[日本語] English
万見
- PDB-7nxp: Structure of the C-terminal domain of the pUL77 capsid protein fr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nxp
タイトルStructure of the C-terminal domain of the pUL77 capsid protein from human cytomegalovirus (HCMV)
要素Capsid vertex component 2
キーワードVIRAL PROTEIN / herpesvirus / capsid / HCMV / assembly
機能・相同性Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / viral genome packaging / viral capsid / host cell nucleus / UL77 protein
機能・相同性情報
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.896 Å
データ登録者Naniima, P. / Legrand, P. / Krey, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchGerman Center for Infection Research (DZIF) - TTU 07.704 ドイツ
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Assembly of infectious Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus progeny requires formation of a pORF19 pentamer.
著者: Naniima, P. / Naimo, E. / Koch, S. / Curth, U. / Alkharsah, K.R. / Stroh, L.J. / Binz, A. / Beneke, J.M. / Vollmer, B. / Boning, H. / Borst, E.M. / Desai, P. / Bohne, J. / Messerle, M. / ...著者: Naniima, P. / Naimo, E. / Koch, S. / Curth, U. / Alkharsah, K.R. / Stroh, L.J. / Binz, A. / Beneke, J.M. / Vollmer, B. / Boning, H. / Borst, E.M. / Desai, P. / Bohne, J. / Messerle, M. / Bauerfeind, R. / Legrand, P. / Sodeik, B. / Schulz, T.F. / Krey, T.
履歴
登録2021年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid vertex component 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8553
ポリマ－53,6711
非ポリマー1842
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area19380 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)163.907, 163.907, 50.965
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

-
要素

#1: タンパク質 Capsid vertex component 2


分子量: 53670.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
遺伝子: CVC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G6XKK5
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.08 M Na-Cacodylate pH 6.5 16% PEG 8000 20 % glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.896→50 Å / Num. obs: 55350 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.66
反射 シェル解像度: 1.896→2.01 Å / Num. unique obs: 8600 / CC1/2: 0.659

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F5U

2f5u


解像度: 1.896→46.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.109 / SU Rfree Blow DPI: 0.101 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.101
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2081 2812 -RANDOM
Rwork0.1915 ---
obs0.1923 55350 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.7027 Å20 Å20 Å2
2---3.7027 Å20 Å2
3---7.4054 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.896→46.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3402 0 12 184 3598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013522HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.884797HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1169SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes592HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3522HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion422SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2529SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.99
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.91 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 51 -
Rwork0.3382 --
obs0.3386 1107 81.75 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55350.22-0.14010.3042-0.16110.57860.12570.0854-0.06340.0854-0.06520.0108-0.06340.0108-0.06060.0032-0.0422-0.022-0.02160.0284-0.0165-36.552566.21712.3286
20.22710.07881.32841.24262.83550.7318-0.0025-0.1347-0.072-0.1347-0.14510.102-0.0720.1020.14770.05610.04790.06030.11720.0936-0.0662-16.72174.5571-24.1272
30.5573-0.03970.32652.75610.90220.49370.0189-0.1513-0.0299-0.15130.12150.1271-0.02990.1271-0.14040.00410.01030.00180.07190.0053-0.0544-22.184964.5576-20.8916
40-0.62830.7910.66511.01168.30950.05490.03510.54420.0351-0.11840.03150.54420.03150.06350.03630.0487-0.0552-0.04410.02680.0258-16.219247.6948-8.2209
50.85410.30360.96150.34140.8481.82940.2205-0.0449-0.0125-0.0449-0.04930.1008-0.01250.1008-0.1712-0.07140.0189-0.06020.05230.01280.026-8.913956.1702-0.4357
60.05521.44831.02191.62460.02511.19260.2289-0.140.1069-0.14-0.03680.10520.10690.1052-0.1921-0.0310.10290.01010.0486-0.03020.0165-9.300357.9151-16.8192
75.64672.33782.55920-0.24710-0.1666-0.0237-0.0812-0.02370.11630.0986-0.08120.09860.0503-0.08240.0349-0.02910.1472-0.0245-0.03745.344261.3034-12.8416
80.5022-0.2008-2.33525.87522.71235.20910.19630.1942-0.07380.1942-0.27170.1621-0.07380.16210.0754-0.1088-0.0133-0.0210.03210.09190.0666-8.408775.2797-11.2968
90.5617-0.09480.10990.2587-0.11390.30190.0606-0.0530.0306-0.0530.00530.01450.03060.0145-0.0659-0.004-0.0249-0.02250.00190.0264-0.01-31.365364.8914-8.765
100.4712-0.44551.162901.44023.36750.0854-0.0564-0.0327-0.0564-0.0983-0.1848-0.0327-0.18480.0129-0.0403-0.0515-0.03930.02840.08140.015-27.742456.050812.258
112.33180.06262.91040.52360.06983.51850.12530.0327-0.09410.0327-0.17840.3327-0.09410.33270.0532-0.0361-0.0712-0.02480.11640.0341-0.0518-19.936760.897714.9649
121.04240.1796-0.039100.08760.83510.0547-0.00280.1089-0.0028-0.0156-0.03980.1089-0.0398-0.0392-0.0048-0.035-0.0436-0.02130.02730.0113-36.46256.3515-5.3848
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 114}A1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2{A|115 - 122}A115 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3{A|123 - 144}A123 - 144
4X-RAY DIFFRACTION4{A|145 - 168}A145 - 168
5X-RAY DIFFRACTION5{A|169 - 186}A169 - 186
6X-RAY DIFFRACTION6{A|187 - 201}A187 - 201
7X-RAY DIFFRACTION7{A|202 - 221}A202 - 221
8X-RAY DIFFRACTION8{A|222 - 242}A224 - 242
9X-RAY DIFFRACTION9{A|243 - 362}A243 - 362
10X-RAY DIFFRACTION10{A|363 - 400}A363 - 400
11X-RAY DIFFRACTION11{A|401 - 406}A401 - 406
12X-RAY DIFFRACTION12{A|407 - 466}A407 - 465

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る