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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ny9 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CYTOSOLIC BRANCHED-CHAIN AMINOTRANSFERASE (BCAT1) IN COMPLEX WITH PLP AND SMALL MOLECULE INHIBITOR COMPOUND 38 | ||||||
![]() | Branched-chain-amino-acid aminotransferase, cytosolic | ||||||
![]() | TRANSFERASE / BRANCHED-CHAIN-AMINO-ACID AMINOTRANSFERASE / PYRIDOXAL-PHOSPHATE-DEPENDENT AMINOTRANSFERASE / SMALL MOLECULE INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-leucine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine transaminase activity / L-valine transaminase activity / L-isoleucine transaminase activity / branched-chain amino acid biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process ...L-leucine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine transaminase activity / L-valine transaminase activity / L-isoleucine transaminase activity / branched-chain amino acid biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process / lipid metabolic process / G1/S transition of mitotic cell cycle / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hillig, R.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: BAY-069, a Novel (Trifluoromethyl)pyrimidinedione-Based BCAT1/2 Inhibitor and Chemical Probe. 著者: Gunther, J. / Hillig, R.C. / Zimmermann, K. / Kaulfuss, S. / Lemos, C. / Nguyen, D. / Rehwinkel, H. / Habgood, M. / Lechner, C. / Neuhaus, R. / Ganzer, U. / Drewes, M. / Chai, J. / Bouche, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 319.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 257.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ntrC ![]() 7nwaC ![]() 7nwbC ![]() 7nwcC ![]() 7nweC ![]() 7nwmC ![]() 7nxnC ![]() 7nxoC ![]() 7ny2C ![]() 7nyaC ![]() 2abjS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 23 - 385 / Label seq-ID: 26 - 388
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43290.312 Da / 分子数: 2 / 変異: Ser379Arg, engineered / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P54687, branched-chain-amino-acid transaminase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PROTEIN AT 17 MG/ML IN 10 MILLIMOLAR TRIS-HCL PH 8.0, 100 MILLIMOLAR NACL, 3 MILLIMOLAR DTT. PROTEIN PREINCUBATED OVER NIGHT AT 293 K WITH 10 MILLIMOLAR 3-PHENYL-PROPIONATE, 3 MILLIMOLAR DTT ...詳細: PROTEIN AT 17 MG/ML IN 10 MILLIMOLAR TRIS-HCL PH 8.0, 100 MILLIMOLAR NACL, 3 MILLIMOLAR DTT. PROTEIN PREINCUBATED OVER NIGHT AT 293 K WITH 10 MILLIMOLAR 3-PHENYL-PROPIONATE, 3 MILLIMOLAR DTT AND 1.5 MILLIMOLAR PLP. DROPS MADE FROM 1 MICROLITER PROTEIN AND 1 MICROLITER RESERVOIR (225 MILLIMOLAR MGCL2, 16-20 % (W/V) PEG 3350). INHIBITOR SOAKED INTO PREFORMED CRYSTALS FOR 3 DAYS AT 10 MILLIMOLAR. CRYO: RESERVOIR SOLUTION COMPLEMENTED WITH 20 % (V/V) GLYCEROL AND 10 MILLIMOLAR INHIBITOR. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→48.32 Å / Num. obs: 99549 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 15864 / CC1/2: 0.726 / Rrim(I) all: 1.06 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ABJ 解像度: 1.6→48.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.175 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.0874 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.31 Å2 / Biso mean: 23.601 Å2 / Biso min: 13.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→48.32 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 11626 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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