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- PDB-7nya: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CYTOSOLIC BRANCHED-CHAIN AMINOTRANSFER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nya
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CYTOSOLIC BRANCHED-CHAIN AMINOTRANSFERASE (BCAT1) IN COMPLEX WITH PLP AND SMALL MOLECULE INHIBITOR BAY-069 (COMPOUND 36)
要素Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic
キーワードTRANSFERASE / BRANCHED-CHAIN-AMINO-ACID AMINOTRANSFERASE / PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASE / SMALL MOLECULE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / branched-chain amino acid biosynthetic process / L-leucine biosynthetic process / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine biosynthetic process / lipid metabolic process ...branched-chain-amino-acid transaminase activity / L-leucine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-valine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-isoleucine-2-oxoglutarate transaminase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / branched-chain amino acid biosynthetic process / L-leucine biosynthetic process / Branched-chain amino acid catabolism / L-valine biosynthetic process / lipid metabolic process / G1/S transition of mitotic cell cycle / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid aminotransferase II / Branched-chain aminotransferase / Aminotransferase, class IV, conserved site / Aminotransferases class-IV signature. / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, N-terminal / Aminotransferase class IV / Aminotransferase-like, PLP-dependent enzymes / Branched-chain-amino-acid aminotransferase-like, C-terminal / Amino-transferase class IV
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Chem-UUZ / Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hillig, R.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: BAY-069, a Novel (Trifluoromethyl)pyrimidinedione-Based BCAT1/2 Inhibitor and Chemical Probe.
著者: Gunther, J. / Hillig, R.C. / Zimmermann, K. / Kaulfuss, S. / Lemos, C. / Nguyen, D. / Rehwinkel, H. / Habgood, M. / Lechner, C. / Neuhaus, R. / Ganzer, U. / Drewes, M. / Chai, J. / Bouche, L.
履歴
登録2021年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic
B: Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7707
ポリマ－86,5812
非ポリマー1,1895
水10,287571
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area26870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.584, 103.294, 108.118
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 24 - 385 / Label seq-ID: 27 - 388

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic / BCAT(c) / Protein ECA39 / BCAT1


分子量: 43290.312 Da / 分子数: 2 / 変異: Ser379Arg, engineered / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAT1, BCT1, ECA39 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P54687, branched-chain-amino-acid transaminase
#2: 化合物 ChemComp-UUZ / 3-[4-chloranyl-3-(2-methylphenoxy)naphthalen-1-yl]-6-(trifluoromethyl)-5~{H}-pyrimidine-2,4-dione


分子量: 446.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H14ClF3N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 571 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PROTEIN AT 17 MG/ML IN 10 MILLIMOLAR TRIS-HCL PH 8.0, 100 MILLIMOLAR NACL, 3 MILLIMOLAR DTT. PROTEIN PREINCUBATED OVER NIGHT AT 293 K WITH 10 MILLIMOLAR 3-PHENYL-PROPIONATE, 3 MILLIMOLAR DTT ...詳細: PROTEIN AT 17 MG/ML IN 10 MILLIMOLAR TRIS-HCL PH 8.0, 100 MILLIMOLAR NACL, 3 MILLIMOLAR DTT. PROTEIN PREINCUBATED OVER NIGHT AT 293 K WITH 10 MILLIMOLAR 3-PHENYL-PROPIONATE, 3 MILLIMOLAR DTT AND 1.5 MILLIMOLAR PLP. DROPS MADE FROM 1 MICROLITER PROTEIN AND 1 MICROLITER RESERVOIR (225 MILLIMOLAR MGCL2, 16-20 % (W/V) PEG 3350). INHIBITOR SOAKED INTO PREFORMED CRYSTALS FOR 1 DAY AT 10 MILLIMOLAR. CRYO: RESERVOIR SOLUTION COMPLEMENTED WITH 20 % (V/V) GLYCEROL AND 10 MILLIMOLAR INHIBITOR

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→47.9 Å / Num. obs: 64223 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 10194 / CC1/2: 0.633 / Rrim(I) all: 1.46 / % possible all: 99.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Jan 26, 2018データ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
pointlessversion 1.11.17データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ABJ

2abj


解像度: 1.85→47.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 8.369 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.1448 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2213 2101 3.3 %RANDOM
Rwork0.1827 ---
obs0.184 62095 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.16 Å2 / Biso mean: 28.119 Å2 / Biso min: 15.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5754 0 79 572 6405
Biso mean--35.46 35.88 -
残基数----727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0136078
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175674
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.361.6628295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2461.57913086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9065749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.07422.691301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.096151017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5481533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021363
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11342 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 152 -
Rwork0.323 4469 -
all-4621 -
obs--98.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6241-0.1587-0.3560.43090.25530.72820.01990.00520.08550.0046-0.0034-0.0849-0.05180.1467-0.01650.0054-0.0129-0.00890.12560.02310.20983.6757.056-17.333
20.67880.38130.35330.53940.48540.80080.0152-0.0331-0.00960.0523-0.04050.05440.0519-0.08620.02540.00680.00060.0150.11950.01440.1671-22.047-11.495-4.352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 386
2X-RAY DIFFRACTION2B24 - 386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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