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万見
- PDB-7ntl: AA9 lytic polysaccharide monooxygenase (LPMO) from Malbranchea ci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ntl
タイトルAA9 lytic polysaccharide monooxygenase (LPMO) from Malbranchea cinnamomea
要素LPMO9F
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / LPMO / monooxygenase
機能・相同性Auxiliary Activity family 9 / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / extracellular region / CITRIC ACID / COPPER (II) ION / LPMO9F
機能・相同性情報
生物種Malbranchea cinnamomea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Mazurkewich, S. / Seveso, A. / Huttner, S. / Branden, G. / Larsbrink, L.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of a C1/C4-oxidizing AA9 lytic polysaccharide monooxygenase from the thermophilic fungus Malbranchea cinnamomea.
著者: Mazurkewich, S. / Seveso, A. / Huttner, S. / Branden, G. / Larsbrink, J.
履歴
登録2021年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPMO9F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4873
ポリマ－23,2311
非ポリマー2562
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area600 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.956, 43.128, 52.341
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.814, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 LPMO9F


分子量: 23231.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Asp10 cyclised to succinimde SNN / 由来: (組換発現) Malbranchea cinnamomea (菌類) / 遺伝子: lpmo9f / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168H / 参照: UniProt: A0A5J6BJN2
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 100 mM phosphate/citrate buffer at pH 4.2 with 100 mM NaCl and 23.5 % PEG 8000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→38.13 Å / Num. obs: 34403 / % possible obs: 92.26 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 15.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06375 / Rrim(I) all: 0.06923 / Net I/σ(I): 13.69
反射 シェル解像度: 1.38→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.8729 / Num. unique obs: 2911 / CC1/2: 0.715 / Rrim(I) all: 0.9922

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ha5

6ha5


解像度: 1.38→38.13 Å / SU ML: 0.1285 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.16
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1928 1872 5.78 %
Rwork0.161 30512 -
obs0.1629 32384 92.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→38.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1633 0 14 243 1890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00561744
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90382408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0881248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1151951
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.38-1.420.3143960.30361607X-RAY DIFFRACTION63.59
1.42-1.460.26451220.26451951X-RAY DIFFRACTION76.83
1.46-1.510.23131320.22852187X-RAY DIFFRACTION86.47
1.51-1.560.27311380.20832283X-RAY DIFFRACTION91.05
1.56-1.620.22451430.19442375X-RAY DIFFRACTION93.54
1.62-1.70.22571510.17632397X-RAY DIFFRACTION94.48
1.7-1.790.19141510.16962441X-RAY DIFFRACTION96.68
1.79-1.90.1941510.16652482X-RAY DIFFRACTION98.21
1.9-2.040.18171530.16022524X-RAY DIFFRACTION98.86
2.04-2.250.1931580.15412540X-RAY DIFFRACTION99.63
2.25-2.580.18031570.16482542X-RAY DIFFRACTION99.85
2.58-3.250.18971580.16542571X-RAY DIFFRACTION99.93
3.25-38.130.17511620.12982612X-RAY DIFFRACTION99.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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