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- PDB-7o1e: Crystal structure of PCNA from Chaetomium thermophilum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o1e
タイトルCrystal structure of PCNA from Chaetomium thermophilum
要素Proliferating cell nuclear antigen
キーワードREPLICATION / PCNA / DNA clamp / DNA replication / PIP / homotrimer
機能・相同性
機能・相同性情報


PCNA complex / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Alphey, M.A. / MacNeill, S. / Yang, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other privateRIG70668 英国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Non-canonical binding of the Chaetomium thermophilum PolD4 N-terminal PIP motif to PCNA involves Q-pocket and compact 2-fork plug interactions but no 3 10 helix.
著者: Yang, D. / Alphey, M.S. / MacNeill, S.A.
履歴
登録2021年3月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7571
ポリマ－28,7571
非ポリマー00
水75742
1
A: Proliferating cell nuclear antigen

A: Proliferating cell nuclear antigen

A: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2703
ポリマ－86,2703
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.270, 86.270, 90.842
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen


分子量: 28756.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The first 3 residues are a linker to the cleaved His-Tag. Flexible loops and sidechains have been omitted or truncated
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0061010
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: G0SF70
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M PTCP pH 5.0, 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→30.28 Å / Num. obs: 10552 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 54849 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.34-2.423.70.54735639510.7860.320.637290.7
9.05-30.285.50.04910021820.9980.0230.05520.497.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TUP

5tup


解像度: 2.34→30.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.2813 / WRfactor Rwork: 0.2138 / FOM work R set: 0.7268 / SU B: 24.241 / SU ML: 0.265 / SU R Cruickshank DPI: 0.4532 / SU Rfree: 0.2916 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.453 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2798 544 5.2 %RANDOM
Rwork0.2127 ---
obs0.2161 9986 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1.1 Å / 減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.41 Å2 / Biso mean: 45.245 Å2 / Biso min: 28.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.32 Å20.66 Å20 Å2
2--1.32 Å20 Å2
3----4.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.34→30.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1857 0 0 42 1899
Biso mean---45.12 -
残基数----244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0131878
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4441.632542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1841.5744134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.525241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.24324.64384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.68315339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.718157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02341
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 30 -
Rwork0.26 677 -
all-707 -
obs--91.23 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.393 Å / Origin y: 26.573 Å / Origin z: -0.241 Å
111213212223313233
T0.0132 Å20.0084 Å20.0129 Å2-0.1655 Å20.0356 Å2--0.5966 Å2
L1.4774 °20.305 °20.2502 °2-4.724 °20.5199 °2--0.8708 °2
S0.118 Å °0.033 Å °0.027 Å °-0.0927 Å °0.0113 Å °0.2849 Å °-0.0117 Å °-0.1054 Å °-0.1293 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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