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- PDB-7o61: Crystal structure of the C-terminal PASTA domains of Staphylococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o61
タイトルCrystal structure of the C-terminal PASTA domains of Staphylococcus aureus PBP1
要素Penicillin-binding protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / Penicillin binding protein / PASTA domain / penicillin-binding protein and serine/threonine kinase associated domain / peptidoglycan binding
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / PASTA / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Rao, V.A. / Lewis, R.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N002679/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal PASTA domains of Staphylococcus aureus PBP1
著者: Rao, V.A. / Lewis, R.J.
履歴
登録2021年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 1
B: Penicillin-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7922
ポリマ－32,7922
非ポリマー00
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.782, 81.393, 89.617
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 1


分子量: 16396.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: SAOUHSC_01145 / プラスミド: pOPINRSF
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q2FZ94
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.04 % / 解説: Orthorhombic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium/potassium phosphate pH 6.2, 50 % (v/v) PEG 200

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.3513 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3513 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→44.81 Å / Num. obs: 28660 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 32.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.78→1.82 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1610 / CC1/2: 0.923 / Rpim(I) all: 0.391 / Rrim(I) all: 0.774 / Χ2: 0.66 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5oau

5oau


解像度: 1.78→44.81 Å / SU ML: 0.2194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5921
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 1368 4.79 %
Rwork0.1877 27200 -
obs0.1888 28568 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→44.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1739 0 0 123 1862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00451785
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75462419
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0517289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033313
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6365241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.840.40991320.33972663X-RAY DIFFRACTION99.61
1.84-1.920.25121370.27272661X-RAY DIFFRACTION99.5
1.92-20.26751300.22742687X-RAY DIFFRACTION99.68
2-2.110.23851190.20262702X-RAY DIFFRACTION99.68
2.11-2.240.23681490.19782678X-RAY DIFFRACTION99.82
2.24-2.420.19621370.19172696X-RAY DIFFRACTION99.89
2.42-2.660.24881420.19192735X-RAY DIFFRACTION99.86
2.66-3.040.23161340.20652730X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.830.19121330.17732758X-RAY DIFFRACTION99.62
3.83-44.810.18421550.16322890X-RAY DIFFRACTION99.38
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6580162844-1.05461220913-4.638996344284.81554743947-0.7777870114568.11007903338-0.1372210104510.299858308579-0.1692888667280.2477151024750.006308657724080.4222480997970.506609147321-0.4499923791740.09091523407140.469450824112-0.0556014765665-0.0006375374286140.310336175741-0.01259286571590.35508566776-12.7484087091-17.8564300583-5.41828727021
28.71265015209-0.2393287071-2.804574272034.694995486721.615172202346.98991990463-0.02205318362780.49670225421-0.1332266647620.0414348385811-0.125273992220.5028052884460.0286288088561-0.7316129996180.1023228810620.342863837801-0.0105420978724-0.0270245887970.272182568205-0.01231730847420.240749064574-12.1449474157-13.3741603333-12.1519862852
32.47670748793-0.0153693339184-2.145129076726.10227025194-2.685634149626.351301418590.167818835965-0.0371532795973-0.0201643893606-0.0769411780218-0.0834184870907-0.181464871796-0.1077116986520.385397082557-0.03912156091090.336830788944-0.0330023994320.01233102038950.2807056292520.02568893516790.27559720678-0.975181683083-12.8606300427-10.8910958038
47.34201631466.0265074672-2.657430205595.57513764948-3.291632168584.720638787270.288377076496-0.889778550472-0.5064845682350.481804403617-0.838152425575-0.1597779917660.1077342838050.531297298820.4361486037120.523101260613-0.0649728481870.09415786738130.269579465312-0.04421768419520.353265114111-10.7689137378-15.7951099590.872957703996
59.35416297650.639992300654-4.162285115063.96850259414-1.337883061845.400292665980.2881628239260.5890640752650.3989694123810.251559796409-0.03600333036060.318448685149-0.481332768938-0.369665620383-0.2723637430840.35799345353-0.01485904114960.01689484714480.223618089434-0.01949975371550.251594951987-13.7912519827-10.1759859406-4.84199143084
66.68777976753-2.25538660518-0.999271540334.68550470942-0.2167706051115.477669831410.254777668295-0.2078008372240.01010688668270.685877822715-0.1822767712770.126571414202-0.191751513356-0.0701729572915-0.05569478103350.542861093714-0.1056112332220.0225312654170.294783984795-0.00151174158970.359177823588-5.73585344285-1.66479858647-5.06812186375
74.87986570642-2.12132804034-4.795197821516.755948918675.243857851326.424883896750.075276993478-0.798887566874-0.3958743112710.932329363061-0.152347309562-0.0729374080405-0.1901401112870.5650978357920.001078571492320.744187886898-0.04818498225740.09240447732890.385970129267-0.0619541547810.353133453904-2.522463646124.52913703521.0798399172
89.644487238760.840684004657-3.102795722495.912075153221.668253805785.189986419330.342261330335-0.2951459520590.620070067260.350668770422-0.03678756031880.270825587655-0.4705291058460.0895721341579-0.3540800135540.629069582037-0.05813298981460.07602469677360.3067350282080.01332423536020.388329808358-3.165243528735.30785616494-7.31161587313
90.352482468610.946190581552-0.4362392048113.566177414711.591464121298.007801256720.2094730421010.181021646751.771420151150.5902091980440.3386017643260.421664154518-1.37530624354-0.449861866761-0.5570855804860.754007528288-0.01238800736330.2663848951970.375273559832-0.0293418090590.717881482904-10.18536582699.40272091837-2.37781784576
108.37420034529-0.770787038896-4.472539690876.724641330320.3543733577598.02242724671-0.1942742943130.218893011547-0.9136966668140.297093126534-0.0940440870696-0.7801779284420.7749466521690.8097763862650.06775550301870.4216739679970.0303604493582-0.02553108533630.40158760788-0.03556300101770.451581886803-15.5823535131-17.815097300415.1083271648
117.68955022879-0.675879015022-1.049254557067.378057657710.1096071189089.240900455130.181800064432-0.464764133628-0.2455021102291.04708522598-0.307242877618-0.638100587530.03333561974830.652606188050.06396076380390.397360541838-0.0207770268833-0.08936345055650.335146047035-0.009696454729860.303554825186-14.2087527722-13.331153104122.3438057583
123.510546800181.53968408213-0.8212173723826.320394388122.932956306616.89896431457-0.0307712155107-0.0957991818808-0.264463480072-0.0307940381368-0.041149352492-0.252361164038-0.0618715102840.108375267140.1628541371490.290658554312-0.0040539409961-0.02177639457730.2049804289180.03570506804360.237033538845-16.6167655872-11.847612132815.2640376534
135.606136949590.269762984433-0.897895981636.873492568120.6782579363665.860598636780.1186931814120.08335895275270.416575991563-0.9026916411870.00867843568117-0.348354328348-0.1979924611220.286552346401-0.1812339445070.5017041382640.002847985159110.04640015808630.334512904962-0.05117484611520.330113076136-13.29920492531.1113099458914.7445980858
145.64430476723-1.52646055339-4.724591250378.794615274930.6786774849644.675451048650.427499366380.5660900603970.772805328699-0.6622114216410.234098746013-0.162303204257-0.722337203916-0.334827827152-0.6827572326390.721957628794-0.04444593036610.01864679839180.43227137068-0.01687078184180.431355844501-14.08678864638.3259429135217.4054454664
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 5 through 16 )AA5 - 161 - 12
22chain 'A' and (resid 17 through 34 )AA17 - 3413 - 30
33chain 'A' and (resid 35 through 43 )AA35 - 4331 - 39
44chain 'A' and (resid 44 through 49 )AA44 - 4940 - 45
55chain 'A' and (resid 50 through 61 )AA50 - 6146 - 57
66chain 'A' and (resid 62 through 85 )AA62 - 8558 - 83
77chain 'A' and (resid 86 through 92 )AA86 - 9284 - 92
88chain 'A' and (resid 93 through 113 )AA93 - 11393 - 113
99chain 'A' and (resid 114 through 120 )AA114 - 120114 - 120
1010chain 'B' and (resid 4 through 16 )BB4 - 161 - 13
1111chain 'B' and (resid 17 through 34 )BB17 - 3414 - 31
1212chain 'B' and (resid 35 through 55 )BB35 - 5532 - 52
1313chain 'B' and (resid 56 through 100 )BB56 - 10053 - 101
1414chain 'B' and (resid 101 through 120 )BB101 - 120102 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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