PDB-7o2t: PqsR (MvfR) in complex with antagonist 61

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o2t

タイトル

PqsR (MvfR) in complex with antagonist 61

要素

LysR family transcriptional regulator

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Antagonist - receptor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Emsley, J. / Richardson, W.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: PqsR (MvfR) in complex with antagonist 61
著者: Emsley, J. / Richardson, W.

履歴

登録	2021年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o2t.cif.gz	90.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o2t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o2t_validation.pdf.gz	731.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o2t_full_validation.pdf.gz	732.2 KB	表示
XML形式データ	7o2t_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	7o2t_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/7o2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jvcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

27.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

AAA: LysR family transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
54.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.788, 119.788, 116.499
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	LysR family transcriptional regulator / Transcriptional regulator MvfR 分子量: 26749.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: mvfR, DY930_15985, E4V10_05145, F3H14_28375 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C6ZJJ6
#2: 化合物	ChemComp-V0E / 2-[4-[(2S)-3-(6-chloro-4-oxoquinazolin-3-yl)-2-hydroxypropoxy]phenyl]acetonitrile / 2-[4-[(2~{S})-3-(6-chloranyl-4-oxidanylidene-quinazolin-3-yl)-2-oxidanyl-propoxy]phenyl]ethanenitrile 分子量: 369.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₆ClN₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Trisodium Citrate 200 mM Ammonium acetate 4-10% MPD PH範囲: pH 5.5 - 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→77.59 Å / Num. obs: 14874 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.3 % / CC_1/2: 0.806 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.65→2.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 19002 / CC_1/2: 0.676

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4JVC

4jvc

解像度: 2.65→77.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.239 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2606	707	4.764 %
R_work	0.2318	14134	-
all	0.233	-	-
obs	-	14841	99.792 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.403 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.643 Å²	1.822 Å²	0 Å²
2-	-	3.643 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.818 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→77.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1598	0	26	5	1629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.32	1.635	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.325	1.568	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.669	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.292	21.522	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.877	15	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.744	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	362
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	1406
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	787
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.065	0.2	781
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.085	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.31	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.249	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.884	10.511	813
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.884	10.506	811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.286	15.763	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.282	15.764	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.319	11.014	850
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.316	11.012	851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.571	16.306	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.567	16.304	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.609	122.237	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.605	122.205	1804

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.719	0.585	41	0.514	1020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.719-2.793	0.428	45	0.472	1005	X-RAY DIFFRACTION	100
2.793-2.874	0.436	47	0.427	965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.874-2.963	0.405	46	0.415	939	X-RAY DIFFRACTION	100
2.963-3.06	0.426	44	0.403	926	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.167	0.323	41	0.367	891	X-RAY DIFFRACTION	99.8928
3.167-3.287	0.328	51	0.334	845	X-RAY DIFFRACTION	100
3.287-3.421	0.338	44	0.303	832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.421-3.573	0.322	47	0.275	782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.573-3.747	0.345	38	0.235	773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.747-3.949	0.259	36	0.21	716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.949-4.188	0.251	38	0.221	698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.188-4.477	0.227	41	0.165	646	X-RAY DIFFRACTION	100
4.477-4.835	0.189	24	0.143	622	X-RAY DIFFRACTION	100
4.835-5.296	0.169	28	0.142	575	X-RAY DIFFRACTION	100
5.296-5.92	0.192	25	0.166	521	X-RAY DIFFRACTION	100
5.92-6.832	0.225	34	0.179	453	X-RAY DIFFRACTION	99.7951
6.832-8.361	0.28	18	0.165	410	X-RAY DIFFRACTION	100
8.361-11.793	0.176	11	0.142	325	X-RAY DIFFRACTION	98.2456
11.793-77.595	0.172	8		190	X-RAY DIFFRACTION	90.8257

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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