PDB-7nzf: Crystal structure of HLA-DR4 in complex with a mutated human coll...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nzf

タイトル

Crystal structure of HLA-DR4 in complex with a mutated human collagen type II peptide

要素

HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
HLA class II histocompatibility antigen, DR beta chain
mutant human collagen type II,259-273

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Complex / MHCII

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Ge, C. / Dobritzsch, D. / Holmdahl, R.

資金援助

スウェーデン, 3件

引用

ジャーナル: Ann Rheum Dis / 年: 2022
タイトル: Key interactions in the trimolecular complex consisting of the rheumatoid arthritis-associated DRB1*04:01 molecule, the major glycosylated collagen II peptide and the T-cell receptor.
著者: Ge, C. / Weisse, S. / Xu, B. / Dobritzsch, D. / Viljanen, J. / Kihlberg, J. / Do, N.N. / Schneider, N. / Lanig, H. / Holmdahl, R. / Burkhardt, H.

履歴

登録	2021年3月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月3日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _audit_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nzf.cif.gz	284.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nzf.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nzf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nzf_validation.pdf.gz	467 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nzf_full_validation.pdf.gz	472.1 KB	表示
XML形式データ	7nzf_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	7nzf_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nzeC 7nzhC 7o00C 1j8hS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

BBB: HLA class II histocompatibility antigen, DR beta chain

CCC: mutant human collagen type II,259-273

ヘテロ分子

45 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.441, 71.441, 138.049
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質

HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

分子量: 20893.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: タンパク質

HLA class II histocompatibility antigen, DR beta chain

分子量: 22432.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: タンパク質・ペプチド

mutant human collagen type II,259-273

分子量: 1187.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト)

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.1 M MIB buffer pH 4.0, 25 % (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.91842 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91842 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→46.07 Å / Num. obs: 32456 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 17.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.11-46.07	8.2	0.044	23265	0.997	0.021	0.049
1.9-1.94	11.5	0.834	2909	0.853	0.37	0.913

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1J8H

1j8h

解像度: 1.9→36.951 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 8.895 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2667	1564	4.83 %
R_work	0.2214	30818	-
all	0.224	-	-
obs	-	32382	98.44 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.725 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0.07 Å²	0 Å²
2-	-	0.14 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.456 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.951 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3022	0	28	171	3221

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.631	1.667	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.293	1.588	6507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.225	5	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.878	22.053	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.723	15	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.493	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	769
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.045	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.948	1.763	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.947	1.762	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.525	2.635	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.525	2.637	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.158	1.906	1664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.157	1.907	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.843	2.805	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.843	2.806	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.558	20.639	3337
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.503	20.384	3312

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.364	110	0.267	2220	X-RAY DIFFRACTION	97.4895
1.949-2.003	0.295	118	0.248	2159	X-RAY DIFFRACTION	97.7673
2.003-2.061	0.275	123	0.244	2104	X-RAY DIFFRACTION	97.9762
2.061-2.124	0.263	120	0.231	2036	X-RAY DIFFRACTION	98.0446
2.124-2.194	0.227	78	0.219	2014	X-RAY DIFFRACTION	98.0778
2.194-2.271	0.242	99	0.211	1935	X-RAY DIFFRACTION	98.4511
2.271-2.356	0.356	86	0.226	1894	X-RAY DIFFRACTION	98.3607
2.356-2.452	0.302	77	0.233	1836	X-RAY DIFFRACTION	98.3548
2.452-2.561	0.282	93	0.216	1729	X-RAY DIFFRACTION	98.5931
2.561-2.686	0.271	81	0.215	1685	X-RAY DIFFRACTION	98.7696
2.686-2.831	0.293	63	0.218	1608	X-RAY DIFFRACTION	98.352
2.831-3.002	0.273	87	0.223	1502	X-RAY DIFFRACTION	98.757
3.002-3.209	0.286	80	0.235	1418	X-RAY DIFFRACTION	98.8127
3.209-3.465	0.263	57	0.215	1335	X-RAY DIFFRACTION	99.1453
3.465-3.795	0.245	76	0.221	1249	X-RAY DIFFRACTION	99.1025
3.795-4.241	0.271	66	0.199	1109	X-RAY DIFFRACTION	98.9057
4.241-4.893	0.182	56	0.173	1002	X-RAY DIFFRACTION	99.3427
4.893-5.983	0.282	53	0.212	868	X-RAY DIFFRACTION	99.46
5.983-8.422	0.333	17	0.275	698	X-RAY DIFFRACTION	99.7211
8.422-36.951	0.253	24	0.253	417	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0456	-0.8191	-0.1801	4.2151	0.0427	1.5953	-0.0278	-0.0348	0.0903	0.0083	0.0905	0.1306	-0.1768	-0.0853	-0.0627	0.0587	-0.0273	-0.0023	0.0645	0.0017	0.0223	20.0395	-10.0129	-12.6778
2	1.0649	-0.9234	-0.7979	3.1233	1.8853	2.8393	0.1133	0.1913	0.1826	-0.4371	-0.0355	0.0355	-0.7374	-0.1357	-0.0778	0.2052	0.0023	0.0021	0.1289	0.0503	0.0488	21.1596	-5.8716	-28.562
3	12.4039	-2.3183	-4.5122	1.6074	0.7604	3.874	0.07	0.0831	0.9171	-0.0892	0.0285	-0.0469	-0.1112	-0.3352	-0.0985	0.3091	-0.0173	-0.0004	0.1361	-0.0177	0.2212	17.6716	13.1127	-15.4013

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 180
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	181
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	2 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	2 - 14

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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