[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7nzh: Crystal structure of HLA-DR4 in complex with a citrullinated cilp... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nzh | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of HLA-DR4 in complex with a citrullinated cilp peptide | ||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Complex / MHCII | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Ge, C. / Holmdahl, R. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() Title: Key interactions in the trimolecular complex consisting of the rheumatoid arthritis-associated DRB1*04:01 molecule, the major glycosylated collagen II peptide and the T-cell receptor. Authors: Ge, C. / Weisse, S. / Xu, B. / Dobritzsch, D. / Viljanen, J. / Kihlberg, J. / Do, N.N. / Schneider, N. / Lanig, H. / Holmdahl, R. / Burkhardt, H. | ||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 589.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.2 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 31.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7nzeC ![]() 7nzfC ![]() 7o00C ![]() 6bilS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 20971.670 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 22218.697 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein/peptide | Mass: 1639.811 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #4: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | ChemComp-NAG / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.24 Å3/Da / Density % sol: 62.06 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: evaporation Details: 0.1M sodium acetate trihydrate pH 5.5, 0.2M lithium chloride, 18% (w/v) PEG6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 16, 2016 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.83→56.12 Å / Num. obs: 27807 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 13.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 14.4 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6BIL Resolution: 2.831→49.698 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 43.645 / SU ML: 0.363 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 2.03 / ESU R Free: 0.404 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 89.442 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.831→49.698 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|