6953	-3.1218	3.4293	-0.0577	0.2859	-0.0715	-0.4312	0.2034	-0.0279	-0.0622	-0.0705	-0.1803	0.1696	0.0176	0.0248	0.1535	-0.0499	0.1438	5.8608	26.0359	8.9204
5	1.1574	1.0073	-0.0914	7.3028	-1.4348	0.9827	0.0403	-0.0885	-0.2614	0.2104	-0.0527	-0.3402	0.0709	0.0411	0.0461	0.146	0.0206	-0.0204	0.1552	0.0043	0.1774	10.6897	25.3535	21.7623
6	1.1686	0.1822	0.0674	1.774	-0.0489	0.6358	0.0412	-0.2245	-0.235	0.3036	-0.0264	-0.1735	0.0223	0.017	-0.0401	0.1557	-0.0008	-0.0308	0.1536	0.0319	0.141	6.1363	26.2418	28.7769
7	4.2883	-0.449	-0.9976	2.1946	0.0702	2.7649	0.0425	-0.5192	0.0387	0.5301	0.0099	-0.4877	0.0065	0.2627	0.0051	0.358	-0.0061	-0.1824	0.3354	0.0572	0.2563	19.8722	31.9509	40.6105

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 112 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 113 through 143 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 37 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 38 through 97 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 98 through 142 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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