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- PDB-7nwp: A carbohydrate binding module family 9 (CBM9) from Caldicellulosi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nwp
タイトルA carbohydrate binding module family 9 (CBM9) from Caldicellulosiruptor kristjansonii in complex with cellobiose
要素Beta-xylanase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CARBOHYDRATE BINDING MODULE
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / polysaccharide catabolic process / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cadherin-like beta sandwich domain / Cadherin-like beta sandwich domain / Carbohydrate family 9 binding domain-like / Carbohydrate-binding domain, family 9 / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolases family 10, active site ...Cadherin-like beta sandwich domain / Cadherin-like beta sandwich domain / Carbohydrate family 9 binding domain-like / Carbohydrate-binding domain, family 9 / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Galactose-binding-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellobiose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor kristjanssonii
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.163 Å
データ登録者Krska, D. / Mazurkewich, S. / Navarro Poulsen, J. / Larsbrink, J. / Lo Leggio, L.
資金援助 スウェーデン, デンマーク, 4件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-01065 スウェーデン
Swedish Energy Agency2016-011207 スウェーデン
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0027698 デンマーク
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Analysis of a Multimodular Hyperthermostable Xylanase-Glucuronoyl Esterase from Caldicellulosiruptor kristjansonii .
著者: Krska, D. / Mazurkewich, S. / Brown, H.A. / Theibich, Y. / Poulsen, J.N. / Morris, A.L. / Koropatkin, N.M. / Lo Leggio, L. / Larsbrink, J.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,50610
ポリマ－24,6451
非ポリマー8619
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.320, 173.320, 173.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-456-

HOH

21AAA-496-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 AAA

#1: タンパク質 Beta-xylanase


分子量: 24645.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor kristjanssonii (strain ATCC 700853 / DSM 12137 / I77R1B) (バクテリア)
株: ATCC 700853 / DSM 12137 / I77R1B / 遺伝子: Calkr_2245 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: E4S6E9, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 118分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1 M phosphate-citrate and 40% polyethylene glycol 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.163→46.365 Å / Num. obs: 23991 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 78.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 34.46
反射 シェル解像度: 2.163→2.24 Å / Num. unique obs: 2348 / CC1/2: 0.542

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1i8u

1i8u


解像度: 2.163→46.365 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.182 / WRfactor Rwork: 0.15 / SU B: 4.33 / SU ML: 0.103 / Average fsc free: 0.9325 / Average fsc overall: 0.9459 / Average fsc work: 0.9474 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 2400 10.005 %
Rwork0.179 21589 -
all0.183 --
obs-23989 99.954 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 52.546 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.163→46.365 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1575 0 52 110 1737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0121676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7151.6612272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4425198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94622.95998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.3115264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2311511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.21129
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1680.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1570.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1450.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1795.037789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0977.516988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0235.38886
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.9957.8711284
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.83667.0022485
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.163-2.2190.3781680.3491567X-RAY DIFFRACTION99.8274
2.219-2.280.3931620.3641529X-RAY DIFFRACTION99.9409
2.28-2.3460.3391810.2931474X-RAY DIFFRACTION100
2.346-2.4180.3131550.2831449X-RAY DIFFRACTION100
2.418-2.4980.2871450.2521411X-RAY DIFFRACTION100
2.498-2.5850.3081580.2171350X-RAY DIFFRACTION100
2.585-2.6830.2351580.2071313X-RAY DIFFRACTION99.9321
2.683-2.7920.2811470.21255X-RAY DIFFRACTION100
2.792-2.9160.2611290.1841217X-RAY DIFFRACTION100
2.916-3.0590.2281290.1771174X-RAY DIFFRACTION100
3.059-3.2240.2351110.1741123X-RAY DIFFRACTION100
3.224-3.4190.1721270.1641056X-RAY DIFFRACTION100
3.419-3.6550.1961090.171993X-RAY DIFFRACTION100
3.655-3.9480.1851060.16937X-RAY DIFFRACTION100
3.948-4.3240.152930.136855X-RAY DIFFRACTION100
4.324-4.8340.163850.118805X-RAY DIFFRACTION100
4.834-5.580.194860.123691X-RAY DIFFRACTION100
5.58-6.8310.186680.152608X-RAY DIFFRACTION100
6.831-9.6450.225550.172481X-RAY DIFFRACTION100
9.645-46.3650.295280.27301X-RAY DIFFRACTION98.209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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