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万見
- PDB-7o7j: Crystal structure of the human HIPK3 kinase domain bound to abema... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o7j
タイトルCrystal structure of the human HIPK3 kinase domain bound to abemaciclib
要素Homeodomain-interacting protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE / serine/threonine kinase / CMGC kinase / homeodomain-interacting protein kinase 3 / transcription / abemaciclib
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of JUN kinase activity / mRNA transcription / peptidyl-threonine phosphorylation / PML body / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / nuclear body / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation ...negative regulation of JUN kinase activity / mRNA transcription / peptidyl-threonine phosphorylation / PML body / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / nuclear body / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6ZV / Homeodomain-interacting protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Kaltheuner, I.H. / Anand, K. / Geyer, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GE 976/9-2 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Abemaciclib is a potent inhibitor of DYRK1A and HIP kinases involved in transcriptional regulation.
著者: Kaltheuner, I.H. / Anand, K. / Moecking, J. / Duster, R. / Wang, J. / Gray, N.S. / Geyer, M.
履歴
登録2021年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeodomain-interacting protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6512
ポリマ－46,1451
非ポリマー5071
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.064, 81.064, 178.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Homeodomain-interacting protein kinase 3 / Androgen receptor-interacting nuclear protein kinase / ANPK / Fas-interacting serine/threonine- ...Androgen receptor-interacting nuclear protein kinase / ANPK / Fas-interacting serine/threonine-protein kinase / FIST / Homolog of protein kinase YAK1


分子量: 46144.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIPK3, DYRK6, FIST3, PKY
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q9H422, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-6ZV / N-{5-[(4-ethylpiperazin-1-yl)methyl]pyridin-2-yl}-5-fluoro-4-[4-fluoro-2-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-benzimidazol-6-yl]py rimidin-2-amine / Abemaciclib / LY-2835219


分子量: 506.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32F2N8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.28 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris/HCl (pH 8.0), 0.2 M MgCl2, and 8% PEG 8000 solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→45.44 Å / Num. obs: 17239 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 16.3 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.06367 / Net I/σ(I): 23.68
反射 シェル解像度: 2.81→2.91 Å / Num. unique obs: 1679 / CC1/2: 0.825

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HIPK3

解像度: 2.81→45.44 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2733 863 5.01 %
Rwork0.2459 16376 -
obs0.2473 17239 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 194.98 Å2 / Biso mean: 116.1661 Å2 / Biso min: 68.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→45.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2943 0 37 15 2995
Biso mean--98.03 113.47 -
残基数----368
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.81-2.980.35651400.332226522792
2.98-3.210.39951410.38226792820
3.21-3.540.35811430.313427002843
3.54-4.050.29411430.295127212864
4.05-5.10.26481450.239927372882
5.1-45.440.2421510.20528873038
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -44.0233 Å / Origin y: 13.8086 Å / Origin z: -37.6159 Å
111213212223313233
T0.8967 Å20.1426 Å2-0.004 Å2-0.5862 Å20.0526 Å2--0.815 Å2
L3.3592 °20.0101 °20.9442 °2-1.7918 °20.4464 °2--4.9949 °2
S-0.1632 Å °-0.1196 Å °0.249 Å °0.1447 Å °-0.0608 Å °0.062 Å °-0.2903 Å °-0.1551 Å °0.2688 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA184 - 551
2X-RAY DIFFRACTION1allA900
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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