PDB-7o2y: Sandercyanin Fluorescent Protein variant V71E bound to biliverdin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o2y

タイトル

Sandercyanin Fluorescent Protein variant V71E bound to biliverdin IX-alpha

要素

Sandercyanin Fluorescent Protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Blue fish protein / lipocalin / Biliverdin-binding protein / red-fluorescent protein

機能・相同性

Lipocalin-like domain / Invertebrate colouration protein / pigment binding / Lipocalin, ApoD type / response to stress / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / BILIVERDINE IX ALPHA / Sandercyanin Fluorescent Protein

機能・相同性情報

生物種

Sander vitreus (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Ghosh, S. / Yadav, K. / Ramaswamy, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2022
タイトル: Modulation of biliverdin dynamics and spectral properties by Sandercyanin.
著者: Ghosh, S. / Mondal, S. / Yadav, K. / Aggarwal, S. / Schaefer, W.F. / Narayana, C. / Subramanian, R.

履歴

登録	2021年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o2y.cif.gz	52.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o2y.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o2y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o2y_validation.pdf.gz	832.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o2y_full_validation.pdf.gz	834.2 KB	表示
XML形式データ	7o2y_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	7o2y_validation.cif.gz	11.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o3kC 7yx1C 5ez2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (2) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Sandercyanin Fluorescent Protein

ヘテロ分子

20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.466, 38.466, 117.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Sandercyanin Fluorescent Protein 分子量: 20189.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sander vitreus (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D5B367
#2: 化合物	ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略) 分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 11mg/mL 0.2M calcium chloride dihydrate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→38.84 Å / Num. obs: 41927 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 3399 / CC_1/2: 0.306

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5EZ2

5ez2

解像度: 2.5→36.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 8.641 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.4 / ESU R Free: 0.319 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2535	296	4.999 %
R_work	0.1732	5625	-
all	0.177	-	-
obs	-	5920	99.7 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.079 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.079 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.157 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1281	0	43	51	1375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.613	1.659	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.125	1.574	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.435	5	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.76	21.37	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.761	15	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.76	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	620
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	669
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.149	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.379	3.768	663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.375	3.764	662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.234	5.634	827
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.233	5.638	828
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.775	4.254	699
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.772	4.254	700
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.991	6.18	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.988	6.18	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.108	44.179	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.088	44.156	1449

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.249	18	0.18	434	X-RAY DIFFRACTION	98.4749
2.565-2.635	0.195	17	0.165	381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.635-2.711	0.305	25	0.198	407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.711-2.794	0.274	20	0.207	370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.794-2.885	0.223	20	0.191	374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.885-2.986	0.248	19	0.186	356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.986-3.098	0.204	15	0.214	344	X-RAY DIFFRACTION	100
3.098-3.223	0.248	23	0.195	342	X-RAY DIFFRACTION	100
3.223-3.366	0.25	14	0.193	303	X-RAY DIFFRACTION	100
3.366-3.529	0.411	19	0.171	312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.529-3.718	0.255	7	0.163	285	X-RAY DIFFRACTION	100
3.718-3.941	0.266	16	0.148	288	X-RAY DIFFRACTION	100
3.941-4.21	0.18	17	0.15	254	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.543	0.223	17	0.135	237	X-RAY DIFFRACTION	100
4.543-4.969	0.196	21	0.134	209	X-RAY DIFFRACTION	99.5671
4.969-5.544	0.493	10	0.158	201	X-RAY DIFFRACTION	99.5283
5.544-6.38	0.384	5	0.197	185	X-RAY DIFFRACTION	100
6.38-7.761	0.227	9	0.188	155	X-RAY DIFFRACTION	98.7952
7.761-10.758		0	0.166	118	X-RAY DIFFRACTION	99.1597
10.758-36.56	0.192	4	0.242	70	X-RAY DIFFRACTION	96.1039

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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