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Yorodumi- PDB-7o61: Crystal structure of the C-terminal PASTA domains of Staphylococc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7o61 | ||||||
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Title | Crystal structure of the C-terminal PASTA domains of Staphylococcus aureus PBP1 | ||||||
Components | Penicillin-binding protein 1 | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Penicillin binding protein / PASTA domain / penicillin-binding protein and serine/threonine kinase associated domain / peptidoglycan binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information plasma membrane => GO:0005886 / penicillin binding / cell wall organization Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Rao, V.A. / Lewis, R.J. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the C-terminal PASTA domains of Staphylococcus aureus PBP1 Authors: Rao, V.A. / Lewis, R.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7o61.cif.gz | 127.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7o61.ent.gz | 81.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7o61.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o61 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5oauS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16396.023 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (bacteria) Strain: NCTC 8325 / PS 47 / Gene: SAOUHSC_01145 / Plasmid: pOPINRSF Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q2FZ94 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.04 % / Description: Orthorhombic |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium/potassium phosphate pH 6.2, 50 % (v/v) PEG 200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 1.3513 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 23, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.3513 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→44.81 Å / Num. obs: 28660 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 32.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 14.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.82 Å / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1610 / CC1/2: 0.923 / Rpim(I) all: 0.391 / Rrim(I) all: 0.774 / Χ2: 0.66 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5oau Resolution: 1.78→44.81 Å / SU ML: 0.2194 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.5921 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→44.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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