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- PDB-7o2p: Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o2p
タイトルCrystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 in complex with ITF3756
要素Histone deacetylase 6
キーワードHYDROLASE / histone deacetylase / complex with hydroxamate inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression ...Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / epigenetic regulation of gene expression / angiogenesis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-UZW / Protein deacetylase HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zrubek, K. / Sandrone, G. / Cukier, C.D. / Stevenazzi, A.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
European Regional Development FundProject E79J19000480007 - ID 1165235 イタリア
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Role of Fluorination in the Histone Deacetylase 6 (HDAC6) Selectivity of Benzohydroxamate-Based Inhibitors.
著者: Sandrone, G. / Cukier, C.D. / Zrubek, K. / Marchini, M. / Vergani, B. / Caprini, G. / Fossati, G. / Steinkuhler, C. / Stevenazzi, A.
履歴
登録2021年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 6
B: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,43627
ポリマ－80,6852
非ポリマー2,75125
水3,837213
1
A: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,58313
ポリマ－40,3431
非ポリマー1,24012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,85314
ポリマ－40,3431
非ポリマー1,51113
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.483, 90.753, 71.964
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histone deacetylase 6


分子量: 40342.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8W4B7

-
非ポリマー , 9種, 238分子

#2: 化合物 ChemComp-UZW / ~{N}-oxidanyl-4-[(5-thiophen-2-yl-1,2,3,4-tetrazol-1-yl)methyl]benzamide


分子量: 301.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H11N5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2 M sodium nitrate, 20 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.25 Å / Num. obs: 48867 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 23.3 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.191 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.977 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3154 / CC1/2: 0.608 / Rpim(I) all: 0.803 / Rrim(I) all: 2.136 / Χ2: 1 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20191015データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5eek

5eek


解像度: 1.9→45.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.869 / SU ML: 0.203 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2609 2406 4.9 %RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.1978 46434 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 126.15 Å2 / Biso mean: 32.075 Å2 / Biso min: 16.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.98 Å20 Å2-2.59 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3----2.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→45.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5573 0 139 213 5925
Biso mean--36.34 33.72 -
残基数----713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0135834
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5931.6367887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31.56712189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3935711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.66221.083314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.41815920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6511544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021273
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 175 -
Rwork0.356 3427 -
all-3602 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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