PDB-7o2u: PqsR (MvfR) in complex with antagonist 40

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o2u

タイトル

PqsR (MvfR) in complex with antagonist 40

要素

LysR family transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Antagonist - receptor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Emsley, J. / Richardson, W.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: PqsR (MvfR) in complex with antagonist 40
著者: Emsley, J. / Richardson, W.

履歴

登録	2021年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o2u.cif.gz	90 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o2u.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o2u_validation.pdf.gz	701 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o2u_full_validation.pdf.gz	702.7 KB	表示
XML形式データ	7o2u_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	7o2u_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jvcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

AAA: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.433, 120.433, 115.784
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	LysR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator MvfR 分子量: 26749.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: mvfR, DY930_15985, E4V10_05145, F3H14_28375 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C6ZJJ6
#2: 化合物	ChemComp-V0H / 2-[4-[(2S)-3-(6-chloranyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)-2-oxidanyl-propoxy]phenoxy]ethanenitrile / 2-[4-[(2~{S})-3-(6-chloranyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)-2-oxidanyl-propoxy]phenoxy]ethanenitrile 分子量: 385.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₆ClN₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Trisodium Citrate 200 mM Ammonium acetate 4-10% MPD PH範囲: pH 5.5-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→104.3 Å / Num. obs: 10259 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 18.6 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1621 / CC_1/2: 0.887

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4JVC

4jvc

解像度: 3→77.614 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.475 / ESU R Free: 0.332 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	435	4.243 %
R_work	0.2218	9818	-
all	0.224	-	-
obs	-	10253	98.482 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 111.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.239 Å²	2.119 Å²	0 Å²
2-	-	4.239 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→77.614 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1598	0	27	0	1625

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.302	1.636	2249
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.318	1.568	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.003	5	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.148	21.429	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.556	15	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.45	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	361
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.22	0.2	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	789
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.065	0.2	737
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.26	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.347	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.03	11.827	811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.026	11.823	809
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.676	17.744	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.68	17.745	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.417	12.33	846
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.414	12.33	847
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.834	18.288	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.831	18.291	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.939	138.425	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.936	138.399	1809

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.078	0.404	28	0.433	703	X-RAY DIFFRACTION	98.9175
3.078-3.162	0.401	26	0.402	696	X-RAY DIFFRACTION	99.0398
3.162-3.254	0.354	24	0.369	684	X-RAY DIFFRACTION	99.1597
3.254-3.354	0.316	31	0.314	659	X-RAY DIFFRACTION	99.2806
3.354-3.464	0.434	21	0.309	640	X-RAY DIFFRACTION	99.2493
3.464-3.585	0.428	26	0.275	613	X-RAY DIFFRACTION	99.2236
3.585-3.72	0.303	32	0.274	598	X-RAY DIFFRACTION	98.9011
3.72-3.872	0.343	26	0.247	573	X-RAY DIFFRACTION	98.5197
3.872-4.044	0.257	19	0.234	558	X-RAY DIFFRACTION	98.9708
4.044-4.241	0.274	29	0.215	525	X-RAY DIFFRACTION	98.5765
4.241-4.47	0.223	23	0.178	501	X-RAY DIFFRACTION	98.1273
4.47-4.741	0.207	18	0.147	484	X-RAY DIFFRACTION	99.0138
4.741-5.068	0.184	21	0.162	460	X-RAY DIFFRACTION	97.5659
5.068-5.473	0.198	20	0.172	427	X-RAY DIFFRACTION	98.6755
5.473-5.994	0.311	20	0.19	386	X-RAY DIFFRACTION	98.0676
5.994-6.699	0.227	20	0.196	356	X-RAY DIFFRACTION	96.9072
6.699-7.731	0.189	12	0.184	320	X-RAY DIFFRACTION	97.076
7.731-9.458	0.287	20	0.153	271	X-RAY DIFFRACTION	97.651
9.458-13.331	0.237	11	0.163	222	X-RAY DIFFRACTION	95.4918
13.331-77.61	0.257	8		142	X-RAY DIFFRACTION	94.9367

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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