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万見
- PDB-7ns2: Virion of Leishmania RNA virus 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ns2
タイトルVirion of Leishmania RNA virus 1
要素Capsid protein
キーワードVIRUS / Leishmania guyanensis / native virion structure / mucocutaneous leishmaniasis / Totiviridae
機能・相同性Totivirus coat / Totivirus coat protein / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Prochazkova, M. / Grybchuk, D. / Fuzik, T.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic20-22689S チェコ
引用
ジャーナル: Virology / 年: 2022
タイトル: Virion structure of Leishmania RNA virus 1.
著者: Michaela Procházková / Tibor Füzik / Danyil Grybchuk / Vyacheslav Yurchenko / Pavel Plevka /
要旨: The presence of Leishmania RNA virus 1 (LRV1) enables Leishmania protozoan parasites to cause more severe disease than the virus-free strains. The structure of LRV1 virus-like particles has been ...The presence of Leishmania RNA virus 1 (LRV1) enables Leishmania protozoan parasites to cause more severe disease than the virus-free strains. The structure of LRV1 virus-like particles has been determined previously, however, the structure of the LRV1 virion has not been characterized. Here we used cryo-electron microscopy and single-particle reconstruction to determine the structures of the LRV1 virion and empty particle isolated from Leishmania guyanensis to resolutions of 4.0 Å and 3.6 Å, respectively. The capsid of LRV1 is built from sixty dimers of capsid proteins organized with icosahedral symmetry. RNA genomes of totiviruses are replicated inside the virions by RNA polymerases expressed as C-terminal extensions of a sub-population of capsid proteins. Most of the virions probably contain one or two copies of the RNA polymerase, however, the location of the polymerase domains in LRV1 capsid could not be identified, indicating that it varies among particles. Importance. Every year over 200 000 people contract leishmaniasis and more than five hundred people die of the disease. The mucocutaneous form of leishmaniasis produces lesions that can destroy the mucous membranes of the nose, mouth, and throat. Leishmania parasites carrying Leishmania RNA virus 1 (LRV1) are predisposed to cause aggravated symptoms in the mucocutaneous form of leishmaniasis. Here, we present the structure of the LRV1 virion determined using cryo-electron microscopy.
#1: ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: Capsid Structure of Leishmania RNA virus 1
著者: Prochazkova, M. / Fuzik, T. / Grybchuk, D. / Falginella, F.L. / Podesvova, L. / Yurchenko, V. / Vacha, R. / Plevka, P.
履歴
登録2021年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.citation_id / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,8632
ポリマ－172,8632
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,371,809120
ポリマ－10,371,809120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 86431.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania RNA virus 1 - LgM5313 (ウイルス)
参照: UniProt: L7XUU7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Leishmania RNA virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 9.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Leishmania RNA virus 1 (ウイルス) / 株: 1-4
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Leishmania guyanensis / 株: MHOM/BR/75/M4147
ウイルス殻名称: capsid / 直径: 421 nm / 三角数 (T数): 2
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPESHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Buffer: 50 mM HEPES pH 7.4, 150 mM NaCl
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.3 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3981
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.9.2モデルフィッティング
9PHENIX1.15.2モデル精密化
12RELION分類
13RELION3.7３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 7912
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3768 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 72.61 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 6Y83

6y83


PDB chain-ID: A
精密化最高解像度: 3.6 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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