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万見
- PDB-7ns0: Bacilladnavirus capsid structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ns0
タイトルBacilladnavirus capsid structure
要素Capsid protein VP2
キーワードVIRUS / Jelly-roll / capsid
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Chaetoceros tenuissimus DNA virus type-II (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Munke, A. / Okamoto, K.
資金援助 スウェーデン, 日本, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2018-03387 スウェーデン
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H06429, 16K21723, 16H06437, and 19H00956 日本
引用
ジャーナル: mBio / 年: 2022
タイトル: Primordial Capsid and Spooled ssDNA Genome Structures Unravel Ancestral Events of Eukaryotic Viruses.
著者: Anna Munke / Kei Kimura / Yuji Tomaru / Han Wang / Kazuhiro Yoshida / Seiya Mito / Yuki Hongo / Kenta Okamoto /
要旨: Marine algae viruses are important for controlling microorganism communities in the marine ecosystem and played fundamental roles during the early events of viral evolution. Here, we have focused on ...Marine algae viruses are important for controlling microorganism communities in the marine ecosystem and played fundamental roles during the early events of viral evolution. Here, we have focused on one major group of marine algae viruses, the single-stranded DNA (ssDNA) viruses from the family. We present the capsid structure of the bacilladnavirus DNA virus type II (CtenDNAV-II), determined at 2.4-Å resolution. A structure-based phylogenetic analysis supported the previous theory that bacilladnaviruses have acquired their capsid protein via horizontal gene transfer from a ssRNA virus. The capsid protein contains the widespread virus jelly-roll fold but has additional unique features; a third β-sheet and a long C-terminal tail. Furthermore, a low-resolution reconstruction of the CtenDNAV-II genome revealed a partially spooled structure, an arrangement previously only described for dsRNA and dsDNA viruses. Together, these results exemplify the importance of genetic recombination for the emergence and evolution of ssDNA viruses and provide important insights into the underlying mechanisms that dictate genome organization. Single-stranded DNA (ssDNA) viruses are an extremely widespread group of viruses that infect diverse hosts from all three domains of life, consequently having great economic, medical, and ecological importance. In particular, bacilladnaviruses are highly abundant in marine sediments and greatly influence the dynamic appearance and disappearance of certain algae species. Despite the importance of ssDNA viruses and the last couple of years' advancements in cryo-electron microscopy, structural information on the genomes of ssDNA viruses remains limited. This paper describes two important achievements: (i) the first atomic structure of a bacilladnavirus capsid, which revealed that the capsid protein gene presumably was acquired from a ssRNA virus in early evolutionary events; and (ii) the structural organization of a ssDNA genome, which retains a spooled arrangement that previously only been observed for double-stranded viruses.
#1: ジャーナル: mBio / 年: 2022
タイトル: Primordial capsid and spooled ssDNA genome structures reveal ancestral events of eukaryotic viruses
著者: Munke, A. / Kimura, K. / Tomaru, Y. / Wang, H. / Yoshida, K. / Mito, S. / Yuki, H. / Okamoto, K.
履歴
登録2021年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: Capsid protein VP2
B2: Capsid protein VP2
C3: Capsid protein VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,9893
ポリマ－129,9893
非ポリマー00
水00
1
A1: Capsid protein VP2
B2: Capsid protein VP2
C3: Capsid protein VP2
x 60


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
  • 7.8 MDa, 180 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,799,321180
ポリマ－7,799,321180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP2


分子量: 43329.559 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chaetoceros tenuissimus DNA virus type-II (ウイルス)
参照: UniProt: A0A0B6VL42

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chaetoceros tenuissimus DNA virus type-II / タイプ: VIRUS / 詳細: Capsid / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetoceros tenuissimus DNA virus type-II (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Chaetoceros tenuissimus
ウイルス殻直径: 35 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 37 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4Gctf1.06CTF補正
5RELION3.1CTF補正
8Cootモデルフィッティング
10PHENIX1.18.2-3874モデル精密化
11RELION3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1最終オイラー角割当
13RELION3.1分類
14RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33507 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 12.03 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00527216
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7069800
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0511090
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00481307
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.2325984

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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