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- EMDB-12676: Vibrio vulnificus stressosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12676
タイトルVibrio vulnificus stressosome
マップデータ
試料
  • 複合体: stressosome complex of VvRsbR and VvRsbS
    • タンパク質・ペプチド: RsbS, negative regulator of sigma-B
    • タンパク質・ペプチド: Anti-anti-sigma factor
キーワードstressosome / stress sensing / general stress response / Gram-negative / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
: / Globin-sensor domain / Protoglobin / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / Globin/Protoglobin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti-anti-sigma factor / RsbS, negative regulator of sigma-B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.3 Å
データ登録者Kaltwasser S / Heinz V
資金援助European Union, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission721456European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/G001553/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L024209/1 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: The Vibrio vulnificus stressosome is an oxygen-sensor involved in regulating iron metabolism
著者: Heinz V / Jackel W / Kaltwasser S / Cutugno L / Bedrunka P / Graf A / Reder A / Michalik S / Dhople VM / Madej MG / Conway M / Lechner M / Riedel K / Bange G / Boyd A / Volker U / Lewis RJ / ...著者: Heinz V / Jackel W / Kaltwasser S / Cutugno L / Bedrunka P / Graf A / Reder A / Michalik S / Dhople VM / Madej MG / Conway M / Lechner M / Riedel K / Bange G / Boyd A / Volker U / Lewis RJ / Marles-Wright J / Ziegler C / Pane-Farre J
履歴
登録2021年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月13日-
マップ公開2022年4月13日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12676.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12676.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.77 Å/pix.
x 250 pix.
= 442.5 Å		1.77 Å/pix.
x 250 pix.
= 442.5 Å		1.77 Å/pix.
x 250 pix.
= 442.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.17149717 - 0.44632268
平均 (標準偏差)0.0010252036 (±0.020204483)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 442.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : stressosome complex of VvRsbR and VvRsbS

全体名称: stressosome complex of VvRsbR and VvRsbS
要素
  • 複合体: stressosome complex of VvRsbR and VvRsbS
    • タンパク質・ペプチド: RsbS, negative regulator of sigma-B
    • タンパク質・ペプチド: Anti-anti-sigma factor

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超分子 #1: stressosome complex of VvRsbR and VvRsbS

超分子名称: stressosome complex of VvRsbR and VvRsbS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Vibrio vulnificus (バクテリア)

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分子 #1: RsbS, negative regulator of sigma-B

分子名称: RsbS, negative regulator of sigma-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio vulnificus (バクテリア)
分子量理論値: 12.390511 KDa
組換発現生物種: Vibrio vulnificus (バクテリア)
配列文字列:
MQSAISISKL QDVLIASVQV DLTESTLRDF SLDLLDAVKS TRAKGVMIEL SGVKTLDGES MHSLLDVVKT VEVMGRRCLL VGLRPGVVI GLMDIGIDLA STLCVADLEQ GFLYLE

UniProtKB: RsbS, negative regulator of sigma-B

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分子 #2: Anti-anti-sigma factor

分子名称: Anti-anti-sigma factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 48 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio vulnificus (バクテリア)
分子量理論値: 34.606043 KDa
組換発現生物種: Vibrio vulnificus (バクテリア)
配列文字列: MSLGSVLNKV EDADELLKLH DLTEADLALI RKFGQIMVPK LDEYVKHFYD WLRNTPEYEQ YFGDAQKLQR VQDSQVRYWK TFFDARIDS AYLKERRDVG EIHARVGLPL PTYFAGMNIS MVIFTKRMYD GSLYSDEYSS LVTAFTKLLH LDTTIVVDTY S RLINKRIS ...文字列:
MSLGSVLNKV EDADELLKLH DLTEADLALI RKFGQIMVPK LDEYVKHFYD WLRNTPEYEQ YFGDAQKLQR VQDSQVRYWK TFFDARIDS AYLKERRDVG EIHARVGLPL PTYFAGMNIS MVIFTKRMYD GSLYSDEYSS LVTAFTKLLH LDTTIVVDTY S RLINKRIS EQSEALLAMS TPVTMIWQDI LMLPIVGIID SKRAQDIMSA VLNKISENRA KIFIMDISGV AVVDTAVANH FI KITKATK LMGCDCLVSG VSPSIARTMV QLGINVGEVR TNATLRDALE NAFKIVGLTV SGLKHFPHE

UniProtKB: Anti-anti-sigma factor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris/HCl
150.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 72.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 230784 / 詳細: template-based auto picking
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: generated from the dataset
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 35647
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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