PDB-7nsx: Drosophila PGRP-LB wild-type

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nsx

タイトル

Drosophila PGRP-LB wild-type

要素

Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Peptidoglycan recognition protein / PGRP / PGRP-LB / Drosophila

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Orlans, J. / Aller, P. / Da Silva, P.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: PGRP-LB: An Inside View into the Mechanism of the Amidase Reaction.
著者: Orlans, J. / Vincent-Monegat, C. / Rahioui, I. / Sivignon, C. / Butryn, A. / Soulere, L. / Zaidman-Remy, A. / Orville, A.M. / Heddi, A. / Aller, P. / Da Silva, P.

履歴

登録	2021年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nsx.cif.gz	52.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nsx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nsx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nsx_validation.pdf.gz	803.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nsx_full_validation.pdf.gz	803.4 KB	表示
XML形式データ	7nsx_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	7nsx_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nsyC 7nszC 7nt0C 1ohtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yjz-2 5etq-1 6rt4-2 5now-d 1qic-4 1qic-2 5vbm-d 5us4-2 5xz4-2 6ckh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

ヘテロ分子

23.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.869, 70.546, 112.828
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB / PGRP-LB 分子量: 23787.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Please can you count the first two residue as -1 and -2 because they belong to the cleavage site of the tag. The number 1 of the sequence would be third residue. 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: PGRP-LB, CG14704 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8INK6, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.0, 30% v/v Jeffamine ED-2003

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.969 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月27日

放射

モノクロメーター: Double crystals monochromator, Si111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.969 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→112.83 Å / Num. obs: 12942 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.9 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.11-112.83	6	0.043	150	0.998	0.024	0.049
1.9-1.94	7.2	1.197	808	0.562	0.699	1.394

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		data processing
Aimless	0.7.4	データ削減
Coot		モデル構築
GDA		データ収集
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OHT

1oht

解像度: 1.9→56.478 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 3.89 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.139

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2128	680	5.278 %
R_work	0.1799	12203	-
all	0.182	-	-
obs	-	12883	99.667 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.154 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.309 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.223 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.086 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→56.478 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1334	0	1	51	1386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1376
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.597	1.644	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.368	1.581	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.912	5	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.274	20.946	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.199	15	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.653	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	669
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	626
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.022	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.239	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.224	2.683	679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.207	2.677	678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.116	4.009	847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.125	4.014	848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.949	3.061	697
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.914	3.059	697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.431	4.474	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.403	4.473	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.566	31.424	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.562	31.347	1526

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.333	36	0.279	881	X-RAY DIFFRACTION	99.1351
1.949-2.003	0.307	67	0.248	853	X-RAY DIFFRACTION	99.5671
2.003-2.061	0.305	41	0.218	833	X-RAY DIFFRACTION	99.4312
2.061-2.124	0.247	33	0.217	843	X-RAY DIFFRACTION	99.6587
2.124-2.194	0.259	52	0.209	763	X-RAY DIFFRACTION	99.2692
2.194-2.271	0.227	60	0.199	761	X-RAY DIFFRACTION	99.2745
2.271-2.357	0.193	39	0.19	752	X-RAY DIFFRACTION	99.6222
2.357-2.453	0.337	33	0.188	711	X-RAY DIFFRACTION	99.8658
2.453-2.562	0.243	30	0.189	710	X-RAY DIFFRACTION	99.8651
2.562-2.687	0.226	39	0.187	657	X-RAY DIFFRACTION	99.5708
2.687-2.832	0.244	44	0.173	621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.832-3.004	0.223	37	0.18	597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.004-3.211	0.17	28	0.17	561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.211-3.468	0.14	25	0.16	536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.468-3.799	0.187	33	0.161	481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.799-4.246	0.207	24	0.151	448	X-RAY DIFFRACTION	100
4.246-4.902	0.171	23	0.143	404	X-RAY DIFFRACTION	100
4.902-6.001	0.19	9	0.173	357	X-RAY DIFFRACTION	100
6.001-8.475	0.199	13	0.198	271	X-RAY DIFFRACTION	99.6491
8.475-56.478	0.143	14	0.15	163	X-RAY DIFFRACTION	98.8827

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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