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- PDB-7o3o: Structure of haloalkane dehalogenase mutant DhaA80(T148L, G171Q, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o3o
タイトルStructure of haloalkane dehalogenase mutant DhaA80(T148L, G171Q, A172V, C176F) from Rhodococcus rhodochrous with ionic liquid
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta-hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / membrane
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOLAMINE / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Shaposhnikova, A. / Prudnikova, T. / Kuta Smatanova, I.
資金援助 チェコ, ドイツ, 7件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic17-24321S チェコ
German Federal Ministry for Education and ResearchDAAD-16-09 ドイツ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000441 チェコ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000778 チェコ
European Regional Development FundLM2015047 チェコ
European Regional Development FundLM2018121 チェコ
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)CZ.02.1.01/0.0/0.0/16_026/0008451 チェコ
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2021
タイトル: Stabilization of Haloalkane Dehalogenase Structure by Interfacial Interaction with Ionic Liquids
著者: Shaposhnikova, A. / Kuty, M. / Chaloupkova, R. / Damborsky, J. / Kuta Smatanova, I. / Minofar, B. / Prudnikova, T.
履歴
登録2021年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation_author
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3633
ポリマ－34,2661
非ポリマー972
水6,521362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area380 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.315, 69.954, 83.816
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase


分子量: 34266.082 Da / 分子数: 1 / 変異: T148L, G171Q, A172V, C176F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
遺伝子: dhaA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3G2, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-ETA / ETHANOLAMINE / エタノ-ルアミン


タイプ: L-peptide COOH carboxy terminus / 分子量: 61.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BisTris propane pH6.5, 0.2M Sodium Fluoride, 20% PEG3350, 50% w/v 2-Hydroxyethylammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月29日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→44.38 Å / Num. obs: 82895 / % possible obs: 99.17 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.46
反射 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Num. unique obs: 7209 / Rrim(I) all: 0.054

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F60

4f60


解像度: 1.25→44.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.123 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1528 2101 2.5 %RANDOM
Rwork0.1254 ---
obs0.1261 82895 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 277.32 Å2 / Biso mean: 14.311 Å2 / Biso min: 5.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å2-0 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.25→44.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2342 0 5 365 2712
Biso mean--19.24 27 -
残基数----290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0122594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0721.6333588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1145333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.23522.095148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.20415405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2961518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.022114
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr13.39432594
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 151 -
Rwork0.139 5952 -
all-6103 -
obs--97.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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