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- PDB-7o2l: Yeast 20S proteasome in complex with the covalently bound inhibit... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7o2l | ||||||
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Title | Yeast 20S proteasome in complex with the covalently bound inhibitor b-lactone (2R,3S)-3-isopropyl-4-oxo-2-oxetane-carboxylate (IOC) | ||||||
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![]() | HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex / Proteasome / b-lactone / Binding Analysis | ||||||
Function / homology | ![]() proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis ...proteasome core complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Ub-specific processing proteases / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shi, Y.M. / Hirschmann, M. / Shi, Y.N. / Shabbir, A. / Abebew, D. / Tobias, N.J. / Gruen, P. / Crames, J.J. / Poeschel, L. / Kuttenlochner, W. ...Shi, Y.M. / Hirschmann, M. / Shi, Y.N. / Shabbir, A. / Abebew, D. / Tobias, N.J. / Gruen, P. / Crames, J.J. / Poeschel, L. / Kuttenlochner, W. / Richter, C. / Herrmann, J. / Mueller, R. / Thanwisai, A. / Pidot, S.J. / Stinear, T.P. / Groll, M. / Kim, Y. / Bode, H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Global analysis of biosynthetic gene clusters reveals conserved and unique natural products in entomopathogenic nematode-symbiotic bacteria. Authors: Shi, Y.M. / Hirschmann, M. / Shi, Y.N. / Ahmed, S. / Abebew, D. / Tobias, N.J. / Grun, P. / Crames, J.J. / Poschel, L. / Kuttenlochner, W. / Richter, C. / Herrmann, J. / Muller, R. / ...Authors: Shi, Y.M. / Hirschmann, M. / Shi, Y.N. / Ahmed, S. / Abebew, D. / Tobias, N.J. / Grun, P. / Crames, J.J. / Poschel, L. / Kuttenlochner, W. / Richter, C. / Herrmann, J. / Muller, R. / Thanwisai, A. / Pidot, S.J. / Stinear, T.P. / Groll, M. / Kim, Y. / Bode, H.B. | ||||||
History |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5cz4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
-Protein , 8 types, 16 molecules AOBPCQDRESFTGUJX
#1: Protein | Mass: 27191.828 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 28748.230 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 28478.111 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 28649.086 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #5: Protein | Mass: 25634.000 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #6: Protein | Mass: 31575.068 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #7: Protein | Mass: 28033.830 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #10: Protein | Mass: 22545.676 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: A0A6A5Q0W2, proteasome endopeptidase complex |
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-Proteasome endopeptidase ... , 4 types, 8 molecules HVIWLZNb
#8: Protein | Mass: 25114.459 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: A0A6A5Q449, proteasome endopeptidase complex #9: Protein | Mass: 22627.842 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: A0A6L0YA22, proteasome endopeptidase complex #12: Protein | Mass: 24883.928 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: A0A6A5Q0P3, proteasome endopeptidase complex #14: Protein | Mass: 21517.186 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: A0A6L0ZSP2, proteasome endopeptidase complex |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 2 types, 4 molecules KYMa
#11: Protein | Mass: 23325.248 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: A0A6V8RU78, proteasome endopeptidase complex #13: Protein | Mass: 27200.893 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 142 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/V08.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/V08.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#15: Chemical | ChemComp-MG / #16: Chemical | #17: Chemical | ChemComp-V08 / ( #18: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.67 Å3/Da / Density % sol: 66.52 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.8 / Details: 20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI JUNGFRAU 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 28, 2021 |
Radiation | Monochromator: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→30 Å / Num. obs: 203690 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.1 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 19450 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5CZ4 Resolution: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 43.994 / SU ML: 0.316 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.337 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 217.19 Å2 / Biso mean: 90.54 Å2 / Biso min: 38.72 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→30 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3→3.077 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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