PDB-7nwy: Crystal structure of alpha carbonic anhydrase from schistosoma ma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nwy

タイトル

Crystal structure of alpha carbonic anhydrase from schistosoma mansoni with 4-(3-(4-fluorophenyl)ureido)benzenesulfonamide

要素

Carbonic anhydrase

キーワード

LYASE / schistosoma mansoni / carbonic anhydrase / metalloenzyme / inhibitor / neglected diseases / sulfonamide

機能・相同性

機能・相同性情報

carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.807 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into Schistosoma mansoni Carbonic Anhydrase (SmCA) Inhibition by Selenoureido-Substituted Benzenesulfonamides.
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M. / Da'dara, A.A. / Selleri, S. / Pinteala, M. / Carta, F. / Skelly, P.J. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2021年3月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nwy.cif.gz	144.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nwy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nwy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nwy_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nwy_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	7nwy_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	7nwy_validation.cif.gz	36.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/7nwy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/7nwy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qqmSC 7bfaC 7bg5C 7bhhC 7bm4C 7nexC 7ng1C 7o2sC 7o48C 7oa1C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase

BBB: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

73.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

BBB: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

AAA: Carbonic anhydrase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.480, 103.480, 132.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 AAABBB

#1: タンパク質

Carbonic anhydrase

分子量: 35704.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
発現宿主:

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
参照: UniProt: A0A3Q0KSG2, carbonic anhydrase

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 307分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-WWZ / 4-{[(4-fluorophenyl)carbamoyl]amino}benzenesulfonamide 分子量: 309.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₂FN₃O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Citrate pH 5.0; 20 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.807→53.33 Å / Num. obs: 73383 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 17.33 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 20.77
反射シェル	解像度: 1.807→1.99 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 5517 / CC_1/2: 0.81 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QQM

6qqm

解像度: 1.807→53.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 2.65 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	3591	4.975 %
R_work	0.1904	68584	-
all	0.192	-	-
obs	-	72175	95.519 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.419 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	-0.002 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.003 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.807→53.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4479	0	120	302	4901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	4815
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.822	1.668	6584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.427	1.596	10010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.641	5	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.027	22.197	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.64	15	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.331	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	5642
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	855
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	4351
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.247	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.835	3.093	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.835	3.094	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.62	4.623	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.62	4.622	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.057	3.498	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.056	3.498	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.968	5.108	3762
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.967	5.107	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.128	37.095	5372
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.134	37.132	5357

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.807-1.854	0.28	293	0.241	5223	X-RAY DIFFRACTION	99.9819
1.854-1.905	0.357	146	0.319	3202	X-RAY DIFFRACTION	61.8854
1.905-1.96	0.576	238	0.513	4199	X-RAY DIFFRACTION	85.1141
1.96-2.02	0.213	197	0.189	4915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.086	0.212	240	0.177	4688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.086-2.159	0.214	252	0.168	4570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.159-2.241	0.335	213	0.335	4091	X-RAY DIFFRACTION	93.423
2.241-2.332	0.409	237	0.334	3970	X-RAY DIFFRACTION	94.6883
2.332-2.436	0.216	230	0.164	4049	X-RAY DIFFRACTION	100
2.436-2.555	0.194	194	0.158	3890	X-RAY DIFFRACTION	100
2.555-2.693	0.2	235	0.171	3656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.693-2.856	0.217	209	0.167	3508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.856-3.053	0.197	159	0.171	3314	X-RAY DIFFRACTION	100
3.053-3.297	0.202	155	0.177	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
3.297-3.612	0.183	138	0.169	2847	X-RAY DIFFRACTION	99.9665
3.612-4.037	0.171	110	0.165	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.9633
4.037-4.66	0.142	110	0.119	2331	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-5.703	0.19	114	0.143	1951	X-RAY DIFFRACTION	100
5.703-8.05	0.214	69	0.178	1565	X-RAY DIFFRACTION	99.9388
8-10	0.217	52	0.217	903	X-RAY DIFFRACTION	99.4792

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