PDB-7o18: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH I-BET282

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o18

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH I-BET282

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of a Novel Bromodomain and Extra Terminal Domain (BET) Protein Inhibitor, I-BET282E, Suitable for Clinical Progression.
著者: Jones, K.L. / Beaumont, D.M. / Bernard, S.G. / Bit, R.A. / Campbell, S.P. / Chung, C.W. / Cutler, L. / Demont, E.H. / Dennis, K. / Gordon, L. / Gray, J.R. / Haase, M.V. / Lewis, A.J. / ...

履歴

登録	2021年3月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o18.cif.gz	68.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o18.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o18_validation.pdf.gz	771.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o18_full_validation.pdf.gz	771.7 KB	表示
XML形式データ	7o18_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	7o18_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/7o18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/7o18	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5h21-d 4qr3-d 5xi3-d 6lg8-d 6lg7-d 5xhy-d 5cp5-d 6dl2-d 3u5k-2 3u5k-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.548, 46.293, 61.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-UYK / (R)-4-(8-methoxy-1-(1-methoxypropan-2-yl)-2-(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)-1H-imidazo[4,5-c]quinolin-7-yl)-3,5-dimethylisoxazole / 4-[8-methoxy-1-[(2~{R})-1-methoxypropan-2-yl]-2-(oxan-4-yl)imidazo[4,5-c]quinolin-7-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole / 4-[8-methoxy-1-[(2R)-1-methoxypropan-2-yl]-2-(oxan-4-yl)imidazo[4,5-c]quinolin-7-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole 分子量: 450.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₀N₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 200mM CaCl2, 25% OEG4K, 100mM Tris HCl, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→36.97 Å / Num. obs: 51029 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.92 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 23.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.15 % / R_merge(I) obs: 0.119 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 13015 / % possible all: 61.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
d*TREK		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 1.7→34.999 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 3.54 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2101	642	4.964 %
R_work	0.1699	12291	-
all	0.172	-	-
obs	-	12933	93.305 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.632 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.284 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.389 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.104 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.999 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1036	0	41	186	1263

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.69	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.258	1.621	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.084	5	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.376	25.172	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.506	15	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.107	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	947
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.271	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.026	2.619	509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.024	2.616	508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.6	5.892	639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.6	5.897	640
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.629	2.915	631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.628	2.921	632
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.631	6.361	916
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.629	6.37	917
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.342	25.085	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.341	25.114	1426

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.226	30	0.193	535	X-RAY DIFFRACTION	57.8893
1.744-1.792	0.207	43	0.174	736	X-RAY DIFFRACTION	77.7445
1.792-1.844	0.192	42	0.161	832	X-RAY DIFFRACTION	93.4759
1.844-1.9	0.235	39	0.167	860	X-RAY DIFFRACTION	97.2944
1.9-1.962	0.224	39	0.169	841	X-RAY DIFFRACTION	97.2376
1.962-2.031	0.164	43	0.151	809	X-RAY DIFFRACTION	97.7064
2.031-2.107	0.17	34	0.148	807	X-RAY DIFFRACTION	99.5266
2.107-2.193	0.171	56	0.145	759	X-RAY DIFFRACTION	99.2692
2.193-2.29	0.225	38	0.153	725	X-RAY DIFFRACTION	99.349
2.29-2.402	0.183	31	0.165	705	X-RAY DIFFRACTION	98.9247
2.402-2.531	0.217	34	0.165	682	X-RAY DIFFRACTION	99.3065
2.531-2.684	0.24	38	0.171	633	X-RAY DIFFRACTION	98.8218
2.684-2.868	0.217	36	0.177	604	X-RAY DIFFRACTION	98.3103
2.868-3.096	0.294	32	0.171	557	X-RAY DIFFRACTION	98.495
3.096-3.389	0.217	23	0.166	524	X-RAY DIFFRACTION	98.5586
3.389-3.785	0.186	22	0.171	459	X-RAY DIFFRACTION	96.3928
3.785-4.363	0.176	20	0.161	419	X-RAY DIFFRACTION	96.4835
4.363-5.325	0.248	19	0.192	366	X-RAY DIFFRACTION	96.7337
5.325-7.454	0.216	15	0.216	289	X-RAY DIFFRACTION	97.1246
7.454-34.999	0.305	8	0.272	149	X-RAY DIFFRACTION	78.5

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.4552 Å / Origin y: -6.5275 Å / Origin z: -11.8629 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0139 Å²	0.0018 Å²	0.01 Å²	-	0.0047 Å²	0.0012 Å²	-	-	0.0148 Å²
L	0.7156 °²	-0.0517 °²	0.3242 °²	-	0.4822 °²	-0.0719 °²	-	-	1.1589 °²
S	0.0142 Å °	0.0508 Å °	0.0062 Å °	-0.015 Å °	-0.0081 Å °	-0.0381 Å °	-0.0048 Å °	0.0541 Å °	-0.0062 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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