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万見
- PDB-7o26: Complex-B bound [FeFe]-hydrogenase maturase HydE fromT. Maritima ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o26
タイトルComplex-B bound [FeFe]-hydrogenase maturase HydE fromT. Maritima (5'dA + Methionine)
要素[FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Radical SAM protein / Hydrogenase maturase / metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


water-soluble vitamin biosynthetic process / sulfur compound biosynthetic process / 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / transferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / [FeFe]-hydrogenase maturation HydE, radical SAM / HydE/PylB-like / Biotin and thiamin synthesis-associated domain / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Elp3/MiaB/NifB / Elongator protein 3, MiaB family, Radical SAM / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / CARBON MONOXIDE / CYANIDE ION / CYSTEINE / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HYDROSULFURIC ACID / IODIDE ION / METHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Rohac, R. / Martin, L. / Liu, L. / Basu, D. / Tao, L. / Britt, R.D. / Rauchfuss, T. / Nicolet, Y.
資金援助 フランス, 米国, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-IDEX-02 フランス
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1R35GM126961 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)GM-61153 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Crystal Structure of the [FeFe]-Hydrogenase Maturase HydE Bound to Complex-B.
著者: Rohac, R. / Martin, L. / Liu, L. / Basu, D. / Tao, L. / Britt, R.D. / Rauchfuss, T.B. / Nicolet, Y.
履歴
登録2021年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,45720
ポリマ－39,8731
非ポリマー4,58419
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.880, 79.840, 86.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE


分子量: 39873.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: TM_1269, THEMA_07990, Tmari_1274
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9X0Z6, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く

-
非ポリマー , 14種, 358分子

#2: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#7: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#8: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物
ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#13: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#14: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG; LiSO4; Tris pH 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.81 Å / Num. obs: 107892 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 5.28
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Num. unique obs: 8952 / CC1/2: 0.453

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CIW

3ciw


解像度: 1.5→43.81 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 23.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 5441 5.04 %
Rwork0.178 102451 -
obs0.1798 107892 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.91 Å2 / Biso mean: 25.9887 Å2 / Biso min: 10.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→43.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2746 0 260 341 3347
Biso mean--29.05 37.27 -
残基数----347
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.520.34251840.36973229341395
1.52-1.530.35881950.34883388358398
1.53-1.550.4051720.34093422359499
1.55-1.570.34521980.33613375357399
1.57-1.590.34791490.31343421357098
1.59-1.620.30681800.30153355353599
1.62-1.640.31451930.29743452364598
1.64-1.660.30792080.2933643572100
1.66-1.690.29151950.2763437363299
1.69-1.720.28891520.25893358351099
1.72-1.750.30681880.25323451363999
1.75-1.780.32742060.24573427363399
1.78-1.810.25521970.2343346354399
1.81-1.850.2661760.22043432360899
1.85-1.890.21021630.21243473363699
1.89-1.930.23361540.205134163570100
1.93-1.980.24961840.18553380356499
1.98-2.030.23911470.17113466361399
2.04-2.090.21072060.170234383644100
2.09-2.160.20491970.15833983595100
2.16-2.240.1881900.16234163606100
2.24-2.330.19592280.162334203648100
2.33-2.440.20681950.159934183613100
2.44-2.560.22961930.150734423635100
2.56-2.720.1941930.161334163609100
2.72-2.930.16821550.155334693624100
2.93-3.230.18851620.152134513613100
3.23-3.70.15481660.145234723638100
3.7-4.660.17121680.128834433611100
4.66-43.810.20671470.153634763623100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1365-0.5961-0.42264.0206-0.39342.7897-0.16330.1404-0.5422-0.5206-0.0778-0.24640.82510.52580.16430.4740.11870.05270.23740.00490.298957.461-13.879-3.409
25.9509-2.62891.79162.8108-0.36643.27320.14980.2705-0.0439-0.2449-0.1188-0.090.23710.1418-0.02620.18060.01450.00790.1477-0.02050.157653.677-1.304-7.408
30.717-0.2629-0.60911.1859-0.2320.9789-0.0402-0.1930.02750.19850.0029-0.0269-0.08180.1360.05630.1242-0.0214-0.01910.1912-0.01280.15640.48411.58218.894
42.0018-0.53420.27433.3401-2.11583.74670.0589-0.19090.0310.12670.06930.235-0.118-0.1685-0.13160.1188-0.02190.00070.1304-0.01730.164330.29711.21816.248
51.9419-1.13570.19872.0368-0.59752.2124-0.0737-0.1587-0.24710.036-0.0080.15750.28480.0280.06080.1665-0.02060.01820.13630.02720.166835.969-3.69417.164
60.909-0.1402-0.21080.646-0.29761.7496-0.0258-0.1541-0.06180.019-0.0178-0.03160.14450.23540.03580.13960.0113-0.01360.15940.01150.164349.5040.8499.071
70.33990.2224-0.72480.8024-0.83293.37870.0655-0.24020.18780.1641-0.0103-0.1434-0.1740.5446-0.01970.1684-0.0279-0.02170.2568-0.03340.214748.35217.83110.102
83.4167-0.4207-0.94090.98880.11862.1496-0.05760.1807-0.2096-0.0673-0.02850.15910.4018-0.08290.05890.1982-0.0246-0.03150.1775-0.02010.1738.2443.156-4.064
95.29572.59164.84892.02862.30744.4514-0.4430.5216-0.49430.18140.6593-0.52720.6871-0.2519-0.23480.4823-0.1508-0.08310.41340.01910.37942.0053.0619.671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:28 )A1 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 29:47 )A29 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 48:98 )A48 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 99:129 )A99 - 129
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 130:189 )A130 - 189
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 190:299 )A190 - 299
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 300:329 )A300 - 329
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND ( RESID 330:347 OR RESID 401:401 ) )A330 - 347
9X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND ( RESID 330:347 OR RESID 401:401 ) )A401
10X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 406:406 )A406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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