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- PDB-7ntv: Crystal structure of SARS CoV2 main protease in complex with DN_E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ntv
タイトルCrystal structure of SARS CoV2 main protease in complex with DN_EG_002 (modelled using PanDDA event map)
要素3C-like proteinase
キーワードVIRAL PROTEIN / Protease / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / methylation / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. ...Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / : / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-US8 / Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.065 Å
データ登録者Oerlemans, R. / Eris, D. / Wang, M. / Sharpe, M. / Domling, A. / Groves, M.R.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Combining High-Throughput Synthesis and High-Throughput Protein Crystallography for Accelerated Hit Identification.
著者: Sutanto, F. / Shaabani, S. / Oerlemans, R. / Eris, D. / Patil, P. / Hadian, M. / Wang, M. / Sharpe, M.E. / Groves, M.R. / Domling, A.
履歴
登録2021年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
B: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,49810
ポリマ－67,6512
非ポリマー8478
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.941, 99.743, 104.126
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3C-like proteinase / 3CL-PRO / 3CLp / Main protease / Mpro / Non-structural protein 5 / nsp5 / SARS coronavirus main proteinase


分子量: 33825.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC1, SARS coronavirus main proteinase
#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-US8 / 2-acetamido-N-cyclopropyl-5-phenyl-thiophene-3-carboxamide / 2-acetamido-~{N}-cyclopropyl-5-phenyl-thiophene-3-carboxamide


分子量: 300.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5 15% w/v PEG 6000 5% v/v MPD Compound stock DN_EG_002 100 mM in 100% DMSO Crystals were soaked for 3 hours with final concentration of 10 mM DN_EG_002 by adding the stock to ...詳細: 0.1 M MES pH 6.5 15% w/v PEG 6000 5% v/v MPD Compound stock DN_EG_002 100 mM in 100% DMSO Crystals were soaked for 3 hours with final concentration of 10 mM DN_EG_002 by adding the stock to crystallisation drops in a 1/10 ratio yielding 10% (V/V) final DMSO concentration.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.065→49.423 Å / Num. obs: 44110 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.065→2.119 Å / 冗長度: 13.75 % / Rmerge(I) obs: 1.961 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3361 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.54 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSdata processing
Cootモデル構築
PHASER位相決定
pointlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6lu7

6lu7


解像度: 2.065→49.423 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.568 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.164 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2275 2203 5.001 %RANDOM
Rwork0.1949 41846 --
all0.196 ---
obs-44049 99.814 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.474 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.753 Å20 Å2-0 Å2
2--2.332 Å20 Å2
3----0.579 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.065→49.423 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4687 0 49 122 4858
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0135019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174420
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6331.646699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3691.56810258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5825618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.88723.036247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.11615776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2261522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025606
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2893
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1920.24157
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.22389
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.22125
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2240.221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2560.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1860.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.544.2862500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5434.2832492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.076.423080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.076.4223081
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.574.8592519
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5694.862520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9117.0263613
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.917.0283614
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.67250.1795222
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.66850.1435212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.065-2.1190.3431600.3283037X-RAY DIFFRACTION98.8865
2.119-2.1770.3091560.2872957X-RAY DIFFRACTION99.9679
2.177-2.240.2651510.2642866X-RAY DIFFRACTION99.9669
2.24-2.3090.3011490.252841X-RAY DIFFRACTION100
2.309-2.3840.281430.2422722X-RAY DIFFRACTION99.9302
2.384-2.4680.2941380.2372629X-RAY DIFFRACTION99.9639
2.468-2.5610.2751350.2312562X-RAY DIFFRACTION99.7043
2.561-2.6650.2791290.2232451X-RAY DIFFRACTION99.9613
2.665-2.7830.2861240.2112364X-RAY DIFFRACTION99.8395
2.783-2.9180.2011200.1962277X-RAY DIFFRACTION100
2.918-3.0760.2541130.1942163X-RAY DIFFRACTION100
3.076-3.2610.2431090.1992062X-RAY DIFFRACTION100
3.261-3.4850.2371020.1881923X-RAY DIFFRACTION100
3.485-3.7630.211950.1861805X-RAY DIFFRACTION99.4244
3.763-4.120.179870.1641664X-RAY DIFFRACTION100
4.12-4.6020.174810.141528X-RAY DIFFRACTION100
4.602-5.3060.16720.1431356X-RAY DIFFRACTION100
5.306-6.480.232610.2041159X-RAY DIFFRACTION100
6.48-9.0870.185480.164914X-RAY DIFFRACTION98.768

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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