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- PDB-7o3u: The crystal structure of obelin from Obelia longissima bound with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o3u
タイトルThe crystal structure of obelin from Obelia longissima bound with v-coelenterazine
要素Obelin
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / bioluminescence / coelenterazine / v-coelenterazine / calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
v-coelenterazine / Obelin
類似検索 - 構成要素
生物種Obelia longissima (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Larionova, M.D. / Wu, L.J. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of semisynthetic obelin-v.
著者: Larionova, M.D. / Wu, L. / Eremeeva, E.V. / Natashin, P.V. / Gulnov, D.V. / Nemtseva, E.V. / Liu, D. / Liu, Z.J. / Vysotski, E.S.
履歴
登録2021年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7583
ポリマ－22,2391
非ポリマー5202
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.880, 42.880, 375.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-345-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Obelin / OBL


分子量: 22238.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: v-coelenterazine (v-CTZ or CTZ V) is a synthetic analogue of natural coelenterazine with an additional benzyl ring.
由来: (組換発現) Obelia longissima (無脊椎動物) / プラスミド: pET-19b-OL8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q27709
#2: 化合物 ChemComp-V1W / v-coelenterazine


分子量: 479.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H21N3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 % / 解説: Light-yellow rod-shaped crystals
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.2 M DL-Malic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 35638 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 12.77
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.705 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / Num. unique obs: 5610 / CC1/2: 0.896 / Rrim(I) all: 0.771 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc1_3777精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qv0

1qv0


解像度: 1.8→37.14 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 1809 5.08 %
Rwork0.24 33814 -
obs0.2413 35623 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.05 Å2 / Biso mean: 56.3241 Å2 / Biso min: 18.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→37.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1518 0 37 86 1641
Biso mean--29.76 53.69 -
残基数----189
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.850.40071430.35952485262896
1.85-1.90.32321420.30952567270999
1.9-1.960.25111290.282326382767100
1.96-2.030.32871280.290326262754100
2.03-2.120.33161310.283126162747100
2.12-2.210.35951120.281426052717100
2.21-2.330.35551420.27826182760100
2.33-2.470.2991420.278626142756100
2.48-2.670.31341560.279826272783100
2.67-2.930.24391260.251125902716100
2.93-3.360.26671350.234126412776100
3.36-4.230.22271630.199125912754100
4.23-37.140.22711600.200525962756100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.83461.2631-3.27585.7733-2.43965.85720.2276-1.6693-0.86630.747-1.1177-0.8999-0.02822.1180.85240.6171-0.2862-0.18031.92920.65740.971930.34524.6842-9.92
22.21710.133-0.57995.0188-1.91384.1573-0.2684-0.038-0.3697-0.9235-0.1521-0.05620.53680.685-0.4980.45150.07040.10240.40950.12330.195916.76914.3841-26.062
32.91450.9537-3.00386.7988-1.11513.2078-0.30890.6751-0.0194-1.00650.69871.63822.1766-1.5537-0.80721.0713-0.319-0.35830.79980.21470.7798-0.1609-5.891-21.7407
42.46541.019-1.75334.2212-2.60013.47190.2517-0.1133-0.13540.48970.52391.1095-0.5963-0.7725-0.61210.31730.05860.05810.35090.13370.36456.01476.1703-16.364
50.1145-0.0935-0.2472.4792-2.31143.1960.1579-0.37950.05040.6822-0.6063-0.37-1.19290.98190.38380.4583-0.2332-0.06460.68170.12550.267620.09889.9707-15.0961
63.6071-0.0648-0.95246.7183-4.78183.8662-0.0135-0.2445-0.01540.121-0.14480.18280.18470.0371-0.07170.30.04180.05660.26850.09020.22410.1634-1.9831-8.1412
74.22990.73970.17273.4068-3.33336.8111-0.3445-0.2424-0.4749-0.17730.2870.16141.5256-0.6981-0.96881.20020.18170.2940.55540.1880.56675.1056-14.0025-8.8889
81.49730.0566-1.25072.5668-2.02124.4982-0.4882-0.2673-0.8186-1.0957-0.5995-0.83611.83821.4295-1.44390.94980.53270.31880.49140.25610.591518.855-10.8041-16.1861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 15 )A6 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 47 )A16 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 48 through 57 )A48 - 57
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 58 through 81 )A58 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 82 through 104 )A82 - 104
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 105 through 122 )A105 - 122
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 123 through 131 )A123 - 131
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 132 through 195 )A132 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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