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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o56 | ||||||
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タイトル | X-ray Structure of Interferon Regulatory Factor 4 DNA binding domain bound to an interferon-stimulated response element solved by Phosphorus and Sulphur SAD methods | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / INTERFERON REGULATORY FACTORS / TRANSCRIPTION REGULATION / PROTEIN-DNA INTERACTION / TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | ![]() T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / myeloid dendritic cell differentiation / immune system process / positive regulation of interleukin-4 production / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer ...T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / myeloid dendritic cell differentiation / immune system process / positive regulation of interleukin-4 production / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / T cell activation / positive regulation of interleukin-2 production / Interferon gamma signaling / nucleosome / Interferon alpha/beta signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | El Omari, K. / Agnarelli, A. / Duman, R. / Wagner, A. / Mancini, E.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Phosphorus and sulfur SAD phasing of the nucleic acid-bound DNA-binding domain of interferon regulatory factor 4. 著者: Agnarelli, A. / El Omari, K. / Duman, R. / Wagner, A. / Mancini, E.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 247.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16306.470 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 6514.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | | 分子量: 6366.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 0.1M sodium acetate, 5% PEG 4000, 10mM EDTA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月14日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 2.7552 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→70.33 Å / Num. obs: 19282 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 81 % / Biso Wilson estimate: 79.26 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 41.49 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 66.1 % / Rmerge(I) obs: 2.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 1865 / CC1/2: 0.75 / Rrim(I) all: 2.781 / % possible all: 98.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 115.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→70.33 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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