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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o2v | ||||||
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タイトル | AURORA KINASE A IN COMPLEX WITH THE AUR-A/PDK1 INHIBITOR VI8 | ||||||
![]() | Aurora kinase A | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SERINE/THREONINE / KINASE / AURORA / INHIBITOR / CRYSTAL / COMPLEX / CANCER / TUMOR / DUAL / ATP-BINDING / STRUCTURE-BASED / DRUG DESIGN / SBDD | ||||||
機能・相同性 | ![]() Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / meiotic spindle / mitotic centrosome separation / germinal vesicle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / AURKA Activation by TPX2 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / mitotic spindle organization / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of protein binding / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / spindle microtubule / mitotic spindle / kinetochore / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / cell division / negative regulation of gene expression / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garau, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Development of potent dual PDK1/AurA kinase inhibitors for cancer therapy: Lead-optimization, structural insights, and ADME-Tox profile. 著者: Sestito, S. / Bacci, A. / Chiarugi, S. / Runfola, M. / Gado, F. / Margheritis, E. / Gul, S. / Riveiro, M.E. / Vazquez, R. / Huguet, S. / Manera, C. / Rezai, K. / Garau, G. / Rapposelli, S. #1: ジャーナル: ACS Chem. Neurosci. / 年: 2016 タイトル: Dual Inhibition of PDK1 and Aurora Kinase A: An Effective Strategy to Induce Differentiation and Apoptosis of Human Glioblastoma Multiforme Stem Cells 著者: Simona Daniele, S. / Sestito, S. / Pietrobono, D. / Giacomelli, C. / Chiellini, G. / Di Maio, D. / Marinelli, L. / Novellino, E. / Martini, C. / Rapposelli, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 154.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 703.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 719 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3fdnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34874.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-V0K / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M HEPES pH 7.5, 0.2 M (NH4)2SO4, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→71.13 Å / Num. obs: 6602 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 31 % / Biso Wilson estimate: 95.77 Å2 / CC1/2: 0.81 / Net I/σ(I): 4.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.25 Å / Num. unique obs: 1149 / CC1/2: 0.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3FDN 解像度: 3.1→30.13 Å / SU ML: 0.5979 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.5043 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 112.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→30.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -15.6484284122 Å / Origin y: -31.9693979447 Å / Origin z: 8.4320170281 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |