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- PDB-7o45: Crystal structure of ADD domain of the human DNMT3B methyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o45
タイトルCrystal structure of ADD domain of the human DNMT3B methyltransferase
要素Isoform 6 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase 3B / DNA methylation / DNMT3B
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / SUMOylation of DNA methylation proteins / catalytic complex / DNA methylation / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / NoRC negatively regulates rRNA expression ...DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpG substrates / DNA-methyltransferase activity / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / SUMOylation of DNA methylation proteins / catalytic complex / DNA methylation / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / NoRC negatively regulates rRNA expression / transcription corepressor activity / methylation / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B, ADD domain / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, FYVE/PHD-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Bonchuk, A.N. / Georgiev, P.G. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-10099 ロシア
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structure of the DNMT3B ADD domain suggests the absence of a DNMT3A-like autoinhibitory mechanism.
著者: Boyko, K. / Arkova, O. / Nikolaeva, A. / Popov, V.O. / Georgiev, P. / Bonchuk, A.
履歴
登録2021年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 6 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
B: Isoform 6 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
C: Isoform 6 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
D: Isoform 6 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,25119
ポリマ－66,2274
非ポリマー1,02515
水2,324129
1
A: Isoform 6 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
B: Isoform 6 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
C: Isoform 6 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,49815
ポリマ－49,6703
非ポリマー82812
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Isoform 6 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7534
ポリマ－16,5571
非ポリマー1963
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.282, 89.943, 92.195
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 414 - 554 / Label seq-ID: 6 - 146

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Isoform 6 of DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B / Dnmt3b / DNA methyltransferase HsaIIIB / DNA MTase HsaIIIB / M.HsaIIIB


分子量: 16556.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UBC3, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M NaBr; 0.1M bis-tris-propane pH 7.5; 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 1.284 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.284 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→89.94 Å / Num. obs: 36578 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 129767 / Scaling rejects: 74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.163.10.908775625070.6670.5611.0751.579.3
8.9-89.943.40.02917555230.9630.0190.03528.390.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4qbr

4qbr


解像度: 2.1→64.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 9.535 / SU ML: 0.131 / SU R Cruickshank DPI: 0.2062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2281 1810 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2015 34698 92.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 159.67 Å2 / Biso mean: 53.627 Å2 / Biso min: 21.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.53 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.66 Å20 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→64.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3897 0 15 129 4041
Biso mean--57.4 45.71 -
残基数----507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0134036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0183568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7691.6675427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2681.5838205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7815499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.68721.31229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.72215661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.571536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02996
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A41440.12
12B41440.12
21A42280.09
22C42280.09
31B41870.11
32C41870.11
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 113 -
Rwork0.274 2200 -
all-2313 -
obs--80.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.60640.230.79981.27430.852.20570.143-0.2325-0.17440.1617-0.0321-0.10750.248-0.1531-0.11090.0354-0.0263-0.02550.15040.01210.0594-22.5525-20.526717.3836
22.93491.34930.27012.26920.21380.518-0.12970.5506-0.2514-0.2490.2107-0.20520.06860.1282-0.08090.049-0.0040.02540.2877-0.11810.0997-26.9939-25.2331-12.5965
31.6258-0.121-0.0350.7599-0.48061.74110.02910.20030.22290.0507-0.0252-0.0831-0.16430.1246-0.0040.0274-0.02330.02650.14310.01070.089-10.7718-1.2098-2.9565
48.9225-1.84260.30135.2360.55160.8964-0.1145-0.41981.22640.29510.20320.5345-0.28770.1227-0.08880.1453-0.03970.10320.0524-0.05050.4367-45.9233-1.7524-3.3122
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A414 - 554
2X-RAY DIFFRACTION2B414 - 554
3X-RAY DIFFRACTION3C414 - 554
4X-RAY DIFFRACTION4D420 - 550

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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