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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o3u | ||||||
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タイトル | The crystal structure of obelin from Obelia longissima bound with v-coelenterazine | ||||||
要素 | Obelin | ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN / bioluminescence / coelenterazine / v-coelenterazine / calcium binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Obelia longissima (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Larionova, M.D. / Wu, L.J. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022 タイトル: Crystal structure of semisynthetic obelin-v. 著者: Larionova, M.D. / Wu, L. / Eremeeva, E.V. / Natashin, P.V. / Gulnov, D.V. / Nemtseva, E.V. / Liu, D. / Liu, Z.J. / Vysotski, E.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o3u.cif.gz | 97.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o3u.ent.gz | 74 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o3u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o3u_validation.pdf.gz | 848.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7o3u_full_validation.pdf.gz | 856.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7o3u_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o3u_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/7o3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o3/7o3u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1qv0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22238.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: v-coelenterazine (v-CTZ or CTZ V) is a synthetic analogue of natural coelenterazine with an additional benzyl ring. 由来: (組換発現) Obelia longissima (無脊椎動物) / プラスミド: pET-19b-OL8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q27709 |
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#2: 化合物 | ChemComp-V1W / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 % / 解説: Light-yellow rod-shaped crystals |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.2 M DL-Malic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 35638 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 12.77 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.705 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 5610 / CC1/2: 0.896 / Rrim(I) all: 0.771 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1qv0 解像度: 1.8→37.14 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.74 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 138.05 Å2 / Biso mean: 56.3241 Å2 / Biso min: 18.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→37.14 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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