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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ntg | ||||||
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タイトル | Bdellovibrio bacteriovorus PGI in complex with fructose-6-phosphate | ||||||
要素 | Glucose-6-phosphate isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Glucose-6-phosphate isomerase Isomerase Phosphoglucose isomerase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å | ||||||
データ登録者 | Meek, R.W. / Lovering, A.L. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Open Biology / 年: 2021 タイトル: Bdellovibrio bacteriovorus phosphoglucose isomerase structures reveal novel rigidity in the active site of a selected subset of enzymes upon substrate binding. 著者: Meek, R.W. / Cadby, I.T. / Lovering, A.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ntg.cif.gz | 101.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ntg.ent.gz | 76.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ntg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ntg_validation.pdf.gz | 823.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ntg_full_validation.pdf.gz | 824.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ntg_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ntg_validation.cif.gz | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/7ntg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/7ntg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48055.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (strain ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100) (バクテリア) 株: ATCC 15356 / DSM 50701 / NCIB 9529 / HD100 / 遺伝子: pgi, Bd0741 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6MPU9, glucose-6-phosphate isomerase |
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#2: 化合物 | ChemComp-F6R / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2 M ammonium acetate 0.1 M sodium acetate pH 5.0 20% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97951 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97951 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→43.82 Å / Num. obs: 52651 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 41.07 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 1.966 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3855 / CC1/2: 0.822 / Rpim(I) all: 0.655 / Rrim(I) all: 2.073 / % possible all: 99.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7NSS 解像度: 1.67→43.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.4 Å2 / Biso mean: 36.123 Å2 / Biso min: 22.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.67→43.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.654→1.697 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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