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- PDB-7nze: Crystal structure of HLA-DR4 in complex with a human collagen typ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nze
タイトルCrystal structure of HLA-DR4 in complex with a human collagen type II peptide
要素
  • (HLA class II histocompatibility ...) x 2
  • Collagen alpha-1(II) chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / MHCII
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen type II trimer / collagen type XI trimer / anterior head development / embryonic skeletal joint morphogenesis / otic vesicle development / Collagen chain trimerization / proteoglycan metabolic process / platelet-derived growth factor binding / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Extracellular matrix organization ...collagen type II trimer / collagen type XI trimer / anterior head development / embryonic skeletal joint morphogenesis / otic vesicle development / Collagen chain trimerization / proteoglycan metabolic process / platelet-derived growth factor binding / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Extracellular matrix organization / notochord development / limb bud formation / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / tissue homeostasis / MHC class II protein binding / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by PDGF / endochondral ossification / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / NCAM1 interactions / collagen fibril organization / cartilage development / proteoglycan binding / transport vesicle membrane / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / MET activates PTK2 signaling / inner ear morphogenesis / cartilage condensation / polysaccharide binding / roof of mouth development / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Collagen degradation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / Non-integrin membrane-ECM interactions / basement membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ECM proteoglycans / PD-1 signaling / Integrin cell surface interactions / chondrocyte differentiation / T cell receptor binding / heart morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / visual perception / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / skeletal system development / central nervous system development / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / sensory perception of sound / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / cognition / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / early endosome membrane / regulation of gene expression / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / membrane => GO:0016020 / lysosome / endosome membrane / immune response / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / MHC class II, beta chain, N-terminal ...Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / Collagen alpha-1(II) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ge, C. / Dobritzsch, D. / Holmdahl, R.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
The Swedish Foundation for Strategic Research スウェーデン
Swedish Research Council スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Ann Rheum Dis / 年: 2022
タイトル: Key interactions in the trimolecular complex consisting of the rheumatoid arthritis-associated DRB1*04:01 molecule, the major glycosylated collagen II peptide and the T-cell receptor.
著者: Ge, C. / Weisse, S. / Xu, B. / Dobritzsch, D. / Viljanen, J. / Kihlberg, J. / Do, N.N. / Schneider, N. / Lanig, H. / Holmdahl, R. / Burkhardt, H.
履歴
登録2021年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月3日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_type / audit_author ...atom_type / audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _audit_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
BBB: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
CCC: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
DDD: HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain
EEE: Collagen alpha-1(II) chain
FFF: Collagen alpha-1(II) chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,16113
ポリマ－90,1296
非ポリマー1,0327
水6,233346
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17900 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area35180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.418, 71.840, 125.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.331, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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HLA class II histocompatibility ... , 2種, 4分子 AAACCCBBBDDD

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21157.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / HLA class II histocompatibility antigen / DRB1 beta chain / MHC class II antigen / Major ...HLA class II histocompatibility antigen / DRB1 beta chain / MHC class II antigen / Major histocompatibility complex / class II / DR beta 1


分子量: 22432.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A2BFX2

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 5分子 EEEFFF

#3: タンパク質・ペプチド Collagen alpha-1(II) chain / Alpha-1 type II collagen


分子量: 1473.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02458
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 350分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.94 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 20% polyethylene glycol 3350 and 200 mM ammonium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→47.009 Å / Num. obs: 62583 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
9.17-46.96146430.9991
2.05-2.117100.8511

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267データ削減
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BIL

6bil


解像度: 2.05→47.009 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 12.368 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2449 3061 4.891 %
Rwork0.192 59522 -
all0.194 --
obs-62583 97.882 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 46.285 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å2-0.378 Å2
2--0.592 Å2-0 Å2
3---0.255 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.009 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6330 0 66 346 6742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0136630
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8441.6669024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3181.58613795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3775776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.77421.816413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.161151048
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2321553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2815
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21153
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.190.25692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.23059
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.23312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0760.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.4150.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2680.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1520.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5282.3153086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5282.3143085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3963.4593850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3963.4593851
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9112.573541
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9112.5713542
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0633.7625167
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0623.7645168
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.65326.9157083
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.5826.4727005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.1030.3842400.3154393X-RAY DIFFRACTION98.5745
2.103-2.1610.3282270.2864301X-RAY DIFFRACTION98.843
2.161-2.2230.2982080.2754223X-RAY DIFFRACTION99.0168
2.223-2.2920.322110.2784062X-RAY DIFFRACTION98.6608
2.292-2.3670.3162270.2443900X-RAY DIFFRACTION98.5905
2.367-2.450.2662140.2263798X-RAY DIFFRACTION98.4298
2.45-2.5420.261840.2133648X-RAY DIFFRACTION97.955
2.542-2.6460.2721970.1923486X-RAY DIFFRACTION98.0303
2.646-2.7640.2581690.2013395X-RAY DIFFRACTION98.1007
2.764-2.8990.2571430.1893239X-RAY DIFFRACTION97.8871
2.899-3.0550.2621410.1933080X-RAY DIFFRACTION97.8135
3.055-3.2410.2491640.1732930X-RAY DIFFRACTION97.9114
3.241-3.4640.2151250.1762718X-RAY DIFFRACTION97.3297
3.464-3.7410.2281400.1872557X-RAY DIFFRACTION97.5054
3.741-4.0980.221080.1682343X-RAY DIFFRACTION97.1848
4.098-4.5810.19910.1392124X-RAY DIFFRACTION97.1065
4.581-5.2880.1821040.1341847X-RAY DIFFRACTION96.1084
5.288-6.4740.223860.1831575X-RAY DIFFRACTION95.5696
6.474-9.1410.215560.1681216X-RAY DIFFRACTION94.7133
9.141-47.0090.304260.245687X-RAY DIFFRACTION91.8814
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.95160.79321.72571.05631.28824.17530.2585-0.2154-0.3280.0949-0.1232-0.16290.3867-0.0442-0.13530.0516-0.052-0.02640.23750.07040.0553-24.269911.39321.8277
23.5806-0.62482.22631.2579-1.57473.9868-0.0209-0.54130.29720.0264-0.02420.0325-0.0948-0.32810.04510.0222-0.05580.00080.3001-0.04490.0329-31.103726.565124.9182
31.9180.03420.93061.1121-1.08253.977-0.0151-0.27410.16830.1503-0.08530.1617-0.377-0.15170.10040.0572-0.05050.00250.3293-0.06220.0551-55.635716.236830.1361
41.56110.3149-0.03220.960.46374.11730.0729-0.216-0.27930.0671-0.0936-0.11490.27520.05410.02070.0313-0.0542-0.01620.27590.0570.0552-49.21390.80928.1048
56.75191.69566.83524.65465.806810.9496-0.2031-0.62710.41820.781-0.36820.36230.4738-0.80380.57130.4053-0.16350.19860.6595-0.03560.1752-56.56318.150653.0255
63.35292.8293-4.50827.5504-9.156512.5132-0.0274-0.5132-0.23350.4317-0.2849-0.4065-0.11430.42910.31240.1644-0.0667-0.09850.36710.02920.1088-11.317119.520639.6843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA3 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2ALLBBB2 - 191
3X-RAY DIFFRACTION3ALLCCC2 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4ALLDDD1 - 191
5X-RAY DIFFRACTION5ALLEEE3 - 15
6X-RAY DIFFRACTION6ALLFFF1 - 15

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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