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万見
- PDB-7o0i: Vibrio vulnificus stressosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o0i
タイトルVibrio vulnificus stressosome
要素
  • Anti-anti-sigma factor
  • RsbS, negative regulator of sigma-B
キーワードSIGNALING PROTEIN / stressosome / stress sensing / general stress response / Gram-negative
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen binding / oxidoreductase activity / heme binding
類似検索 - 分子機能
Globin-sensor domain / Protoglobin / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Globin/Protoglobin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-anti-sigma factor / RsbS, negative regulator of sigma-B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者Kaltwasser, S. / Heinz, V. / Madej, M.G. / Pane-Farre, J. / Ziegler, C.
資金援助European Union, 英国, 3件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission721456European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/G001553/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L024209/1 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: The Vibrio vulnificus stressosome is an oxygen-sensor involved in regulating iron metabolism
著者: Heinz, V. / Jackel, W. / Kaltwasser, S. / Cutugno, L. / Bedrunka, P. / Graf, A. / Reder, A. / Michalik, S. / Dhople, V.M. / Madej, M.G. / Conway, M. / Lechner, M. / Riedel, K. / Bange, G. / ...著者: Heinz, V. / Jackel, W. / Kaltwasser, S. / Cutugno, L. / Bedrunka, P. / Graf, A. / Reder, A. / Michalik, S. / Dhople, V.M. / Madej, M.G. / Conway, M. / Lechner, M. / Riedel, K. / Bange, G. / Boyd, A. / Volker, U. / Lewis, R.J. / Marles-Wright, J. / Ziegler, C. / Pane-Farre, J.
履歴
登録2021年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / em_imaging / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min / _pdbx_audit_support.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: RsbS, negative regulator of sigma-B
B: Anti-anti-sigma factor
b: RsbS, negative regulator of sigma-B
A: RsbS, negative regulator of sigma-B
D: RsbS, negative regulator of sigma-B
O: RsbS, negative regulator of sigma-B
P: RsbS, negative regulator of sigma-B
e: RsbS, negative regulator of sigma-B
f: RsbS, negative regulator of sigma-B
g: RsbS, negative regulator of sigma-B
t: RsbS, negative regulator of sigma-B
u: RsbS, negative regulator of sigma-B
v: RsbS, negative regulator of sigma-B
C: Anti-anti-sigma factor
E: Anti-anti-sigma factor
F: Anti-anti-sigma factor
G: Anti-anti-sigma factor
H: Anti-anti-sigma factor
I: Anti-anti-sigma factor
J: Anti-anti-sigma factor
K: Anti-anti-sigma factor
L: Anti-anti-sigma factor
M: Anti-anti-sigma factor
N: Anti-anti-sigma factor
Q: Anti-anti-sigma factor
R: Anti-anti-sigma factor
S: Anti-anti-sigma factor
T: Anti-anti-sigma factor
U: Anti-anti-sigma factor
V: Anti-anti-sigma factor
W: Anti-anti-sigma factor
X: Anti-anti-sigma factor
Y: Anti-anti-sigma factor
Z: Anti-anti-sigma factor
c: Anti-anti-sigma factor
d: Anti-anti-sigma factor
h: Anti-anti-sigma factor
i: Anti-anti-sigma factor
j: Anti-anti-sigma factor
k: Anti-anti-sigma factor
l: Anti-anti-sigma factor
m: Anti-anti-sigma factor
n: Anti-anti-sigma factor
o: Anti-anti-sigma factor
p: Anti-anti-sigma factor
q: Anti-anti-sigma factor
r: Anti-anti-sigma factor
s: Anti-anti-sigma factor
w: Anti-anti-sigma factor
x: Anti-anti-sigma factor
y: Anti-anti-sigma factor
z: Anti-anti-sigma factor
1: Anti-anti-sigma factor
2: Anti-anti-sigma factor
4: Anti-anti-sigma factor
5: Anti-anti-sigma factor
6: Anti-anti-sigma factor
7: Anti-anti-sigma factor
8: Anti-anti-sigma factor
9: Anti-anti-sigma factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,809,77660
ポリマ－1,809,77660
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
RsbS, negative regulator of sigma-B


分子量: 12390.511 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: CRN52_18815 / 発現宿主: Vibrio vulnificus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S3QZH9
#2: タンパク質 ...
Anti-anti-sigma factor


分子量: 34606.043 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: CRN52_18810, CRN58_24315 / 発現宿主: Vibrio vulnificus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1W6M9Q5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: stressosome complex of VvRsbR and VvRsbS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Vibrio vulnificus (バクテリア)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris/HCl1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 72 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 24

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
11CTFFIND3CTF補正
16RELION分類
18RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 230784 / 詳細: template-based auto picking
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35647 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 268.97 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01536324
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.57350520
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.6957296
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1696960
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0147296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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