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- PDB-7o00: Crystal structure of HLA-DR4 in complex with a HSP70 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o00
タイトルCrystal structure of HLA-DR4 in complex with a HSP70 peptide
要素
  • (HLA class II histocompatibility ...) x 2
  • Chaperone protein DnaK
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / MHCII
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial extracellular vesicle / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation ...bacterial extracellular vesicle / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / polysaccharide binding / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / T cell receptor binding / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / ATP-dependent protein folding chaperone / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / unfolded protein binding / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / early endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / cell surface / extracellular exosome / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperone DnaK / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. ...Chaperone DnaK / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / Chaperone protein DnaK / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Ge, C. / Holmdahl, R.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
The Swedish Foundation for Strategic Research スウェーデン
Swedish Research Council スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Ann Rheum Dis / 年: 2022
タイトル: Key interactions in the trimolecular complex consisting of the rheumatoid arthritis-associated DRB1*04:01 molecule, the major glycosylated collagen II peptide and the T-cell receptor.
著者: Ge, C. / Weisse, S. / Xu, B. / Dobritzsch, D. / Viljanen, J. / Kihlberg, J. / Do, N.N. / Schneider, N. / Lanig, H. / Holmdahl, R. / Burkhardt, H.
履歴
登録2021年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
BBB: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
CCC: Chaperone protein DnaK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9835
ポリマ－44,3383
非ポリマー6462
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area18230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.230, 76.230, 170.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

-
HLA class II histocompatibility ... , 2種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 20598.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / MHC class II antigen


分子量: 22218.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1V1IGJ9

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 81分子 CCC

#3: タンパク質・ペプチド Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70


分子量: 1520.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: A1KFH2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.03 M of each divalent cation (12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD), 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→56.89 Å / Num. obs: 25047 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 25.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.237 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.246 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
8.96-56.8920.20.0634870.9990.0180.065
2.24-2.3126.63.47422410.6350.9613.605

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1J8H

1j8h


解像度: 2.24→51.453 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.217 / WRfactor Rwork: 0.175 / SU B: 16.37 / SU ML: 0.179 / Average fsc free: 0.88 / Average fsc work: 0.8927 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.221 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 1105 4.919 %
Rwork0.1985 21358 -
all0.201 --
obs-22463 89.691 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 53.581 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.036 Å20 Å20 Å2
2---0.036 Å20 Å2
3---0.071 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→51.453 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3057 0 42 80 3179
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133190
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.6744342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2131.5946649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2635366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.62921.917193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.35215501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5791524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023577
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1860.22723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21451
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.21714
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2010.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2280.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7643.4971479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7643.4961478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8095.2371840
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8085.2381841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4863.8911710
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4843.8911710
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0085.7152502
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0075.7152503
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.84439.8473288
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.82639.6843275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.2980.396550.3711257X-RAY DIFFRACTION72.9294
2.298-2.3610.353760.3481262X-RAY DIFFRACTION76.0227
2.361-2.4290.339790.3151269X-RAY DIFFRACTION77.8741
2.429-2.5040.327740.31270X-RAY DIFFRACTION80.7207
2.504-2.5860.313800.2751252X-RAY DIFFRACTION82.7843
2.586-2.6770.308600.261305X-RAY DIFFRACTION87.2205
2.677-2.7780.289670.2241293X-RAY DIFFRACTION88.8889
2.778-2.8910.238780.2141271X-RAY DIFFRACTION91.7063
2.891-3.0190.239570.2041285X-RAY DIFFRACTION95.1098
3.019-3.1660.299590.1981257X-RAY DIFFRACTION96.3397
3.166-3.3370.196440.1771202X-RAY DIFFRACTION97.2678
3.337-3.5390.212590.1731146X-RAY DIFFRACTION98.3673
3.539-3.7830.226670.1691073X-RAY DIFFRACTION99.4764
3.783-4.0860.201490.1641040X-RAY DIFFRACTION99.543
4.086-4.4740.15400.15970X-RAY DIFFRACTION99.7038
4.474-50.193440.152871X-RAY DIFFRACTION99.8908
5-5.770.213400.178778X-RAY DIFFRACTION99.8779
5.77-7.0560.232270.199683X-RAY DIFFRACTION99.5792
7.056-9.9360.262300.188539X-RAY DIFFRACTION100
9.936-51.4530.381200.293335X-RAY DIFFRACTION98.0663
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.53180.27421.11641.3338-0.01153.5374-0.1399-0.1090.2014-0.06070.09570.065-0.299-0.09130.04420.06660.0167-0.00040.12080.00580.0416-20.477542.6716-5.7098
21.68450.28820.55131.51220.69373.7468-0.04430.0141-0.1404-0.06440.0955-0.08970.20630.4918-0.05110.02570.03830.01370.19840.02630.0333-8.33430.5854-4.2136
35.05116.33663.699710.09665.40734.07970.1799-0.0574-0.05840.5862-0.0442-0.03440.23150.0495-0.13570.12820.04970.04380.21780.02910.1933-18.917934.323715.6546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA4 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1ALLAaA181
3X-RAY DIFFRACTION2ALLBBB2 - 190
4X-RAY DIFFRACTION3ALLCCC1 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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