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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7o0q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human METTL3-METTL14 complex bound to Compound 12 (ADO_AD_066) | ||||||
要素 | (N6-adenosine-methyltransferase ...) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / METTL3 / Inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / adenosine to inosine editing / RNA methyltransferase activity / endothelial to hematopoietic transition / RNA methylation ...negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / adenosine to inosine editing / RNA methyltransferase activity / endothelial to hematopoietic transition / RNA methylation / regulation of meiotic cell cycle / primary miRNA processing / dosage compensation by inactivation of X chromosome / : / forebrain radial glial cell differentiation / S-adenosyl-L-methionine binding / gliogenesis / mRNA stabilization / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of T cell differentiation / regulation of neuron differentiation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / stem cell population maintenance / oogenesis / mRNA destabilization / negative regulation of Notch signaling pathway / mRNA catabolic process / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of translation / mRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / circadian rhythm / cellular response to UV / spermatogenesis / nuclear body / nuclear speck / protein heterodimerization activity / innate immune response / mRNA binding / DNA damage response / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Bedi, R.K. / Dolbois, A. / Caflisch, A. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the human METTL3-METTL14 complex bound to Compound 12 (ADO_AD_066) 著者: Bedi, R.K. / Dolbois, A. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7o0q.cif.gz | 126.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7o0q.ent.gz | 76.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7o0q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7o0q_validation.pdf.gz | 407.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7o0q_full_validation.pdf.gz | 414.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7o0q_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7o0q_validation.cif.gz | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/7o0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/7o0q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7acdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-N6-adenosine-methyltransferase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28144.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL3, MTA70 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q86U44, mRNA m6A methyltransferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 33621.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL14, KIAA1627 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9HCE5 |
-非ポリマー , 4種, 54分子
#3: 化合物 | ChemComp-UY2 / |
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#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 400mM Mg acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.49→45.143 Å / Num. obs: 19754 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.56 % / Biso Wilson estimate: 60.71 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.89 |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.64 Å / Num. unique obs: 3099 / CC1/2: 0.66 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7ACD 解像度: 2.49→44.7 Å / SU ML: 0.3852 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.778 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→44.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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