PDB-7nxu: Crystal structure of the tick-borne encephalitis virus NS3 helica...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nxu

タイトル

Crystal structure of the tick-borne encephalitis virus NS3 helicase in complex with ADP-Pi

要素

NS3 helicase domain

キーワード

VIRAL PROTEIN / RNA helicase / hydrolase / flavivirus

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell ...
類似検索 - 分子機能

Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. ...Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Anindita, P.D. / Grinkevich, P. / Franta, Z.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insight into the RNA-stimulated ATPase activity of tick-borne encephalitis virus helicase.
著者: Anindita, P.D. / Halbeisen, M. / Reha, D. / Tuma, R. / Franta, Z.

履歴

登録	2021年3月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2022年9月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2022年9月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.4	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nxu.cif.gz	108.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nxu.ent.gz	78.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nxu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nxu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7blvC 7bm0SC 7oj4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jno-d 5jps-d 5txg-d 1yks-d 2bhr-2 5vi7-d 5gjc-d 4ccr-2 7ay4-d 1q1r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (39) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (39)

登録構造単位

A: NS3 helicase domain

ヘテロ分子

54.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.980, 72.980, 196.586
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	NS3 helicase domain / Serine protease NS3 分子量: 53489.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tick-borne encephalitis virus (ダニ媒介脳炎ウイルス) プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: A0A2S1PWV0, RNA helicase

-
非ポリマー , 5種, 204分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis Tris Propane, 0.02 M Sodium potassium phosphate pH 7.5, 20% w/v, PEG 3350 10% v/v, Ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.097→48.81 Å / Num. obs: 31603 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.67 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 23.02
反射シェル	解像度: 2.1→2.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.21 / Num. unique obs: 5033 / CC_1/2: 0.904 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BM0

7bm0

解像度: 2.1→48.806 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2507	1547	4.896 %
R_work	0.2138	30047	-
all	0.216	-	-
obs	-	31594	98.396 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.018 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.072 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.072 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.144 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.806 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3390	0	1	200	3591

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3462
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	3208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.54	1.653	4693
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.363	1.586	7370
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.53	5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.914	20.503	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.714	15	571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.913	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	826
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	626
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.005	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.1	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.323	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.565	3.887	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.56	3.885	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.111	5.818	2123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.11	5.82	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.36	4.416	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.356	4.415	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.762	6.45	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.761	6.459	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.873	44.843	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.95	44.773	3746

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.152	0.329	109	0.289	2207	X-RAY DIFFRACTION	99.2288
2.152-2.21	0.311	119	0.273	2135	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.275	0.535	88	0.498	1678	X-RAY DIFFRACTION	80.3823
2.275-2.345	0.257	105	0.249	2041	X-RAY DIFFRACTION	99.814
2.345-2.421	0.245	91	0.209	1980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.421-2.506	0.302	102	0.212	1937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.506-2.601	0.247	93	0.209	1851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.601-2.707	0.286	94	0.242	1769	X-RAY DIFFRACTION	98.5714
2.707-2.828	0.263	78	0.21	1709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.828-2.965	0.253	80	0.203	1659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.965-3.126	0.246	78	0.22	1589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.126-3.315	0.23	98	0.23	1485	X-RAY DIFFRACTION	100
3.315-3.544	0.236	86	0.23	1377	X-RAY DIFFRACTION	98.8514
3.544-3.828	0.238	56	0.198	1332	X-RAY DIFFRACTION	99.7843
3.828-4.193	0.217	60	0.175	1212	X-RAY DIFFRACTION	99.375
4.193-4.688	0.192	55	0.157	1117	X-RAY DIFFRACTION	100
4.688-5.413	0.217	46	0.167	1006	X-RAY DIFFRACTION	100
5.413-6.628	0.231	45	0.19	862	X-RAY DIFFRACTION	99.8899
6.628-9.368	0.201	40	0.169	686	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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