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万見
- PDB-7o4d: QR2 inhibitor from a novel sulfanamide series to tackle age relat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o4d
タイトルQR2 inhibitor from a novel sulfanamide series to tackle age related oxidative stress and cognitive decline
要素Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding ...ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone) / dihydronicotinamide riboside quinone reductase activity / quinone catabolic process / resveratrol binding / oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors / melatonin binding / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / Phase I - Functionalization of compounds / chloride ion binding / FAD binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-V1Z / Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.249 Å
データ登録者Gould, N.L. / Scherer, G.R. / Carvalh, S. / Shurrush, K. / Edry, E. / Elkobi, A. / David, O. / Dym, O. / Albeck, S. / Peleg, Y. ...Gould, N.L. / Scherer, G.R. / Carvalh, S. / Shurrush, K. / Edry, E. / Elkobi, A. / David, O. / Dym, O. / Albeck, S. / Peleg, Y. / Germain, N. / Babaev, I. / Sharir, H. / Lefker, B. / Subramanyam, C. / Barr, H. / Rosenblum, K.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation258/20 イスラエル
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2023
タイトル: Specific quinone reductase 2 inhibitors reduce metabolic burden and reverse Alzheimer's disease phenotype in mice.
著者: Gould, N.L. / Scherer, G.R. / Carvalho, S. / Shurrush, K. / Kayyal, H. / Edry, E. / Elkobi, A. / David, O. / Foqara, M. / Thakar, D. / Pavesi, T. / Sharma, V. / Walker, M. / Maitland, M. / ...著者: Gould, N.L. / Scherer, G.R. / Carvalho, S. / Shurrush, K. / Kayyal, H. / Edry, E. / Elkobi, A. / David, O. / Foqara, M. / Thakar, D. / Pavesi, T. / Sharma, V. / Walker, M. / Maitland, M. / Dym, O. / Albeck, S. / Peleg, Y. / Germain, N. / Babaev, I. / Sharir, H. / Lalzar, M. / Shklyar, B. / Hazut, N. / Khamaisy, M. / Levesque, M. / Lajoie, G. / Avoli, M. / Amitai, G. / Lefker, B. / Subramanyam, C. / Shilton, B. / Barr, H. / Rosenblum, K.
履歴
登録2021年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
B: Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5309
ポリマ－55,9922
非ポリマー2,5397
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.031, 83.362, 106.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase [quinone] / NRH dehydrogenase [quinone] 2 / NRH:quinone oxidoreductase 2 / Quinone reductase 2 / QR2


分子量: 27995.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NQO2, NMOR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16083, ribosyldihydronicotinamide dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 5種, 123分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-V1Z / 8-methyl-2-(4-methyl-3-piperazin-1-ylsulfonyl-phenyl)imidazo[1,2-a]pyridine


分子量: 370.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N4O2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.7 M ammonium tartrate diabasic and 50 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.249→47.07 Å / Num. obs: 24796 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.06999 / Rrim(I) all: 0.2292 / Net I/σ(I): 8.82
反射 シェル解像度: 2.249→2.329 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.6941 / Mean I/σ(I) obs: 3.51 / Num. unique obs: 2419 / CC1/2: 0.902 / Rpim(I) all: 0.2235 / Rrim(I) all: 0.7304

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LBU

5lbu


解像度: 2.249→47.07 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 1231 4.97 %
Rwork0.1736 23549 -
obs0.1762 24780 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.54 Å2 / Biso mean: 19.0539 Å2 / Biso min: 4.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.249→47.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3577 0 165 116 3858
Biso mean--19.26 17.44 -
残基数----458
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.249-2.33850.23061390.1824252299
2.3385-2.4450.27521340.18672584100
2.445-2.57390.2731330.20122586100
2.5739-2.73510.29261330.20522592100
2.7351-2.94620.28211270.20952618100
2.9462-3.24270.28751370.20092582100
3.2427-3.71170.211290.17432630100
3.7117-4.67570.16781410.13282666100
4.6757-47.070.16961580.14452769100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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