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- PDB-7o56: X-ray Structure of Interferon Regulatory Factor 4 DNA binding dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o56
タイトルX-ray Structure of Interferon Regulatory Factor 4 DNA binding domain bound to an interferon-stimulated response element solved by Phosphorus and Sulphur SAD methods
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*T)-3')
  • Interferon regulatory factor 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / INTERFERON REGULATORY FACTORS / TRANSCRIPTION REGULATION / PROTEIN-DNA INTERACTION / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / myeloid dendritic cell differentiation / immune system process / positive regulation of interleukin-4 production / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer ...T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / myeloid dendritic cell differentiation / immune system process / positive regulation of interleukin-4 production / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / T cell activation / positive regulation of interleukin-2 production / Interferon gamma signaling / nucleosome / Interferon alpha/beta signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily ...Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Interferon regulatory factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者El Omari, K. / Agnarelli, A. / Duman, R. / Wagner, A. / Mancini, E.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust204833/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Phosphorus and sulfur SAD phasing of the nucleic acid-bound DNA-binding domain of interferon regulatory factor 4.
著者: Agnarelli, A. / El Omari, K. / Duman, R. / Wagner, A. / Mancini, E.J.
履歴
登録2021年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon regulatory factor 4
D: DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*T)-3')
B: Interferon regulatory factor 4
C: Interferon regulatory factor 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8005
ポリマ－61,8005
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.880, 112.440, 140.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 22 through 102 or resid 104 through 130))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 22 through 102 or resid 104 through 130))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 22 through 102 or resid 104 through 130))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYASNA2 - 82
d_12ens_1SERGLUA84 - 110
d_21ens_1GLYASND1 - 81
d_22ens_1SERGLUD83 - 109
d_31ens_1GLYASNE4 - 84
d_32ens_1SERGLUE86 - 112

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.394597010314, 0.837441651588, -0.378133150671), (0.831574923571, 0.500531120979, 0.240731683455), (0.390866148367, -0.21945404329, -0.893903561322)-63.797458965, 62.0550867748, -155.554115216
2given(-0.0735725878509, 0.793842736131, 0.603656180792), (0.501663481526, 0.552599363976, -0.665558182458), (-0.861928550183, 0.253865423452, -0.438898076044)48.421124404, -8.25939769158, -153.861064753

-
要素

#1: タンパク質 Interferon regulatory factor 4 / IRF-4 / Lymphocyte-specific interferon regulatory factor / LSIRF / Multiple myeloma oncogene 1 / NF-EM5


分子量: 16306.470 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRF4, MUM1 / プラスミド: pCDFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15306
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*A)-3')


分子量: 6514.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量: 6366.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 0.1M sodium acetate, 5% PEG 4000, 10mM EDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.7552 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月14日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.7552 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→70.33 Å / Num. obs: 19282 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 81 % / Biso Wilson estimate: 79.26 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 41.49
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 66.1 % / Rmerge(I) obs: 2.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 1865 / CC1/2: 0.75 / Rrim(I) all: 2.781 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→70.33 Å / SU ML: 0.4259 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.6508
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2413 910 4.72 %
Rwork0.2121 18356 -
obs0.2136 19266 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 115.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→70.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2805 861 0 0 3666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00993847
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2395371
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06548
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.06031523
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.600860274846
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.574741570467
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.730.39391190.37042563X-RAY DIFFRACTION98.21
2.74-2.910.36111280.32172557X-RAY DIFFRACTION99
2.91-3.130.35121170.30982641X-RAY DIFFRACTION99.71
3.13-3.450.3161250.23932550X-RAY DIFFRACTION97.73
3.45-3.940.25981340.21662625X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.970.21821350.19412661X-RAY DIFFRACTION100
4.97-70.330.19411520.17092759X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.600512836785.907641588943.056510732966.966047689913.115671401431.685978847790.513275440585-0.3500806615750.9230803062140.366647990233-0.1414605457160.0259760973441-2.03114687815-1.269425098940.4298768790370.8778260462620.3370090819170.02054447174121.13083439095-0.0273276332890.618474103561-49.34476216116.66872866648-87.9419122472
22.712604306021.571038208451.884528392854.15503209277-2.168099658144.58211442822-0.218721740615-0.1659485220950.4086876731520.8191114614820.2494783609381.18906358185-0.975804107998-0.5875442480780.5821944714150.7338632238810.2653634378880.07276650226512.058168825280.01966652849950.810653666499-58.97555130962.76973336298-82.8843092888
30.421323276982-0.216035819145-0.6233676934180.7427718316630.1034454251890.9984588037220.007199382770820.257126299086-0.29945882372-0.00663599895672-0.2970146578870.383696513972-0.0188953363901-0.535804542684-0.08030749145850.514592874211-0.1228419209710.1064403357581.59709044160.1026234753860.660947299107-55.538300032-2.82602062592-81.1182356849
42.82718938931-0.658846916884-1.162311926693.68649673473-4.457326140366.801855518120.131122088957-0.0351850743316-0.1751441870990.385092279271-0.543821041770.1646215055560.37879710468-1.70125737449-0.2247856684430.600084116538-0.3374485744790.1174612806831.23499604014-0.1129820436580.548960451891-53.3621916001-9.65985773613-93.5059071093
51.50059782524-3.16505346075-3.3154009466.803580115717.39195024158.593688260840.1987900914331.15036046802-0.181714969734-0.196278165912-0.540679167179-0.5276347594870.1203873582-0.3699634808450.3742864209570.4852053984160.009606594641280.01406580491040.7122618524810.05149696101020.541494431995-43.9516554227-4.74440966624-104.074089709
62.83162849667-0.181328730322-1.798589520750.928763366032-0.4046377943751.52989145870.262894023817-0.848945277228-0.06153702765450.707008055972-0.1771029150310.09068399771970.164511678564-1.45919786940.6337299405730.617685859623-0.2167079403980.0009002106609351.050488863530.01950660452510.500338444378-48.7572677427-6.38237734339-82.2094083817
73.28279932393-1.33158390732.366376457274.444647611382.594347105687.274494312040.0506127569025-0.0536604046423-0.0922635884880.0241562215799-0.859509458390.6080874693021.18463516572-3.35938355667-0.2413350571361.010365327480.178689319955-0.05511165423570.949408667542-0.3460454762520.212330182375-41.270412259112.9166443907-72.9142841274
82.902111460960.5427533498740.1535326050871.83195343358-0.8184085969933.161423206880.383197972509-0.439434739525-1.47074099299-0.544658782493-0.184553326642-0.7747047092311.960689671780.0274586663249-0.5135827076931.19799029013-0.469777545866-0.06580886469290.7106317114630.09152272222110.913113263885-41.4463270899-20.652502786-88.4274031485
93.055638668220.4734823144540.8906793571383.5545475361.053108800043.17017510735-0.114814982212-0.3927916736871.466142958850.121629652637-0.287204741705-0.782859247395-2.005512453941.36727833703-0.4909359258290.919606541381-0.939428429112-0.3745993529780.651892472296-0.06672564095750.790469376611-23.54541065748.46527057207-88.9358133699
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 21 through 33 )AA21 - 331 - 13
22chain 'A' and (resid 34 through 48 )AA34 - 4814 - 28
33chain 'A' and (resid 49 through 53 )AA49 - 5329 - 33
44chain 'A' and (resid 54 through 77 )AA54 - 7734 - 57
55chain 'A' and (resid 78 through 89 )AA78 - 8958 - 69
66chain 'A' and (resid 90 through 127 )AA90 - 12770 - 107
77chain 'A' and (resid 128 through 134 )AA128 - 134108 - 114
88chain 'D' and (resid 1 through 10 )DB1 - 10
99chain 'D' and (resid 11 through 21 )DB11 - 21
1010chain 'E' and (resid 1 through 10 )EC1 - 10
1111chain 'E' and (resid 11 through 21 )EC11 - 21
1212chain 'B' and (resid 22 through 33 )BD22 - 331 - 12
1313chain 'B' and (resid 34 through 63 )BD34 - 6313 - 42
1414chain 'B' and (resid 64 through 77 )BD64 - 7743 - 56
1515chain 'B' and (resid 78 through 89 )BD78 - 8957 - 68
1616chain 'B' and (resid 90 through 121 )BD90 - 12169 - 100
1717chain 'B' and (resid 122 through 130 )BD122 - 130101 - 109
1818chain 'C' and (resid 19 through 24 )CE19 - 241 - 6
1919chain 'C' and (resid 25 through 48 )CE25 - 487 - 30
2020chain 'C' and (resid 49 through 53 )CE49 - 5331 - 35
2121chain 'C' and (resid 54 through 77 )CE54 - 7736 - 59
2222chain 'C' and (resid 78 through 89 )CE78 - 8960 - 71
2323chain 'C' and (resid 90 through 121 )CE90 - 12172 - 103
2424chain 'C' and (resid 122 through 130 )CE122 - 130104 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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