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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o6m | ||||||
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タイトル | 14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45 and covalently bound TCF521-097 | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / benzaldehyde / covalent fragment / p65 / 1433 / RelA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetaldehyde metabolic process / prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / cellular response to peptidoglycan / Regulated proteolysis of p75NTR / ankyrin repeat binding / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 ...acetaldehyde metabolic process / prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / cellular response to peptidoglycan / Regulated proteolysis of p75NTR / ankyrin repeat binding / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / SUMOylation of immune response proteins / CLEC7A/inflammasome pathway / negative regulation of protein sumoylation / defense response to tumor cell / postsynapse to nucleus signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / cellular response to interleukin-6 / Interleukin-1 processing / actinin binding / cellular response to angiotensin / response to UV-B / NF-kappaB complex / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / Regulation of NFE2L2 gene expression / interleukin-1-mediated signaling pathway / vascular endothelial growth factor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of miRNA metabolic process / response to cobalamin / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / non-canonical NF-kappaB signal transduction / phosphate ion binding / cellular response to lipoteichoic acid / TRAF6 mediated NF-kB activation / response to muramyl dipeptide / The NLRP3 inflammasome / Regulation of localization of FOXO transcription factors / general transcription initiation factor binding / keratinocyte proliferation / Transcriptional Regulation by VENTX / NF-kappaB binding / hair follicle development / phosphoserine residue binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / neuropeptide signaling pathway / canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / response to amino acid / cellular response to interleukin-1 / establishment of skin barrier / cellular defense response / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / RHO GTPases activate PKNs / response to cAMP / protein kinase A signaling / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein sequestering activity / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / negative regulation of innate immune response / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / protein export from nucleus / NF-kB is activated and signals survival / CD209 (DC-SIGN) signaling / response to interleukin-1 / negative regulation of angiogenesis / : / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of miRNA transcription / liver development / positive regulation of interleukin-1 beta production / stem cell proliferation / response to cytokine / positive regulation of interleukin-8 production / response to ischemia / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / response to progesterone / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / Activation of NF-kappaB in B cells / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wolter, M. / Ottmann, C. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: An Exploration of Chemical Properties Required for Cooperative Stabilization of the 14-3-3 Interaction with NF-kappa B-Utilizing a Reversible Covalent Tethering Approach. 著者: Wolter, M. / Valenti, D. / Cossar, P.J. / Hristeva, S. / Levy, L.M. / Genski, T. / Hoffmann, T. / Brunsveld, L. / Tzalis, D. / Ottmann, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o6m.cif.gz | 71.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o6m.ent.gz | 50.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o6m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o6m_validation.pdf.gz | 648 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7o6m_full_validation.pdf.gz | 650.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7o6m_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o6m_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o6m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7bi3C 7biqC 7biwC 7biyC 7bjbC 7bjfC 7bjlC 7bjwC 7bkhC 7nj9C 7njbC 7nk3C 7nk5C 7nlaC 7nleC 7nm1C 7nm3C 7nm9C 7nmhC 7nr7C 7nv4C 7nviC 7nwsC 7nxsC 7nxtC 7nxwC 7nxyC 7ny4C 7nyeC 7nyfC 7nygC 7nz6C 7nzgC 7nzkC 7nzvC 7o34C 7o3aC 7o3fC 7o3pC 7o3qC 7o3rC 7o3sC 7o57C 7o59C 7o5aC 7o5cC 7o5dC 7o5fC 7o5gC 7o5oC 7o5pC 7o5sC 7o5uC 7o5xC 7o6fC 7o6gC 7o6iC 7o6jC 7o6kC 7o6oC 6qhlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP
#1: タンパク質 | 分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1412.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: the sequence follows an alternative sequencing (ID: CAA80524) 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q04206 |
-非ポリマー , 4種, 251分子
#3: 化合物 | ChemComp-V42 / ( |
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#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 化合物 | ChemComp-CL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.095 M HEPES Na pH 7.1, 27% PEG400, 0.19M Calcium chloride, 5% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→34.41 Å / Num. obs: 57378 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 14.95 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.015 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 20.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6QHL 解像度: 1.4→34.13 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.03 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: MOLECULAR REPLACEMENT
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 84.66 Å2 / Biso mean: 20.4223 Å2 / Biso min: 9.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→34.13 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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