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- PDB-7nwu: Co-crystal structure of UPF3B-RRM-NOPS-L with UPF2-MIF4GIII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nwu
タイトルCo-crystal structure of UPF3B-RRM-NOPS-L with UPF2-MIF4GIII
要素
  • Regulator of nonsense transcripts 2
  • Regulator of nonsense transcripts 3B
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / nonsense mediated mRNA decay neurological development x-linked intellectual disability up-frameshift proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / : / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / centriolar satellite / mRNA transport ...positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / : / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA Polymerase II Transcription Termination / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / telomeric DNA binding / centriolar satellite / mRNA transport / animal organ regeneration / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / mRNA export from nucleus / positive regulation of neuron differentiation / mRNA Splicing - Major Pathway / liver development / positive regulation of translation / brain development / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / mRNA binding / neuronal cell body / 核小体 / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
UPF3B, RNA recognition motif-like domain / Nonsense-mediated mRNA decay protein 3 / Smg-4/UPF3 family / UPF3 domain / Up-frameshift suppressor 2, C-terminal / Nonsense-mediated mRNA decay protein Nmd2/UPF2 / Up-frameshift suppressor 2 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 ...UPF3B, RNA recognition motif-like domain / Nonsense-mediated mRNA decay protein 3 / Smg-4/UPF3 family / UPF3 domain / Up-frameshift suppressor 2, C-terminal / Nonsense-mediated mRNA decay protein Nmd2/UPF2 / Up-frameshift suppressor 2 / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of nonsense transcripts 3B / Regulator of nonsense transcripts 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Powers, K.T. / Bufton, J.C. / Szeto, J.A. / Schaffitzel, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust210701/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structures of nonsense-mediated mRNA decay factors UPF3B and UPF3A in complex with UPF2 reveal molecular basis for competitive binding and for neurodevelopmental disorder-causing mutation.
著者: Bufton, J.C. / Powers, K.T. / Szeto, J.A. / Toelzer, C. / Berger, I. / Schaffitzel, C.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of nonsense transcripts 3B
B: Regulator of nonsense transcripts 2
C: Regulator of nonsense transcripts 3B
D: Regulator of nonsense transcripts 2
E: Regulator of nonsense transcripts 3B
F: Regulator of nonsense transcripts 2
G: Regulator of nonsense transcripts 3B
H: Regulator of nonsense transcripts 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,44211
ポリマ－176,7728
非ポリマー6713
水2,882160
1
A: Regulator of nonsense transcripts 3B
B: Regulator of nonsense transcripts 2
C: Regulator of nonsense transcripts 3B
D: Regulator of nonsense transcripts 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6245
ポリマ－88,3864
非ポリマー2381
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Regulator of nonsense transcripts 3B
F: Regulator of nonsense transcripts 2
G: Regulator of nonsense transcripts 3B
H: Regulator of nonsense transcripts 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8186
ポリマ－88,3864
非ポリマー4332
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.593, 130.593, 267.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c

-
要素

#1: タンパク質
Regulator of nonsense transcripts 3B / Nonsense mRNA reducing factor 3B / Up-frameshift suppressor 3 homolog B / hUpf3B / Up-frameshift ...Nonsense mRNA reducing factor 3B / Up-frameshift suppressor 3 homolog B / hUpf3B / Up-frameshift suppressor 3 homolog on chromosome X / hUpf3p-X


分子量: 14541.423 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UPF3B, RENT3B, UPF3X / プラスミド: pPROEX HTb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BZI7
#2: タンパク質
Regulator of nonsense transcripts 2 / Nonsense mRNA reducing factor 2 / Up-frameshift suppressor 2 homolog / hUpf2


分子量: 29651.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UPF2, KIAA1408, RENT2 / プラスミド: pPROEX HTb / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HAU5
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.65 % / 解説: Flat plate
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M Ca acetate 0.1M MES 15% PEG 400 P 41 2 2 / Temp details: 20C

-
データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射モノクロメーター: cPGM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.309→30 Å / Num. obs: 80565 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 53.53 Å2 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allDiffraction-ID% possible all
2.5-2.5514.4145290.8091100
12.75-3014.139.16780.01192.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1uw4

1uw4


解像度: 2.6→30 Å / SU ML: 0.3521 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.9337
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 3567 4.97 %
Rwork0.2167 68166 -
obs0.2187 71733 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12043 0 45 160 12248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003912382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.536316768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411826
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00342146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.11951653
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.640.31411340.28552687X-RAY DIFFRACTION99.86
2.64-2.670.3231350.2762680X-RAY DIFFRACTION99.96
2.67-2.710.33071570.26912670X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.760.30091420.26722684X-RAY DIFFRACTION99.93
2.76-2.80.33681410.27622664X-RAY DIFFRACTION99.93
2.8-2.850.36261460.28762705X-RAY DIFFRACTION99.96
2.85-2.90.351450.27662668X-RAY DIFFRACTION99.93
2.9-2.960.3251390.26862693X-RAY DIFFRACTION99.96
2.96-3.020.34141450.25472682X-RAY DIFFRACTION99.96
3.02-3.080.31711560.24862695X-RAY DIFFRACTION99.96
3.08-3.150.31641260.24442695X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.230.28251310.24732726X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.320.36411490.25052693X-RAY DIFFRACTION99.96
3.32-3.420.31511370.23822735X-RAY DIFFRACTION99.97
3.42-3.530.27641470.22592699X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.650.23731390.20572716X-RAY DIFFRACTION99.93
3.65-3.80.22391440.19862712X-RAY DIFFRACTION99.93
3.8-3.970.22511530.2052725X-RAY DIFFRACTION99.97
3.97-4.180.21341460.18422736X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.440.19781510.18172743X-RAY DIFFRACTION100
4.44-4.780.21481420.17952751X-RAY DIFFRACTION100
4.78-5.260.23831440.19962772X-RAY DIFFRACTION100
5.26-6.020.26371350.23142802X-RAY DIFFRACTION99.93
6.02-7.560.30011290.22892850X-RAY DIFFRACTION99.97
7.57-300.1811540.17292983X-RAY DIFFRACTION99.46

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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