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- PDB-7o2l: Yeast 20S proteasome in complex with the covalently bound inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o2l
タイトルYeast 20S proteasome in complex with the covalently bound inhibitor b-lactone (2R,3S)-3-isopropyl-4-oxo-2-oxetane-carboxylate (IOC)
要素
  • (Proteasome endopeptidase ...) x 4
  • (Proteasome subunit beta type- ...) x 2
  • 20S proteasome
  • BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1
  • HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1
  • HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1
  • Probable proteasome subunit alpha type-7
  • Proteasome subunit beta
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex / Proteasome / b-lactone / Binding Analysis
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway ...proteasome core complex / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / Ub-specific processing proteases / proteasome assembly / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Neutrophil degranulation / proteasome complex / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V08 / PRE5 isoform 1 / PRE9 isoform 1 / SCL1 isoform 1 / PRE7 isoform 1 / Proteasome subunit beta / PRE6 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / PRE10 isoform 1 / PUP3 isoform 1 ...Chem-V08 / PRE5 isoform 1 / PRE9 isoform 1 / SCL1 isoform 1 / PRE7 isoform 1 / Proteasome subunit beta / PRE6 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / PRE10 isoform 1 / PUP3 isoform 1 / : / PRE8 isoform 1 / : / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Shi, Y.M. / Hirschmann, M. / Shi, Y.N. / Shabbir, A. / Abebew, D. / Tobias, N.J. / Gruen, P. / Crames, J.J. / Poeschel, L. / Kuttenlochner, W. ...Shi, Y.M. / Hirschmann, M. / Shi, Y.N. / Shabbir, A. / Abebew, D. / Tobias, N.J. / Gruen, P. / Crames, J.J. / Poeschel, L. / Kuttenlochner, W. / Richter, C. / Herrmann, J. / Mueller, R. / Thanwisai, A. / Pidot, S.J. / Stinear, T.P. / Groll, M. / Kim, Y. / Bode, H.
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2022
タイトル: Global analysis of biosynthetic gene clusters reveals conserved and unique natural products in entomopathogenic nematode-symbiotic bacteria.
著者: Shi, Y.M. / Hirschmann, M. / Shi, Y.N. / Ahmed, S. / Abebew, D. / Tobias, N.J. / Grun, P. / Crames, J.J. / Poschel, L. / Kuttenlochner, W. / Richter, C. / Herrmann, J. / Muller, R. / ...著者: Shi, Y.M. / Hirschmann, M. / Shi, Y.N. / Ahmed, S. / Abebew, D. / Tobias, N.J. / Grun, P. / Crames, J.J. / Poschel, L. / Kuttenlochner, W. / Richter, C. / Herrmann, J. / Muller, R. / Thanwisai, A. / Pidot, S.J. / Stinear, T.P. / Groll, M. / Kim, Y. / Bode, H.B.
履歴
登録2021年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1
B: BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1
C: HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1
D: 20S proteasome
E: BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1
F: Probable proteasome subunit alpha type-7
G: BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1
H: Proteasome endopeptidase complex
I: Proteasome endopeptidase complex
J: Proteasome subunit beta
K: Proteasome subunit beta type-5
L: Proteasome endopeptidase complex
M: Proteasome subunit beta type-7
N: Proteasome endopeptidase complex
O: HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1
P: BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1
Q: HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1
R: 20S proteasome
S: BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1
T: Probable proteasome subunit alpha type-7
U: BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1
V: Proteasome endopeptidase complex
W: Proteasome endopeptidase complex
X: Proteasome subunit beta
Y: Proteasome subunit beta type-5
Z: Proteasome endopeptidase complex
a: Proteasome subunit beta type-7
b: Proteasome endopeptidase complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)732,27744
ポリマ－731,05128
非ポリマー1,22616
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, AU contains one biological assembly
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.120, 301.500, 144.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.930, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21O
12B
22P
13C
23Q
14D
24R
15E
25S
16F
26T
17G
27U
18H
28V
19I
29W
110J
210X
111K
211Y
112L
212Z
113M
213a
114N
214b

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 300
2111O1 - 300
1121B1 - 300
2121P1 - 300
1131C1 - 300
2131Q1 - 300
1141D1 - 300
2141R1 - 300
1151E1 - 300
2151S1 - 300
1161F1 - 300
2161T1 - 300
1171G1 - 300
2171U1 - 300
1181H1 - 300
2181V1 - 300
1191I1 - 300
2191W1 - 300
11101J1 - 300
21101X1 - 300
11111K1 - 300
21111Y1 - 300
11121L1 - 300
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11131M1 - 300
21131a1 - 300
11141N1 - 300
21141b1 - 300

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.99956, -0.002515, 0.029542), (-0.002675, -0.984681, -0.174346), (0.029528, -0.174348, 0.984241)67.333443, -289.954102, -26.671921

-
要素

-
タンパク質 , 8種, 16分子 AOBPCQDRESFTGUJX

#1: タンパク質 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit alpha type-2


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BIF8
#2: タンパク質 BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit alpha type-3


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PXC6
#3: タンパク質 HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit alpha type-4


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q273
#4: タンパク質 20S proteasome


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379
#5: タンパク質 BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit alpha type-6


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTH4
#6: タンパク質 Probable proteasome subunit alpha type-7


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q4M4
#7: タンパク質 BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0019920.mRNA.1.CDS.1 / Proteasome subunit alpha type-1


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PYC9
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q0W2, proteasome endopeptidase complex

-
Proteasome endopeptidase ... , 4種, 8分子 HVIWLZNb

#8: タンパク質 Proteasome endopeptidase complex


分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q449, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome endopeptidase complex


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6L0YA22, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome endopeptidase complex


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q0P3, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome endopeptidase complex


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6L0ZSP2, proteasome endopeptidase complex

-
Proteasome subunit beta type- ... , 2種, 4分子 KYMa

#11: タンパク質 Proteasome subunit beta type-5


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6V8RU78, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta type-7 / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 27200.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657

-
非ポリマー , 4種, 142分子

#15: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#17: 化合物
ChemComp-V08 / (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid


分子量: 160.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月28日
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 203690 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 19450

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CZ4

5cz4


解像度: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 43.994 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2158 10176 5 %RANDOM
Rwork0.1779 ---
obs0.1798 193349 96.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 217.19 Å2 / Biso mean: 90.54 Å2 / Biso min: 38.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.58 Å2-0 Å2-2.11 Å2
2---3.1 Å20 Å2
3---0.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49300 0 76 126 49502
Biso mean--107.26 62.47 -
残基数----6334
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01350264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01746846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1881.64368004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1541.582108720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.99756304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.10922.8022534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.673158734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.54515284
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0350.26650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0256512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0210356
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.331397110
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3063TIGHT POSITIONAL00.05
1A3185TIGHT POSITIONAL00.05
1A3389TIGHT POSITIONAL00.05
1A3487TIGHT POSITIONAL0.010.05
1A2941TIGHT POSITIONAL00.05
1A3765TIGHT THERMAL9.030.5
2B3714TIGHT THERMAL8.530.5
3C3685TIGHT THERMAL10.740.5
4D3540TIGHT THERMAL8.440.5
5E3459TIGHT THERMAL8.30.5
6F3693TIGHT THERMAL7.840.5
7G3724TIGHT THERMAL7.580.5
8H3373TIGHT THERMAL7.070.5
9I3091TIGHT THERMAL6.360.5
10J3063TIGHT THERMAL6.520.5
11K3185TIGHT THERMAL6.320.5
12L3389TIGHT THERMAL6.320.5
13M3487TIGHT THERMAL6.370.5
14N2941TIGHT THERMAL5.660.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 762 -
Rwork0.354 14467 -
all-15229 -
obs--98.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9425-0.37730.36990.94640.03240.5362-0.07090.0793-0.025-0.02280.0283-0.2241-0.1643-0.00810.04270.5893-0.097-0.0140.1767-0.04350.563566.5052-92.186845.796
20.59250.2225-0.29980.2240.18651.6519-0.11250.0320.0093-0.1277-0.0021-0.0598-0.20070.15380.11470.6599-0.07690.07350.15950.06430.475259.2662-87.991516.2035
30.78750.29450.06790.2892-0.32370.8636-0.00530.10170.0718-0.09270.06790.0133-0.00440.0815-0.06260.7522-0.0153-0.05540.18640.06960.427432.0204-87.61530.8994
40.82730.2071-0.09970.3122-0.03530.8634-0.0557-0.07920.0064-0.13820.05310.2652-0.08930.07290.00260.64890.1146-0.23530.08770.11750.63622.8195-90.352313.3927
50.57480.28420.25090.4473-0.19650.9159-0.1528-0.13750.0446-0.09180.03680.2226-0.1721-0.07720.1160.4510.12880.03290.1722-0.00420.7628-3.6807-94.856945.2981
60.90580.15430.05630.4439-0.32240.3123-0.0417-0.05480.15020.1631-0.02760.1086-0.0316-0.02870.06930.67890.03790.18620.2451-0.12320.46214.8227-95.405469.4694
70.77850.154-0.11640.67250.04121.18720.0430.04210.01910.2099-0.0272-0.0879-0.012-0.0401-0.01580.7499-0.0269-0.08930.1318-0.06430.41247.2366-93.668770.7848
80.0958-0.0662-0.04490.41190.2010.13930.0380.0030.02350.13080.017-0.2452-0.05030.0529-0.05510.57250.0037-0.08450.294-0.03710.600467.59-129.663747.1727
90.8272-0.151-0.11731.81870.23690.37620.0227-0.07260.0238-0.13790.037-0.2955-0.10460.0153-0.05970.5577-0.01960.15680.2292-0.02210.546768.2168-127.3520.7226
100.95020.00210.2541.80160.06840.42750.0484-0.05190.0845-0.43750.01050.0376-0.0302-0.0289-0.0590.7771-0.02790.080.22310.02220.312644.5426-126.912-0.8714
110.6050.72310.3571.62390.04120.5977-0.00480.06980.0242-0.2250.07070.2801-0.06110.015-0.06590.68940.0518-0.22110.18850.03410.509610.8318-131.28972.4098
120.44780.18720.16081.1370.25880.81630.0459-0.14240.0228-0.0990.03490.3458-0.04910.0168-0.08080.44110.0564-0.09780.17920.06960.6978-4.6108-134.982328.1508
130.77390.25570.04541.6965-0.09450.27440.0659-0.05710.05220.2622-0.09120.18190.01490.01530.02530.5587-0.01420.13230.26260.00250.48717.465-137.425859.8406
141.2078-0.3608-0.61151.60540.05040.68570.0045-0.00730.060.3170.0041-0.0660.06770.0858-0.00860.7136-0.0228-0.08090.2709-0.04820.361739.696-134.373970.4131
150.6079-0.3001-0.2390.50770.50710.68-0.01490.05530.0059-0.0653-0.00170.1710.2346-0.07580.01660.6543-0.1635-0.19110.06960.09960.62872.4352-207.371436.8239
161.3479-0.00660.37160.4582-0.2740.9418-0.02560.00830.0117-0.1004-0.02380.08890.0506-0.10780.04940.7237-0.0253-0.26010.0655-0.0770.48528.8538-206.37286.7704
170.60960.37060.04050.54080.07950.69810.09740.0298-0.0588-0.32380.06230.1870.09250.0241-0.15980.98930.0639-0.25410.0781-0.08650.419235.9544-204.2838-9.0653
181.20810.13850.42950.1525-0.09420.55640.043-0.12180.0466-0.2351-0.0607-0.18310.16060.0080.01770.84710.24550.20530.1376-0.09680.51365.3721-203.65463.1457
190.62650.187-0.42780.5161-0.22210.79580.0231-0.0535-0.0085-0.0263-0.006-0.29240.22990.0591-0.01710.52480.2356-0.15680.1326-0.09930.777872.6135-204.4835.0994
201.06940.32690.11070.12550.07440.2760.0924-0.1408-0.27720.1612-0.0338-0.16260.1543-0.0229-0.05860.84850.0964-0.32040.08450.10550.545954.6557-208.102259.4095
210.4988-0.15450.18410.5711-0.31271.10720.0312-0.0435-0.05420.0904-0.00060.12690.05040.0545-0.03060.8251-0.0335-0.11140.05220.0950.434122.3168-210.270461.0941
220.3031-0.0106-0.0580.42730.06020.03680.03480.0054-0.04510.1427-0.00440.24140.086-0.0055-0.03040.5808-0.0419-0.02930.21940.08520.59081.5018-170.63744.4878
231.2967-0.26670.21371.8027-0.71320.5749-0.0499-0.0984-0-0.23270.09660.26420.1145-0.0191-0.04670.588-0.0293-0.24910.1502-0.0050.57590.2706-168.46118.0057
241.06740.1139-0.16891.89650.2490.28210.03350.0095-0.1102-0.31910.0157-0.00960.00470.0515-0.04920.82350.0166-0.19850.1547-0.02810.316723.4427-165.1991-3.8814
250.25210.46920.13121.3898-0.04110.48060.08150.0439-0.072-0.29250.0679-0.12430.05580.1034-0.14940.72980.08650.17350.2218-0.09610.437357.2247-161.3683-0.6746
260.45410.0667-0.44911.2591-0.20030.58560.0598-0.1229-0.0289-0.0717-0.0414-0.32220.05840.0469-0.01830.52420.10980.02570.2376-0.09150.661873.263-162.07624.944
270.64-0.0172-0.00751.40140.05060.26480.0406-0.0336-0.03940.255-0.0293-0.230.0488-0.0935-0.01130.63960.0571-0.21770.2401-0.01010.507761.929-165.062456.8873
281.5089-0.16390.27061.7112-0.29920.55190.086-0.0350.01330.32770.0040.0990.0865-0.0406-0.090.7453-0.0294-0.0260.2290.05530.326229.9436-169.901767.5579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 242
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 244
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 242
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 226
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 195
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 222
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 228
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 196
15X-RAY DIFFRACTION15O1 - 250
16X-RAY DIFFRACTION16P1 - 244
17X-RAY DIFFRACTION17Q1 - 240
18X-RAY DIFFRACTION18R1 - 242
19X-RAY DIFFRACTION19S3 - 233
20X-RAY DIFFRACTION20T2 - 244
21X-RAY DIFFRACTION21U2 - 242
22X-RAY DIFFRACTION22V1 - 226
23X-RAY DIFFRACTION23W1 - 204
24X-RAY DIFFRACTION24X1 - 195
25X-RAY DIFFRACTION25Y1 - 212
26X-RAY DIFFRACTION26Z1 - 222
27X-RAY DIFFRACTION27a1 - 228
28X-RAY DIFFRACTION28b1 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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