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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o61 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal PASTA domains of Staphylococcus aureus PBP1 | ||||||
要素 | Penicillin-binding protein 1 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Penicillin binding protein / PASTA domain / penicillin-binding protein and serine/threonine kinase associated domain / peptidoglycan binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Rao, V.A. / Lewis, R.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the C-terminal PASTA domains of Staphylococcus aureus PBP1 著者: Rao, V.A. / Lewis, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o61.cif.gz | 127.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o61.ent.gz | 81.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o61.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o61_validation.pdf.gz | 424.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7o61_full_validation.pdf.gz | 425.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7o61_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o61_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/7o61 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5oauS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16396.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: SAOUHSC_01145 / プラスミド: pOPINRSF 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q2FZ94 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.04 % / 解説: Orthorhombic |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium/potassium phosphate pH 6.2, 50 % (v/v) PEG 200 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.3513 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3513 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→44.81 Å / Num. obs: 28660 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 32.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.82 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1610 / CC1/2: 0.923 / Rpim(I) all: 0.391 / Rrim(I) all: 0.774 / Χ2: 0.66 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5oau 解像度: 1.78→44.81 Å / SU ML: 0.2194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5921 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→44.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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